Latent Infection
感覚神経細胞のHSV潜伏感染では、神経細胞の軸索末端にビリオンが結合して、上述の溶解感染と同じ侵入分子を使って、おそらく軸索内に侵入してくる。 カプシドは軸索に沿って逆行性輸送により神経細胞体へ移動し、そこでウイルスゲノムが神経細胞核に放出される。 しかし、VP16がニューロン核に局在していないことと、VP16と複合体を形成してIE遺伝子の発現を活性化する宿主タンパク質の少なくとも1つが細胞質に局在していることから、溶菌による遺伝子発現は限定的である。 転写される主要なウイルス遺伝子は、長い（10kb以上）非コードRNA一次転写物である潜伏関連転写物（LAT）をコードしている遺伝子である。 LATはスプライシングにより処理され、安定した2kbの円形イントロンといくつかのマイクロRNA（miRNA）を生み出す。 LATの発現は、ウイルスゲノム上のヘテロクロマチンを増加させ、ウイルスの溶菌遺伝子発現を低下させ、アポトーシスを抑制することにより、感染神経細胞の生存を促進するように作用する。 LATは、Polycomb repressive complex 2ヒストンメチルトランスフェラーゼをリクルートすることによって、H3K9me3（ヒストンH3リジン3残基トリメチル化）facultative heterochromatin markerのレベルを増加させると思われる。 潜伏性ヘテロクロマチンは、サイレンシングされているので、潜伏性HSVクロマチンとして理想的であるように思われるが、再活性化のための態勢を整えているクロマチンの一形態であろう。
潜伏感染の維持期間中は、HSV溶解遺伝子の発現は最小限だが検出可能である。 神経細胞は休息細胞であるため、ウイルスDNAゲノムは複製されず、宿主染色体にも繋がれていない状態で安定的に維持される。 潜伏感染した神経細胞を取り囲むCD8+T細胞が潜伏感染を維持していると主張する人もいるが、別の説明として、再活性化した神経細胞を標的にしているという説もある。 いずれにせよ、神経細胞の損傷、ストレス、活性化は、ウイルスクロマチンのヒストンをリン酸化し、潜伏ゲノムの全般的な転写を可能にし、溶菌転写カスケードを引き起こすのに十分なVP16を提供すると考えられるキナーゼ信号伝達経路を引き起こす。 これにより、少なくとも限られた量のウイルス遺伝子が発現してカプシドが形成され、カプシドまたはビリオンが前向輸送により軸索に沿って移動し、軸索末端で再活性化して放出され、再感染が引き起こされるのである。 再活性化した神経細胞が生き残るかどうかは議論されてきたが、神経細胞の生存率は再活性化した遺伝子の発現量に反比例していると考えられ、オールマイティな効果ではないと考えられる
。