O jogo principal segue as regras padrão do jogo de cartas colecionáveis (exceto que você só pode usar 1 mítico, 2 raras e 3 não-comuns de qualquer carta) Magic: The Gathering, lançado pela primeira vez em 1993; cada jogador tem um baralho de cartas composto de terras e feitiços. As terras são usadas para gerar “mana”, o recurso necessário para lançar feitiços. A mana vem em cinco cores, e as cartas podem requerer cores ou genéricas (mana de qualquer cor) para serem lançadas. Feitiços vêm em muitas variedades, desde sortições e instantes que têm efeitos únicos, até criaturas convocadas que podem atacar e defender dos oponentes. Jogadores alternam turnos jogando cartas terrestres, lançando feitiços e atacando oponentes até que todo o total de vida, menos um jogador, seja reduzido para 0.
Duelos Mágicos: Origens enquadra o jogo principal em torno de um modo de história para um único jogador, e um modo de batalha online. No modo story, o jogador passa pela história de origem de cinco diferentes Planeswalkers, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane, e Liliana Vess. Cada Planeswalker tem cinco ou mais duelos com adversários controlados por computador. O jogador usa um baralho baseado no Planeswalker selecionado, e à medida que eles completam cada um dos duelos, melhorar esse baralho através da adição pré-selecionada de novas cartas. Estes baralhos, com quaisquer melhorias que tenham desbloqueado, também estão disponíveis para o jogador no modo de batalha.
Modo Battle permite aos jogadores usar baralhos pré-fabricados ou construir baralhos a partir da sua colecção de cartas, e jogar contra adversários do computador ou adversários online; os tipos de partida incluem partidas um-a-um com jogadores seguidos nas tabelas de liderança, e o modo Two-headed Giant (dois-vs-dois). Os oponentes de computador nestes modos podem ser selecionados a partir de três níveis de dificuldade, com maiores dificuldades ganhando mais recompensas para o jogador. Os decks dos adversários do computador serão gerados de forma processual, randomizando efetivamente o tipo de decks que o jogador irá enfrentar. Jogando em qualquer um dos modos pode ganhar o dinheiro dos jogadores no jogo para serem usados para comprar novos booster packs ou cartas específicas para expandir sua biblioteca de cartas; há também vários objetivos diários para os jogadores completarem por dinheiro no jogo, e todos os jogadores são recompensados por ajudar a completar vários objetivos da comunidade. Os jogadores também podem comprar dinheiro dentro do jogo com microtransações, mas não é necessário ter acesso a todas as cartas e características.