Principais anos de reconstrução.
Quando Frederick William, completamente inexperiente em política, sucedeu ao seu pai como eleitor em Dezembro de 1640, ele assumiu uma terra devastada ocupada por tropas estrangeiras. Sob o poderoso favorito de seu pai, Graf Adam von Schwarzenberg, Brandenburg havia mudado de lado dos suecos para os Habsburgs e assim foi arrastado para a luta de ambos os lados. Residindo até 1643 não em Brandenburgo, o coração do seu domínio, mas sim em Königsberg (hoje Kaliningrado, Rússia), a capital do remoto Ducado da Prússia, o Eleitor, no início, seguiu uma política de neutralidade cautelosa a fim de escapar à pressão das potências rivais. Ele dispensou as tropas de Brandenburgo ao serviço do imperador Habsburgo e concluiu um armistício com a Suécia.
Ele logo reconheceu, entretanto, que sem um exército ele nunca poderia se tornar mestre em sua própria casa. Em 1644, no início das negociações para concluir a Guerra dos Trinta Anos, ele já tinha começado a organizar a sua própria força militar. Embora seu exército fosse pequeno, Brandenburgo não poderia apoiá-lo sem requisitar fundos do Ducado de Cleves, no oeste, e do Ducado da Prússia. Pela primeira vez os territórios de Brandenburgo, unidos apenas pela sua lealdade à pessoa do Eleitor, foram reunidos para um propósito político. O exército permanente foi a primeira instituição usada pelos governantes cada vez mais absolutistas de Brandenburgo para combater os privilégios das propriedades dos territórios individuais. Nunca foi totalmente dissolvido e tornou-se o núcleo do exército prussiano do século XVIII.
Este exército não era suficientemente grande para permitir a Frederick William conduzir uma política externa independente. Além disso, seu casamento em 1646 com Louise Henriette de Orange falhou em trazer o esperado apoio holandês. Sem o apoio de grandes potências amigas no congresso de paz de Vestefália em 1648, ele não alcançou seu objetivo de adquirir toda a Pomerânia, com o estuário do Oder e o importante porto de Stettin (desde 1945 Szczecin). Ele teve que se contentar com a Pomerânia oriental, as dioceses secularizadas de Minden e Halberstadt, e a promessa do arcebispado de Magdeburg, todas elas importantes como ligações às suas possessões na Alemanha ocidental.
Após sete anos de reconstrução pacífica, Frederick William viu a sua capacidade política e militar ser posta à prova com a eclosão da Primeira Guerra do Norte (1655-60). Ao invadir a Polónia, o Rei Carlos X Gustav da Suécia procurou expandir o poder no Báltico que a Suécia ganhou com a Paz de Vestefália. Frederick William, como duque da Prússia, devia fidelidade ao rei polonês, mas, quando ofereceu uma aliança pela Suécia em troca de controle sobre os portos da Prússia Oriental, o Eleitor escolheu a neutralidade armada. Quando Charles Gustav rapidamente ultrapassou a Polônia e avançou contra a Prússia Oriental, Frederick William teve que trocar o polonês por suserano sueco e dar apoio armado a Charles Gustav. Na Batalha de Varsóvia de três dias, em julho de 1656, o exército não testado de Brandenburgo, sob o comando do Eleitor, passou no seu teste de fogo. Para manter o Eleitor do seu lado, o rei sueco concedeu-lhe plena soberania sobre o Ducado da Prússia. Isso não impediu Frederick William, quando a posição militar da Suécia se deteriorou, de entrar em negociações com a Polônia, que agora renunciou a suserania sobre a Prússia Oriental. Com seus novos aliados, a Polônia e o imperador Habsburgo, o eleitor expulsou os suecos da Pomerânia ocidental. A intervenção francesa, porém, obrigou Frederico Guilherme a renunciar mais uma vez às suas conquistas pomeranianas. Ratificada no Tratado de Oliva em 1660, esta renúncia foi equilibrada pela confirmação da plena soberania do Eleitor sobre o Ducado da Prússia.
A capacidade do Eleitor para obter os seus fins surgiu não só da facilidade com que mudou de lado, mas também do seu sucesso em forçar os estados provinciais a apoiar o exército permanente independentemente das dotações fiscais das dietas. Na segunda metade do seu reinado, ele retirou completamente o controlo dos impostos e das finanças das propriedades, lançando assim as bases para a poderosa burocracia do posterior absolutismo prussiano, com o seu exército permanente, impostos fixos e um oficialismo dependente apenas do soberano.