トーマス・A・アンダーソンは、犯罪記録によると1962年3月11日、パスポートによると1971年9月13日にアメリカの首都ローワーダウンタウンで生まれた（どちらも映画で見られる）。 母親はミッシェル・マクガヒー（第1作の美術監督の名前）、父親はジョン・アンダーソンである。 セントラル・ウェスト中学校とオーウェン・パターソン高校（映画のプロダクション・デザイナーの名前にちなんで命名）に通った。 高校では、科学、数学、コンピュータを得意とし、文学や歴史にも才能を発揮した。
シリーズ当初、ネオはマトリックスに神経接続された数十億の人間の一人であり、自分の住む世界がシミュレーションされた現実であることに気づいていませんでした。
The MatrixEdit
正当な活動としては、「立派なソフトウェア会社」Meta Cortexの寡黙なプログラマーであるが、ハッカーとしての別名「Neo」でコンピュータシステムに不正に侵入して情報を盗んだり、CDやディスクに隠したコンピュータウィルスを制御するのと一緒に、追跡不可能な違法コンピュータシステムおよびハッキングプログラムの販売も行っている。 ハッカー時代、アンダーソンは “マトリックス “と呼ばれる存在について知ることになる。
『マトリックス』以前の数年間、ネオはマトリックスの正体を教えてくれる唯一の人物、モーフィアスと呼ばれるテロリストを探すことに時間を費やしてきました。 ハッカーのトリニティと出会ったアンダーソンは、突然モーフィアスから携帯電話で連絡を受けるが、すぐにエージェント・スミス率いるバーチャルリアリティのエージェントに捕まってしまう。 エージェントとの協力を拒否したネオは、マトリックスを模した自分の体に電子バグを埋め込み、自分の行動を追跡できるようにし、自由世界からコンタクトを取ろうとする者を追跡して破壊できるようにする。
ネオは、日常生活にとどまりマトリックスを忘れるか、マトリックスの正体を知るかの選択を迫られます。
ネオは、マトリックスを忘れて日常生活を送るか、マトリックスの正体を知るかの選択を迫られ、マトリックスとの神経接続を遮断する薬（通称「赤い錠剤」）を飲み、目覚めると、人工羊水と思われるもので満たされたポッドの中で弱り、髪もなく、裸の自分に気づき、驚かされるのです。 さらに、自分の体にいくつものプラグが移植され、一連の太いケーブルに接続されていることに気がつく。 現実の世界に「出産」した彼は、機械に発見される。機械はネオを死体だと思い、首をつかみ、プラグとケーブルをすべて取り外して、体液タンクから流し出す。
ネオは現実世界で救出され、発電所で受けた萎縮の影響も治ります。 意識を取り戻し、歩けるようになったネオは、モーフィアスから、マトリックスが人間とつながった疑似世界であること、人類は巨大な知能機械の動力源として利用されていること、などの真実を聞かされる。 さらに、人間と機械の戦争を終わらせると予言されている、マトリックスを操る力を持つ人間「ザ・ワン」について語り、ネオが「ザ・ワン」であると信じると言うのです。 翌日からネオは「訓練」を開始し、様々な訓練プログラムを脳に直接アップロードさせることで、戦闘はもちろん、車両や武器の操作など、様々な知識を身につける。 さらにモーフィアスから、マトリックスの制約から「心を解放する」こと、マトリックスの物理エンジンを克服することなどの指導を受ける。 さらに、人類を支配し、秩序を保つために機械が設計したプログラム、エージェントの存在も知らされる。エージェントは、弾丸をかわす、高速で走る、長距離ジャンプする、マトリックス内の人間に憑依するなどの能力を持つ。
モーフィアスのホバークラフト「ネブカドネザル号」に乗って数日後、ネオはシミュレーション世界での予知能力を持つオラクルに会わされる。 彼女は、彼が「ギフト」を持っているが、何かを待っているように見えたこと、そして現在の人生では、彼はその人ではないことを告げる。
