Não há dúvida de que a Hobson considerava Russell apenas como uma capital temporária. Em 18 de abril de 1840, ele enviou Mathew numa segunda viagem para o sul; o Surveyor General foi instruído a explorar os portos de Whangarei, Mahurangi e Waitematā, e a prestar particular atenção a um local na margem sul do Waitematā. Mathew passou dois meses explorando os vários locais e rejeitou Whangarei e Mahurangi, mas também rejeitou o local preferido por Hobson que mais tarde ficou conhecido como Hobsonville. Nas suas palavras, era “totalmente inadequado para o local do assentamento principal, e na verdade mal adaptado para um assentamento”. Mathew recomendou a Bacia de Panmure para o assentamento, que tinha inúmeras vantagens, mas ele admitiu que o acesso a partir do porto era difícil.
Após Hobson ter recuperado alguma saúde, ele foi para o sul para verificar as recomendações de Mathew. Em 6 de julho, ele visitou Panmure e imediatamente o dispensou por causa do difícil acesso pela água. Hobson também admitiu que a sua localização favorecida era impraticável. Depois que a festa assistiu a um pôr-do-sol e ficou impressionado com um “aspecto encantador da costa mais abaixo no porto, no brilho dourado do final da tarde”, eles foram a terra no dia seguinte. Concordaram que o lugar era uma grande promessa para uma futura capital; acredita-se que desembarcaram em Shelly Beach, em Ponsonby. No final do mês, foi decidido que a capital se mudaria para Waitematā.
Em 13 de setembro de 1840, um barquinho deixou Russell para o Waitematā. A bordo estavam sete funcionários do Governo, alguns passageiros de cabine e numerosos passageiros de boi. O partido, sob o comando de Symonds, deveria finalizar a escolha da futura capital, comprar o terreno dos Maoris, erguer lojas e edifícios de alojamento, e encontrar um local para a Casa do Governo. Em 18 de Setembro, o terreno (cerca de 3.000 acres ou 1.200 hectares) tinha sido escolhido e um acordo assinado com Āpihai Te Kawau e outros representantes da Ngāti Whātua iwi. Uma bandeira foi erguida em Point Britomart, e a saúde de Sua Majestade estava “mais rapidosamente bêbada com vivas longas e barulhentas”. Sarah Mathews, a esposa do Inspetor Geral, registrou em seu diário que o nome “Auckland” estava inscrito no mastro da bandeira, juntamente com a data da compra do terreno. Isto pode ser considerado como o nome não oficial da cidade, pois o nome foi colocado por escrito pela Hobson pela primeira vez em 10 de Novembro desse ano. George Eden, 1º Conde de Auckland, foi Primeiro Senhor do Almirantado. Em 1834, ele havia dado uma comissão a William Hobson para navegar para as Índias Orientais na cascavel, que terminou um período de seis anos sem comando e com meio salário. Embora o nome tenha sido dado em agradecimento, certamente encontrou aprovação geral, pois Lord Auckland estava no auge da sua fama em 1840, depois de ter sido nomeado Vice-Rei da Índia em 1835. A aprovação da Rainha Vitória de Auckland como o nome do povoado foi publicada na New Zealand Gazette a 26 de Novembro de 1842.
O trabalho progrediu bem em Auckland. Hobson visitou Auckland pela primeira vez em 17 de outubro de 1840 para verificar o progresso, e decidir sobre a localização da Casa do Governo. Ele retornou à Baía das Ilhas, tendo decidido se estabelecer em Auckland no ano seguinte. A Casa do Governo foi um kit construído na Inglaterra e enviado para a Nova Zelândia, pesando 250 toneladas (250 toneladas longas; 280 toneladas curtas). Tinha 16 quartos, tinha 37 metros de comprimento, 15 metros de largura e 7,3 metros de altura. Foi colocado na esquina da Hobson com a Cook Streets. Os funcionários e todos os documentos do governo foram transferidos da Baía das Ilhas para Auckland, em janeiro de 1841. Hobson mudou-se para sua nova residência em 14 de março de 1841, e com ele, a capital mudou-se da Bay of Islands para Auckland.
A primeira Suprema Corte da Nova Zelândia foi construída em 1842 na esquina das ruas Queen Street e Victoria Street West. A corte foi presidida pelo Juiz Martin.
