Milligan College está localizado em Carter County, no leste do Tennessee. Suas origens remontam a um Buffalo Male and Female Institute (1866), fundado por uma pequena congregação cristã (Discípulos de Cristo). Em 1882 Josephus Hopwood o elevou para uma faculdade com o nome de um respeitado professor da Universidade do Kentucky. Hopwood, a personalidade dominante na história inicial da faculdade, serviu como presidente até 1903 e cunhou seu lema duradouro, “Educação Cristã – a Esperança do Mundo”
Uma nova era começou em 1917. O novo presidente, Henry J. Derthick, um amado “pastor das montanhas”, completou os quatro edifícios principais que sobreviveram à Segunda Guerra Mundial, quando a faculdade converteu todas as suas instalações para um programa V-12 da Marinha e criou uma faculdade de artes liberais competitiva para servir os jovens das montanhas próximas. Um boom temporário do pós-guerra levou tudo muito rapidamente para perto do desastre. Um escândalo no gabinete do presidente, demissões de professores principais, um programa esportivo excessivamente caro e uma queda brusca no número de matrículas (para menos de 300) levou à quase falência e à perda do credenciamento regional.
A era moderna começou nos dias sombrios de 1950. O reitor E. Walker veio da Universidade de Butler como o novo presidente. Ele alinhou Milligan com uma facção conservadora e independente (Igrejas Cristãs e Igrejas de Cristo) dentro do movimento dos Discípulos. Isto ajudou a ganhar maior apoio financeiro de indivíduos e congregações simpatizantes. O corpo estudantil menos regional e em crescimento (866 em 1995-96) representava cada vez mais esta irmandade. Milligan, com crescente estabilidade financeira e um campus muito expandido, recuperou o credenciamento regional em 1960.
No ano acadêmico de 2000-2001, mais de 900 estudantes foram matriculados em Milligan. A faculdade ofereceu vinte e nove áreas de habilitação principal. Donald R. Jeanes, um ex-aluno da faculdade, tornou-se o décimo quarto presidente da instituição em 1997.