コアゲームは、1993年に発売されたコレクティブカードゲームの標準ルール（ただし、どのカードも神話1枚、レア2枚、アンコモン3枚しか使用できない）に従っており、それぞれのプレイヤーが土地と呪文からなるカードの山を持っている。 土地は呪文を唱えるために必要な資源である「マナ」を生成するために使用されます。 マナは5色あり、カードは色付きマナと汎用マナ（どの色のマナでもよい）を必要とする場合があります。 呪文には、1回限りの効果を持つソーサリーやインスタントから、相手を攻撃したり防御したりできる召喚クリーチャーまで、さまざまな種類があります。
マジック・デュエルズでは、プレイヤーは交互に土地カードをプレイし、呪文を唱え、1人を除くすべてのプレイヤーのライフが0になるまで対戦相手を攻撃します。
Magic Duels: Origins は、1 人用のストーリー モードとオンライン対戦モードを中心にゲームを構成しています。 ストーリーモードでは、プレイヤーは 5 人の異なるプレインズウォーカー、Chandra Nalaar、Jace Beleren、Gideon Jura、Nissa Revane、および Liliana Vess の起源物語を歩むことになります。 各プレインズウォーカーには、コンピュータ制御の対戦相手と5回以上のデュエルがあります。 プレイヤーは選択したプレインズウォーカーをベースにしたデッキを使用し、各デュエルをクリアするごとに、事前に選択した新しいカードを追加してデッキを強化します。
バトルモードでは、プレイヤーは既製のデッキを使用するか、カードのコレクションからデッキを構築し、コンピューター対戦相手またはオンライン対戦相手と対戦することができ、マッチタイプにはリーダーボードに記録されるプレイヤーとの 1 対 1 マッチや、2 対 2 の双頭巨人戦があります。 これらのモードにおけるコンピュータの対戦相手は、3つの難易度から選ぶことができ、難易度が高いほどプレイヤーに与えられる報酬が多くなります。 対戦相手のデッキはプロシージャルに生成され、プレイヤーが対戦するデッキの種類は効果的にランダム化されます。 どちらのモードでもプレイするとゲーム内マネーを獲得でき、新しいブースターパックや特定のカードを購入してカードライブラリを拡張できます。また、ゲーム内マネーで達成できる様々な日次目標があり、コミュニティの様々な目標達成に協力することですべてのプレイヤーに報酬が与えられます。 また、ゲーム内マネーを使って、毎日さまざまな目標を達成することもできます。