Embora os Anticuchos sejam de origem pré-colombiana, os Anticuchos modernos podem ser rastreados desde o século XVI, quando foram encontrados pela primeira vez pelos conquistadores espanhóis. Foi nesta época que ingredientes europeus como o alho foram adicionados, e a carne de vaca começou a substituir a tradicional lhama que era usada na época do Império Inca. Era um prato popular entre os habitantes do Império Inca, e atualmente é popular na maioria dos países da América do Sul. Versões americanizadas de anticuchos são às vezes feitas de carnes não-orgânicas.
De acordo com o arquivo de texto da Biblioteca Nacional em Lima (Peru), acredita-se que o termo vem do quechua antikuchu (anti: ‘East’ + kuchu: ‘cut’ ou uchu: ‘porridge, mix’). A escritora Erika Fetzer menciona que, de acordo com a tradição, os anticuchos eram preparados com carne e chama. Os espanhóis enfiaram a carne em espetos.
Os espanhóis também trouxeram negros escravizados, que se estabeleceram em Lima e na costa sul do Chico de la Ciudad de los Reyes da Vice-royalty do Peru. Eles adotaram este prato.
Naqueles dias, os espanhóis dispensavam as miudezas como alimento para os escravos, usando carnes sem miudezas, por desejo de ter um prato que lhes fosse mais atraente. A receita atualmente utilizada, com seu sabor tradicional, usa especificamente o coração de boi. No Peru, a tradição continua com o nome e ingredientes tradicionais; anticuchos são consumidos por todas as classes sociais do Peru, e é especialmente popular como um alimento de rua.
Os discursos do peruano Ricardo Palma, Tradiciones Peruanos foram publicados em 1833, mencionam a venda de anticuchos às 3 da tarde.