Meanwhile, My’shell Lemair, culpando-se pela situação de Charlotte, decidiu investigar pistas sobre antigos relatos de Assassinos, levando-a a descobrir que eles estavam sendo secretamente usados por uma terceira facção. Berg também investigou os relatos e a interrogou, antes de ser emboscada por uma célula de instrumentos liderada por Jasdip. Gravemente ferida, My’shell levou Berg ao esconderijo de Londres, onde os Assassinos se reuniram de novo. Relutantemente, a célula Assassina e Berg decidiram unir forças para deter a nova facção que havia se infiltrado em ambas as ordens.
Charlotte foi reviver as memórias de Ignacio Cardona, descobrindo que ele interagia com o ex-Cruz Negra Albert Bolden. Depois que Charlotte foi incapaz de continuar devido ao cansaço causado pelo Animus, Berg revivia as memórias de Albert Bolden usando o DNA de seu descendente André Bolden. Eles eventualmente descobriram que o artefato estava enterrado nos escombros de uma igreja abandonada na Espanha. Enquanto isso, os instrumentos seqüestraram o laboratório do Projeto Fénix de Abstergo por seus próprios meios.
p> Os Assassinos e Berg partiram para Espanha, onde Arend e Kiyoshi enfrentaram a resistência inicial de dois protetores idosos do local designado por Cardona e Bolden, antes de serem capturados pela equipe de instrumentos de Jasdip Dhami. Quando Charlotte descobriu o Koh-i-Noor, activou involuntariamente o artefacto e criou uma explosão de luz. Dhami conseguiu subjugar Charlotte no meio da explosão de luz e, após um ataque com argamassa, escapou com o artefato. Pouco depois, o esconderijo londrino dos Assassinos foi atacado pelos Instrumentos, embora My’shell tenha conseguido escapar com Guernica, embora acabando por deixá-lo para trás gravemente ferido.
Meanwhile, os Instrumentos forçaram o chefe do Projeto Phoenix da Abstergo, Álvaro Gramática, a criar um novo corpo para Juno, usando o Sudário do Éden e o DNA retirado do filho sábio de Desmond, Elijah, em um laboratório em algum lugar na Austrália. Como o novo corpo de Juno estava completo e ela renasceu, os Assassinos e Berg invadiram as instalações, enquanto Elijah se rebelou contra os seus captores de instrumentos. Os Assassinos mataram muitos instrumentos, incluindo Dhami, enquanto Galina desceu ao laboratório de Gramática.
Como Galina e Elijah chegaram ambos ao laboratório, Elijah roubou o Koh-i-Noor e o tocou ao lado de Galina, usando seus poderes para se defender dos instrumentos. Galina então o usou para criar uma ilusão de Consus para distrair Juno, enquanto ela então matou a Isu com sua Lâmina Escondida. Embora Charlotte ainda estivesse lá dentro, Berg disparou uma granada altamente destrutiva dentro das instalações uma vez que ele e Galina, Arend e Kiyoshi escaparam, matando-a apesar do protesto dos Assassinos. Elias, entretanto, escapou com o Koh-i-Noor.
Procura pelo Cajado de Hermes Trismegisto
No final de Outubro de 2017, William Miles resgatou um agente malfeitor da Abstergo chamado Layla Hassan, que tinha sido encarregado por Simon Hathaway de recuperar o sarcófago de Bayek de Siwa, o fundador dos Escondidos, na Depressão de Qattara, no Egito. Depois que ela decidiu explorar as memórias de Bayek por conta própria com seu portátil Animus em vez de trazer o sarcófago para Abstergo, a empresa enviou agentes sem sucesso para matá-la. William eventualmente a encontrou e lhe ofereceu uma oportunidade de trabalhar no projeto Animus Assassins, que ela relutantemente aceitou.
No ano seguinte, a relutância de Layla em se juntar à Irmandade diminuiu e ela se tornou um membro valioso dos Assassinos, até mesmo ganhando liderança sobre sua própria cela. No final de 2018, Layla encontrou evidências que apontavam para a localização da Lança quebrada de Leônidas, e reuniu uma equipe composta pela ex-colaboradora do Abstergo Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura e Alannah Ryan para recuperá-la. Usando uma amostra de DNA no artefato, ela procedeu a explorar as memórias genéticas de Kassandra no Animus, em um esconderijo em Londres, esperando encontrar pistas que levassem ao Pessoal de Hermes Trismegistus.