オラクルから、「赤い薬」がマトリックスを出るための出口となるハードラインに戻ったモーフィアスの船の乗組員は、サイファーに裏切られる。彼は、現実世界の殺伐とした状況から逃れるために、精神的に消去されマトリックスに永久に接続されるという約束と引き換えに、エージェントたちにモーフィアスを渡そうとする「赤い薬」であった。 Matrixでは、SWAT部隊がMouseを殺害。 サイファはジャックアウトし、現実世界の雷銃を手に入れ、タンクを負傷させ、ドーザーを殺害する。 ジャックインしたままのエイポックとスイッチの接続を早々に切断して殺害する。 マトリックスでは、スミスがモーフィアスを倒し、捕獲する。
ネオはエージェントがモーフィアスの脳をハッキングしようとしていることを知り、隠された反乱軍都市ザイオンのメインフレームへのアクセスコードを教えるよう強制します。 モーフィアスの犠牲を拒んだネオは、自分が捕らわれているビルを襲撃することを決意する。 トリニティとともにビルの屋上まで行き、そこでジョーンズ捜査官と対峙する。 ネオは弾丸を難なくかわしながら、ジョーンズに弾倉2本分を撃ち込む。 ジョーンズが応戦すると、ネオは弾丸をかわす能力を発揮し、エージェントならではの滑らかな動きを見せますが、足を銃弾でかすめるなど、スピードはまだまだです。 そして、トリニティはジョーンズを至近距離から射殺する。 武装ヘリを使い、ネオとトリニティはモーフィアスの救出に成功する。 重装備の警備員やエージェントに守られたビルから仲間を救出したネオは、前代未聞の偉業と言われ、タンクもモーフィアスもネオが「The One」だと信じる。 ネオはモーフィアスに予言者の言葉を伝えようとするが、モーフィアスはネオに必要なことを伝えただけだと説明する。自分が「ひとつ」であると信じていれば、「ひとつ」になるために必要な救出劇は行われなかっただろう。 トリニティはネオに逃げるよう諭すが、ネオは自分が「1」かもしれないと思い始め、立ちすくむ。 二人は銃を抜き、空撃ちするが、互いの攻撃は難なくかわされる。 ネオはスミスと巧みに格闘し、まるでスミスと対等であるかのように見える。 地下鉄の列車が近づくと、ネオは一瞬無力になり、スミスに抱きかかえられるが、土壇場で自由になってホームにバックフリップし、スミスを轢き殺す。 しかし、エージェントは車掌の体に憑依して電車から出てきてしまい、ネオはエージェントが他の体に憑依できることから、勝てない戦いだと悟り、地下鉄駅から逃げ出す。
スミスたちに追われるネオは、彼らをかわしてハードラインの場所までたどり着くが、待ち伏せされてスミスに胸を撃たれ死亡してしまう。 トリニティは、ネオがマトリックスにいる間に現実世界で死ぬのを目撃し、その死体に向かって、予言者が「あの人」と恋に落ちると予言していたことを告げる。 トリニティにキスされたネオは生き返り、ついに “The One “として完全復活を遂げる。 エージェントが彼を殺そうとしたとき、ネオは手を挙げ、弾丸は空中で凍りつき、無傷で地面に落下する。 そして、ネオはマトリックスのコンピュータ・コードを知覚し、解釈し、変更することができることが示される。 自分の力を信じ、エージェント・スミスをかわし、その体に入り込み、破壊する。
その後、ネオは電話を通じてマシーンにメッセージを残し、できるだけ多くの人間の心を解放することでマシーンに対抗するつもりだと警告する。
The Matrix Reloaded Edit
前作から約半年後、ネオはマトリックス内の人工世界を操る能力に自信を持ち、リローデッドに登場することになります。 この映画では、ネオが銃器を使うシーンは見られず、手刀による戦闘に専念しています。 マトリックスのコードを操作する能力により、複数の敵からの攻撃を食い止めることができる。 マトリックス』のラストで着ていた黒いロングトレンチコートと黒いシャツをやめ、司祭か司教のような襟の高いキャスケットを好んで着ている。 ネオとトリニティは恋人同士。 ザイオンが25万体以上のセンチネル（クラゲのような巨大な機械）の襲撃に備える中、ネオは自分の目的がわからないまま、オラクルにさらなる助言を求める。 オラクルは、ネオにキーメーカーを探すよう指示する。キーメーカーは、システム内の多数のバックドアにアクセスできる擬人化されたプログラムである。
