Os sítios de ligação de anticorpos possuem propriedades gerais que lhes permitem ligar diferentes antigénios com afinidades variáveis e ligar novos antigénios? Aqui, abordamos esta questão através do exame das características físicas e químicas mais favoráveis aos resíduos envolvidos na acomodação e ligação de antígenos. Os aminoácidos anfhipáticos poderiam tolerar prontamente a mudança de ambiente de hidrofílico para hidrofóbico que ocorre na formação do complexo anti-corpo-antigênio. Os resíduos que são grandes e podem participar em uma grande variedade de van der Waals’ e interações eletrostáticas permitiriam a ligação a uma gama de antígenos. Aminoácidos com cadeias laterais flexíveis poderiam gerar uma região estruturalmente plástica, ou seja, um local de ligação possuindo a capacidade de se moldar ao redor do antígeno para melhorar a complementaridade das superfícies que interagem. Assim, os anticorpos poderiam se ligar a um conjunto de antígenos novos usando um conjunto limitado de resíduos intercalados com resíduos mais exclusivos aos quais pode ser atribuída uma maior especificidade de ligação. Uma molécula de anticorpo individual poderia assim ser reactiva e ter a capacidade de se ligar a ligandos estruturalmente semelhantes. A acomodação de variações na estrutura antigênica pela modesta flexibilidade do local de combinação poderia dar uma contribuição importante para a defesa imunológica, permitindo a ligação de anticorpos a patógenos distintos, mas intimamente relacionados. Tyr e Trp satisfazem mais prontamente estes requisitos físico-químicos católicos e, portanto, seria de esperar que fossem comuns na combinação de locais por motivos teóricos. O suporte experimental para isto vem de três fontes, (1) a alta frequência de participação destes aminoácidos na ligação de antígenos observada em seis complexos anti-corpo-antigénio determinados cristalogicamente, (2) a sua ocorrência frequente nas regiões de ligação putativa de anticorpos, determinada a partir de dados estruturais e sequenciais e (3) o potencial de movimento das suas cadeias laterais em locais de ligação de anticorpos e sistemas modelo conhecidos. Os seis antígenos de ligação compreendem dois pequenos antígenos diferentes, regiões não sobrepostas da mesma proteína grande e um peptídeo resíduo de 19 aminoácidos. De um total de 85 complementaridades que determinam as posições das regiões, apenas 37 locais (mais 3 estruturas) estão directamente envolvidos na interacção dos antigénios. Destes, o resíduo de cadeia leve 91 é utilizado por todos os complexos examinados, enquanto a cadeia leve 32, a cadeia leve 96 e a cadeia pesada 33 são utilizadas por cinco dos seis. Os locais de ligação nos complexos anticorpo-antigénio conhecidos, bem como os locais de combinação postulados em fragmentos de Fab livre apresentam características semelhantes no que diz respeito aos tipos de aminoácidos presentes. O possível papel de outros aminoácidos também é avaliado (ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)