Quando ele se formou em Dartmouth, Just enfrentou os mesmos problemas que todos os graduados negros de sua época enfrentaram: não importava quão brilhantes fossem ou quão altas fossem suas notas, era quase impossível para os negros se tornarem membros do corpo docente nas faculdades ou universidades brancas. Apenas pegou o que parecia ser a melhor escolha disponível para ele e aceitou um cargo de professor na historicamente negra Universidade Howard em Washington, D.C. Em 1907, Just começou a ensinar retórica e inglês, campos um pouco afastados de sua especialidade. Em 1909, porém, ele estava ensinando não apenas inglês, mas também biologia. Em 1910, ele foi colocado à frente de um novo departamento de biologia pelo presidente de Howard, Wilbur P. Thirkield e, em 1912, tornou-se chefe do novo Departamento de Zoologia, cargo que ocupou até sua morte em 1941. Pouco depois de começar a sua nomeação na Howard, Just foi apresentado a Frank R. Lillie, o chefe do Departamento de Zoologia da Universidade de Chicago. Lillie, que também era diretor do Laboratório Biológico Marinho (MBL) em Woods Hole, Massachusetts, convidou Just para passar o verão de 1909 como seu assistente de pesquisa no MBL. Durante este tempo e mais tarde, as experiências de Just concentraram-se principalmente nos ovos de invertebrados marinhos. Ele investigou a reação de fertilização e os hábitos de reprodução de espécies como Platynereis megalops, Nereis limbata, e Arbacia punctulata. Durante os cerca de 20 anos seguintes, apenas passou todos os verões, mas um no MBL.
Enquanto estava no MBL, apenas aprendeu a manusear ovos e embriões de invertebrados marinhos com habilidade e compreensão, e logo a sua experiência foi muito requisitada tanto por pesquisadores juniores como por pesquisadores seniores. Em 1915, apenas tirou uma licença de Howard para se inscrever em um programa acadêmico avançado na Universidade de Chicago. Nesse mesmo ano, Just, que estava ganhando uma reputação nacional como um jovem cientista de destaque, foi o primeiro a receber a Medalha Spingarn da NAACP, que ele recebeu em 12 de fevereiro de 1915. A medalha reconheceu suas conquistas científicas e seu “principal serviço à sua raça”. Ele começou sua formação de pós-graduação com cursos no MBL: em 1909 e 1910 ele fez cursos de zoologia invertebrada e embriologia, respectivamente, lá. Os seus cursos continuaram em residência na Universidade de Chicago. As suas funções na Howard atrasaram a conclusão dos seus trabalhos de curso e a obtenção do grau de doutor. No entanto, em junho de 1916, acaba de receber seu diploma em zoologia, com uma tese sobre a mecânica da fertilização. Só assim se tornou um dos poucos negros que tinham obtido o doutorado de uma grande universidade. Quando recebeu seu doutorado de Chicago, ele já havia publicado vários artigos de pesquisa, tanto como autor único quanto como co-autor com Lillie. Durante o seu mandato em Woods Hole, Just passou de aluno aprendiz a cientista respeitado internacionalmente. Cuidado e meticuloso experimentalista, ele era considerado “um gênio no desenho de experimentos”. Ele havia explorado outras áreas incluindo: partenogênese experimental, divisão celular, hidratação, desidratação em células, radiação UV carcinogênica em células e fisiologia do desenvolvimento.
Apenas ficou frustrado porque não conseguiu obter uma consulta em uma grande universidade americana. Ele queria uma posição que lhe proporcionasse uma renda estável e lhe permitisse passar mais tempo com sua pesquisa. A carreira científica de Just envolvia uma luta constante por uma oportunidade de pesquisa, “o sopro da sua vida”. Ele foi condenado por raça a permanecer ligado a Howard, uma instituição que não podia dar plena oportunidade a ambições como as que Just tinha. Em 1929, Just viajou para Nápoles, Itália, onde realizou experiências na prestigiosa estação zoológica “Anton Dohrn”. Depois, em 1930, tornou-se o primeiro americano a ser convidado para o Instituto Kaiser Wilhelm, em Berlim-Dahlem, Alemanha, onde vários laureados com o Prêmio Nobel realizaram pesquisas. Ao todo, desde sua primeira viagem em 1929 até sua última viagem em 1938, acabou de fazer dez ou mais visitas à Europa para realizar pesquisas. Foi durante este tempo, que Just foi co-autor de um trabalho de pesquisa com alguns outros cientistas, chamado “General Cytology”, que os cientistas o trataram como uma celebridade e o encorajaram a estender sua teoria sobre o ectoplasma a outras espécies. Apenas gostava de trabalhar na Europa porque lá ele não enfrentava tanta discriminação em comparação com os EUA e quando se deparou com o racismo, invariavelmente veio dos americanos. A partir de 1933, quando os nazistas começaram a tomar o controle do país, apenas cessou seu trabalho na Alemanha. Mais tarde ele mudou seus estudos na Europa para Paris e para o laboratório marinho na vila francesa de Roscoff, localizada no canal inglês.
Apenas foi autor de dois livros, Métodos Básicos para Experimentos de Ovos de Animais Marinhos (1939) e A Biologia da Superfície Celular (1939), e também publicou pelo menos setenta artigos nas áreas de citologia, fertilização e desenvolvimento embrionário precoce. Ele descobriu o que é conhecido como o bloco rápido para a poliespermia; ele elucidou ainda mais o bloco lento, que tinha sido descoberto por Fol na década de 1870; e ele mostrou que as propriedades adesivas das células do embrião primitivo são fenômenos de superfície extremamente dependentes do estágio de desenvolvimento. Ele acreditava que as condições usadas para experimentos em laboratório deveriam coincidir com as da natureza; neste sentido, ele pode ser considerado como um biólogo de desenvolvimento ecológico precoce. O seu trabalho sobre a partenogénese experimental informou o conceito de Johannes Holtfreter de “auto-indução” que, por sua vez, influenciou amplamente a moderna biologia evolutiva e de desenvolvimento. A sua investigação sobre o movimento da água para dentro e para fora dos óvulos vivos (mantendo todo o seu potencial de desenvolvimento) deu uma visão da estrutura celular interna que está agora a ser mais elucidada usando poderosas ferramentas biofísicas e métodos computacionais. Estes experimentos anteciparam as imagens não invasivas de células vivas que estão sendo desenvolvidas atualmente. Embora o trabalho experimental de Just tenha mostrado um papel importante para a superfície celular e para a camada abaixo dela, o “ectoplasma”, em desenvolvimento, ele foi em grande parte e infelizmente ignorado. Isto foi verdade mesmo com respeito aos cientistas que enfatizaram a superfície celular em seu trabalho. Era especialmente verdade para os americanos; com os europeus, ele se saiu um pouco melhor.