オラクルが去った後、エージェント・スミス（現在は単にスミスとして知られている）が現れ、ネオがスミスを粉砕することでマトリックスのコードの残りから分離し、マシンのシステムから独立した人生を与えたことが明らかになり、現在2人は互いに「つながり」を共有していることが判明します。 スミスはもはやマトリックスのエージェントではなく、よりウイルスに近い存在となり、自分のコードを他のシステムに挿入し、他のプログラムや人の心に感染して自分のコピーを作ることができるようになった。 ネオは数百のスミスを撃退し、脱出する。 その後、モーフィアス、トリニティとともに、キーメーカーを守護者であるメロビンジアンから盗み出す。 この間、ネオはメロビンジアンの手下を撃退するために残り、他のメンバーとはぐれてしまい、500マイル離れた山の中のメロビンジアンの屋敷に閉じ込められる。
キーメーカーは、マトリックス内の他の場所にある2つの発電所を短時間で無効にし、”源 “への扉がある建物のセキュリティシステムを無効にして、ネオがそこにたどり着けるようにしなければならないと説明します。 しかし、キーメーカーは殺され、ホバークラフトは破壊され、トリニティはAgents of the Matrixによって危険にさらされる。
アーキテクトは、ネオが6番目の “One “であると主張し、自分の起源と目的について、根本的に異なる説明をネオにします。 人類を滅亡させるか、機械が望む現状を再構築させるかというジレンマに直面し、ネオの5人の前任者はマトリックスのリロード（再起動）に協力し、解放された一握りの人間でザイオンを再構築することを許されたのだと言うのです。 マトリックスの生産性は、この破壊と再生の繰り返しの上に成り立っており、人間の心を安定した構造に保っている。
アーキテクトは、もし自分が “源 “の扉に入ってマトリックスを再ロードしなければ、マトリックス内外のすべての生命が消滅すると警告するが、ネオは前任者と異なり “源 “の扉に入らず、その警告を信じずトリニティを助けることを選択した。 マトリックスに戻った彼は、発電所の上階の窓から落ちてきたトリニティを捕まえる。
そして二人はMatrixを出て現実の世界へ。 ネオはモーフィアスに、「予言」は単なる支配の仕組みに過ぎず、ザイオンの滅亡は間近であることを告げます。 センチネルの一団がホバークラフトに集結し始め、ネオたちはホバークラフトが破壊されるのを見捨てて逃げなければならなくなる。 残ったネオは、センチネルを感知できるようになったことに気づき、意思の力で攻撃を阻止するが、その努力の結果、意識を失ってしまう。 彼は乗組員とともにホバークラフト「ムジョルニア（通称ハンマー）」に救助されるが、その乗組員は別の船の乗組員で、ジオン艦隊の不運な攻撃から唯一生き残ったベインという謎の人物に対処しているところであった。
The Matrix RevolutionsEdit
The Matrix Revolutionsは第2作の出来事の直後から始まります。 センチネルとの戦いの結果、意識を取り戻したネオは、メロビンジアンの命令によってのみアクセスできる隔離された駅のようなリンボに捕らわれ、そこから心を解放することができないでいます。 そこで彼は、目的を持たずに作られた若いプログラム、サティと出会う。サティは、同じく機械の世界のプログラムである両親によって、マトリックスに密航させられていたのだ。
