Founder Alain Coumont abriu o Le Pain Quotidien em 26 de Outubro de 1990 na rua Dansaert, 16, em Bruxelas. Como jovem chef, Coumont estava insatisfeito com a qualidade do pão disponível em Bruxelas, por isso começou a fazer o seu próprio pão, misturando farinha, água e sal nos pães familiares da sua infância. Ele mobilou a loja com armários vasculhados de antiquários e uma grande mesa feita de madeira recuperada dos pisos de trens belgas aposentados comprados em um mercado de pulgas local: a primeira das mesas comunitárias do Le Pain Quotidien.
O primeiro local nos Estados Unidos abriu na Madison Avenue em Nova York em 1997.
Até 2005, o fundador estava recebendo 50 e-mails por dia de pessoas querendo garantir uma franquia.
Em 2011, a empresa teve um incidente de relações públicas quando um cliente em Nova Iorque encontrou um rato na sua salada.
Em 2016, Doug Satzman tornou-se CEO das operações dos EUA e Vincent Herbert tornou-se CEO global.
Em Março de 2018, Vincent Herbert demitiu-se.
Em Dezembro de 2019, a Cobepa, detida maioritariamente pela Spoelberch, aumentou a sua participação na empresa de 32% para 43% e a Norac vendeu a sua participação de 25%.
Em Maio de 2020, a empresa-mãe declarou insolvência na Bélgica e a divisão dos Estados Unidos declarou falência. No mesmo mês, a controladora assinou um acordo com a Aurify Brands, sediada em Nova York, que proporcionará um financiamento-ponte de $522.000 para continuar as operações e para finalizar a aquisição de todas as unidades americanas por $3 milhões. Aurify Brands planeja reabrir pelo menos 35 unidades e criar 1.000 empregos.