1960年10月1日、ナイジェリアはイギリスから独立した。 首相であるアルハジ・サー・アブバカー・タファワ・バレワが率いる全ナイジェリア行政府が発足した。 1960年11月16日、ナムディ・アジキウェが初代総督に就任し、ラゴスを連邦首都とする北部、東部、西部の3地域からなる連邦制が敷かれました。 各地域の首長は首相で、儀礼的な首長は知事であった。 1963年10月1日、ナイジェリアは連邦共和国となり、英国王室との関係を一切断ち切りましたが、英連邦の一員であることに変わりはありません。 1960年に制定された独立憲法の改正により、総督の地位は大統領に取って代わられた。 1963年10月1日、ナムディ・アジクウェが大統領に就任した。 当時の大統領職は主に儀式的なもので、外国からの要人の接待や議会の開会などが主な任務であった。
1966年1月、チュクマ・ンゼオグウ少佐率いる陸軍士官が中央・地方政府を転覆し、アブバカル・タファワ・バレワ首相を殺害して政権を掌握しようとしたクーデターが失敗しました。 ネゼオグフは、ジョンソン・アギイ＝イロシ将軍に対抗され、捕えられ、投獄された。
1966年7月、北部陸軍将校のグループが政府に対して反乱を起こし、ジョンソン・アギイ＝アイロシ将軍を殺害、陸軍参謀長のヤクブ・ゴードン将軍を新しい軍事政府の長に任命しました。
1975年にヤクブ・ゴードン将軍は退陣し、ムルタラ・モハンメド将軍が1976年の暗殺までナイジェリア連邦軍事政府の長として君臨しました。 彼の死後、最高司令部参謀長（副大統領に相当）のオルセグン・オバサンジョ将軍が最高軍事評議会の会合で国家元首に就任し、ムルタラ・ムハメッドの築いた指揮系統をそのまま維持しました。
1979年、ナイジェリアは連邦大統領制の憲法を採用しました。
1979年、ナイジェリアは連邦大統領制を採用し、大統領職は行政職となり、権限はアメリカの大統領職と同様となりました。 立法府は上院と下院からなる二院制の国民議会となりました。
1979年10月、13年以上続いた軍事政権から、ナイジェリアは民主主義体制に戻りました。 大統領選挙ではナイジェリア国民党が勝利し、アルハジ・シェフ・シャガリが初の民主的な大統領となりました。
1983年12月31日、軍は第二共和制を転覆させました。
1985年8月、陸軍参謀総長イブラヒム・ババンギダ少将により、ブハリ政権は平和的に打倒された。
1993年8月、ババンギダ将軍は退陣し、後任に暫定政府を選びました。 アーネスト・ショーネカンが暫定大統領に指名されました。
1998年6月8日、アバチャ将軍はナイジェリアの首都アブジャにある大統領官邸で死去しました。
1999年5月29日、アブドゥルサラミ・アブバカル少将が退陣し、元軍人元首のオルセグン・オバサンジョが文民大統領となりました。
2007年5月、アルハジ・ウマル・ヤラドゥアがナイジェリア連邦共和国大統領に就任し、ナイジェリアの13代目の国家元首となった。
2010年5月6日、グッドラック・ジョナサン副大統領がナイジェリア連邦共和国大統領に就任し、第14代国家元首となった。
2015年5月29日、総選挙に勝利したムハマドゥ・バハリ氏がナイジェリア連邦共和国大統領に就任し、第15代国家元首となった。