最後にオラクルを訪ねたネオは、自分がマトリックスを超える力を持ち、スミスが蔓延してマトリックスと現実世界を破壊しようとしていることを知ります。 ネオは、オラクルの説明から、トリニティを救うという選択が本質的に人類の滅亡につながるというアーキテクトの主張が誤りであることを知ります。 戦争を終わらせ、スミスを倒すことを選択する力を得たネオに、オラクルは「始まりがあるものには終わりがある、ネオ」と言い、センチネルとスミスを止めるために、厳重に警備されたマシンシティへ行かなければならないと告げます。
ネオとトリニティは、モーフィアスのかつての恋人ナイオビが指揮するホバークラフト「ロゴス」を与えられ、自殺を覚悟でマシンシティに向かう。 一方、ローランド隊長とホバークラフト「ハンマー／ムジョルニア」に乗ったリンクとモーフィアスのネブカドネザルの生き残りクルーは、包囲されマシーンに負けたザイオンに戻る。 ネオとトリニティは密航者のベイン／スミスに待ち伏せされ、電気ケーブルでネオを見えなくされるが、ネオが視力とは別にプログラムとマシンを「見る」能力を発見し、マトリックスの外の「現実世界」が単なるシミュレーションの1層に過ぎないことを明らかにしたため、殺される。
ネオはトリニティと共にロゴスを誘導し、マシン・シティの防衛網を突破するが、不時着したトリニティに致命的な傷を負わせ、命を落とす。
ネオは巨大なマシンの構成体であり、事実上のマシンのリーダーであるデウス・エクス・マキナと出会う。 ネオはマトリックスに入り、スミスのプログラムがシミュレーション世界全体にコピーされ、雨の降る暗いシミュレーション世界と化しているのを発見する。 オラクルと同化し、ネオと同じように仮想世界の自由と支配を手に入れたスミスのコピーの1つが、1人でネオと対峙する。 しばらくは互角の戦いが続くが、疲れを知らないスミスがネオを消耗させ始め、戦いの主導権を握る。
ネオの体はマシン・シティでマシーンに奪われ、ザイオンではネオと交換した平和のためにマシーンが攻撃を止め、引退する。
The Matrix OnlineEdit
続編の MMORPG である The Matrix Online では、ネオの運命は決して明らかにされませんでしたが、それでも彼の影響はゲーム中のいくつかの重要な出来事に強い影響を与えました。
最初、チャプター 1.1 でメガシティに現れた偽者のエージェント (後にジェネラル プログラム指揮下のセンチネルであることが判明) の死体から、ネオの「RSI」 (Residual Self Image) のコードの断片が散乱して見つかりました。 この破片を手に取ると、レッドピルの心の中でネオが最後に考えたことの一部が反響する。
予言者は、シェイパーと呼ばれる亡命者の秘密結社が、フラグメントを集めることができる唯一の存在であり、偽者のエージェントによる腐敗から保護されなければならないことを明らかにする。 レッドピルの不信感と組織の違いから、強力な団結には限界があり、あるシェイパーが偽エージェントの捕虜になった。 彼の力により、ザ・ワンの一部が組み込まれ、青白い肌をした強力な「N30 Ag3nts」が誕生したのです。2章では、モーフィアスが、マシンはネオの遺体（現実世界でのネオの身体）をザイオンに返さなかったが、「リサイクル」はしなかったと述べています。これは第1作で、モーフィアスがネオに、マシンはマトリックスの生存者のために有機物の栄養を供給するために、亡くなった居住者を液化していると語ったことに由来します。
その後、第9章でオリガルヒが登場するまで、ネオの話題は他の争いのために脇役に回されました。
第10章でハルボーンを排除した後は、第12章でオラクルが率いていたトリニティ計画の存在が明らかになるまで、ほとんど何も語られることはなかった。 ネオとトリニティは、人間のDNAをマシンのコードに完全に変換し、模擬インターフェースを必要とせずにテクノロジーと直接インターフェースすることを可能にする、数十年にわたるマシン研究の集大成であることが明らかになったのだ。