Em 23 de junho de 1848, a Casa do Governo ardeu durante o mandato de Sir George Grey como Governador. Ninguém se magoou, mas o edifício foi uma perda total. Uma residência viceregal foi então alugada por muitos anos (conhecida como Scoria House e localizada na Karangahape Road) antes da nova Casa do Governo ser construída em 1856. A construção deste edifício fazia parte da campanha de Auckland para manter a sede do governo, já que a discussão sobre a mudança da capital para o sul já tinha começado. Este edifício tornou-se formalmente parte da Universidade de Auckland em 1969, é agora conhecido como Casa do Governo Antiga, e foi registado pelo New Zealand Historic Places Trust como uma estrutura patrimonial de Categoria I, em 1983.
A forma inicial de governo era um conselho executivo formado por um funcionário público nomeado pelo governador e responsável perante este. Isto mudou quando o Acto da Constituição da Nova Zelândia de 1852, um Acto do Parlamento do Reino Unido que concedeu auto-governo à Colónia da Nova Zelândia, foi recebido. Isto permitiu uma Assembleia Geral bicameral (ou Parlamento), composta pelo Governador, um Conselho Legislativo nomeado e uma Câmara dos Representantes eleita, com um Conselho Executivo nomeado nominalmente pelo Governador. Também permitiu a formação de governos provinciais, tendo sido inicialmente estabelecidas seis províncias. A primeira eleição geral foi realizada em 1853 e o Parlamento reuniu-se em Auckland para a sua primeira sessão, que foi aberta a 27 de Maio de 1854. A 3 de Junho, a questão da sede do Parlamento foi discutida pela primeira vez, com Edward Gibbon Wakefield a argumentar que a sede do governo devia ser transferida para Wellington. As viagens de e para o Parlamento eram árduas, e os membros do extremo sul tinham levado dois meses para chegar a Auckland. Uma localização mais central era desejável, um movimento não apoiado pelos membros dos círculos eleitorais de Auckland. O que também não ajudou foi que a Casa da Assembléia Geral tinha sido erguida com pressa e não era mais do que uma concha, e os membros a chamavam de “Shedifice”. O vento soprava pelo edifício, vazava na chuva, e faltavam amenidades básicas como banheiros. Construído no que era então o limite da cidade, era um edifício sem conforto.
Argumentos sobre onde o Parlamento deveria se reunir foram tidos durante uma década. James FitzGerald, que tinha liderado brevemente o primeiro ministério do país, moveu que a próxima sessão “deveria ser realizada em uma posição mais central na colônia”. Ele não tinha consultado outros antes, e muitos dos membros do sul estavam ausentes quando os votos foram emitidos, e a proposta foi derrotada de 13 a 11. Em 1856, uma resolução de que a próxima sessão deveria ser realizada em Auckland foi emendada, substituindo a frase “uma posição mais central” como o local, mas o assunto foi deixado para a decisão do governador. Apenas alguns meses depois, uma proposta para a próxima sessão a ser convocada em Nelson foi derrotada por pouco. O governador, Thomas Gore Browne, sugeriu que poderia haver mérito em ter reuniões alternadas em Wellington e Auckland. Após muita discussão, foi decidido realizar a segunda sessão do 3º Parlamento em Wellington, e o Parlamento reuniu-se de Julho a Setembro de 1862 no edifício do Conselho Provincial de Wellington. Uma proposta para tornar esta mudança para Wellington permanente foi perdida por uma única votação. Os edifícios do Conselho Provincial de Wellington foram construídos em 1858 e eram opulentos em estilo; o forte contraste com o “Shedifice” em Auckland era parte da campanha de Wellington para atrair os membros do parlamento a mudarem a capital para sua cidade.
Depois que a capital se mudou para Wellington, o Edifício do Parlamento acabou sendo transferido para a Universidade de Auckland e demolido em 1919. A Casa do Governo continuou a ser uma das sedes do governador, que alterna entre Wellington e Auckland até aos dias de hoje. A antiga Casa do Governo permaneceu neste uso até 1969, quando Sir Frank e Lady Mappin doaram a atual Casa do Governo (Birchlands) que está localizada no Monte Éden. A antiga Casa do Governo está desde então em uso pela Universidade de Auckland.