Eventualmente, através das memórias de Kassandra, a cela descobriu a localização da cidade afundada da Atlântida e como reactivar o Portal da Cidade Perdida que serviu como sua entrada. Depois disso, Layla foi encontrada por Kassandra, que viveu mais de dois milênios graças aos poderes do bastão. Ela então passou o artefato para Layla, dando a ela a responsabilidade de trazer o equilíbrio entre a ordem e o caos de volta ao mundo. Antes de deixar o Cajado, Kassandra fez Layla prometer destruir todas as Peças do Éden após atingir seus objetivos, antes que a imortalidade de Kassandra desaparecesse e ela falecesse.
Layla decidiu explorar mais as memórias de Kassandra, através das quais ela foi diretamente contatada pela Isu Aletheia, de quem ela descobriu que Layla pretendia ser o “Herdeiro das Memórias” e que deveria aprender como usar o Cajado e combater sua corrupção. Através das suas experiências no Animus, Layla descobriu como chegar mais longe no Portal. Uma vez lá, ela foi acompanhada por Victoria e as duas acabaram sendo descobertas pela Equipe Sigma da Abstergo, que foi rapidamente eliminada por Layla.
Através das memórias de Kassandra, Layla experimentou várias simulações da civilização Isu criadas por Aletheia com a intenção de aprender a dominar o poder do Staff. Durante estas sessões de Animus, Victoria implorou a Layla que parasse para evitar que o Efeito Sangramento tomasse conta. Num momento de fúria induzida pelo Cajado, Layla acidentalmente matou sua amiga. Ela continuou explorando as simulações, eventualmente aprendendo tudo o que Aletheia tinha para ensinar. Neste momento, Layla foi confrontada por Otso Berg, que ficou aleijada quando os dois lutaram. Layla então chamou o Altaïr II para coleta.
Novas operações
Em 2019, Gavin Banks e My’shell Lemair descobriram que Abstergo planejava lançar um novo programa digital chamado Project Lighthouse, com o qual poderiam influenciar a teia negra, para que pudessem controlar práticas ilegais, como negócios de armas e outras formas de tráfico. Na esperança de parar o programa, eles descobriram que o código de segurança do programa estava ligado a uma moeda falsa da Grande Reunião de 1696, que veio em posse do Assassino Omar Khaled. Gavin localizou o descendente de Khaled, Aliyah Khan, em Londres e a persuadiu a ajudar os Assassinos em troca do financiamento de seus estudos, dando-lhe o dinheiro que o antigo parceiro de negócios de Aliyah, Jarrod Eubanks, havia roubado dela.
Aliyah explorou as memórias de Omar no Animus, e Gavin e My’shell lentamente revelaram detalhes sobre Abstergo e seus planos para ela. Eventualmente, eles foram forçados a parar e fugir depois de detectarem Templários perto de suas proximidades. Deixando os Animus para trás, eles fugiram dos Templários e se mudaram para o Zoológico de Londres. Para ter acesso a outra Animus, eles decidiram se disfarçar de limpadores e se infiltrar no escritório londrino da ExploreDNA, uma subsidiária da Abstergo que examina o DNA das pessoas. Usando um VR Animus, Aliyah continuou explorando as memórias de seus antepassados até descobrir a inscrição escrita na chave falsificada de seus antepassados: “Je maintaindrai”.
My’shell, entretanto, descobriu que o dinheiro de Eubanks era manipulado pessoalmente pela CEO da Abstergo Financial, Agneta Reider, e que o pai de Aliyah, Fahad Khan, que ela acreditava estar morto há dez anos, era seu empregado. Fahad Khan invadiu o prédio do ExploreDNA e conseguiu capturar Gavin. Com a ajuda da IA ExploreDNA, baseada em Shaun Hastings, eles localizaram Agneta Reider e roubaram seu relógio, que eles trocaram pela localização de Gavin na Newton Analytica, em Cambridge. Durante o confronto subsequente, Aliyah foi forçada a matar seu pai com uma Lâmina Escondida. Gavin convidou-a para a Irmandade, embora ela inicialmente tenha recusado. Depois de ouvir a notícia de que Jarrod Eubanks tinha sido preso com base nas ações de um grupo desonesto que prometeu derrubar outros ladrões como ele, ela aceitou o convite e se juntou aos Assassinos.
p> no mesmo ano, Kiyoshi Takakura recebeu um projeto que Abstergo estava conduzindo em Yokohama envolvendo um sujeito Animus – que era, sem o conhecimento dos Assassinos, Lisa Yang, uma descendente de Shao Jun. Fora da clínica Abstergo, Kiyoshi escutou uma conversa entre um médico Abstergo e a garota. Mais tarde, ele informou um colega Assassino de seus medos que a garota estava correndo um risco fatal por causa da superexposição de Animus, e que ele não tinha certeza de quem eram as lembranças que a estavam fazendo reviver no Animus.