Em contraste com o trabalho tipicamente orientado para o rock do Queen, Mercury e o co-produtor Reinhold Mack desenharam para Mr. Bad Guy, músicas de dança e influências pop, todas elas surgidas no anterior álbum de estúdio do Queen, Hot Space (1982), também produzido por Mack. Mercúrio declarou: “Eu tinha muitas ideias a rebentar para sair e havia muitos territórios musicais que eu queria explorar e que eu realmente não podia fazer dentro do Queen”. O co-produtor Mack acrescentou, “ele costumava ficar bastante irritado ao trabalhar com os outros, porque havia sempre o Brian a dizer, ‘Precisava de ser mais rock ‘n’ roll'”. Mr. Bad Guy levou quase dois anos para gravar, pois Mercúrio teve que reunir material suficiente enquanto se comprometia com as atividades da banda.
Inicialmente, o álbum deveria apresentar duetos com Mercúrio e Michael Jackson.
Tínhamos três faixas na lata, mas infelizmente elas nunca foram concluídas. Eram ótimas músicas, mas o problema era o tempo – já que estávamos ambos muito ocupados naquele período. Nunca parecemos estar no mesmo país o tempo suficiente para realmente terminar algo completamente.
– Mercúrio em Mercúrio: An Intimate Biography of Freddie Mercury
No entanto, outras fontes afirmam que os conflitos pessoais foram os culpados pelas faixas inacabadas. Mercúrio alegadamente abandonou qualquer outra colaboração depois de se sentir desconfortável trabalhando com a lhama de estimação de Jackson no estúdio, enquanto Jackson ficou chateado com o uso de drogas por parte de Mercúrio. Uma faixa dessas sessões colaborativas, “There Must Be More to Life Than This”, foi retrabalhada para o álbum Mr. Bad Guy, embora a gravação original com Jackson tenha sido eventualmente lançada no Queen Forever em 2014.
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Recording estava taxando Mercury, já que ele participou de tudo desde a execução das faixas (incluindo vocais, piano e sintetizador), arranjando a orquestração e trabalhando com os engenheiros de som. O uso de sintetizadores e orquestração por Mercúrio no desenvolvimento das faixas adicionou à diversidade de cada peça.
As músicas não estão tentando ser nada mais do que Freddie. Muita gente esperava que Freddie estivesse atendendo ao público. Ele não queria isso. Ele só queria as músicas como elas são. Eu não tentei me envolver na mixagem, porque ele pode não ter querido muitas idéias novas naquela fase. Já era ótimo e eu não gostaria de ter entrado e feito mudanças por causa disso, como alguém pintando um nariz em um retrato de Rembrandt no final.
– Mack em trabalhar com Mercúrio
O título original do álbum era Made in Heaven, mas Mercúrio mudou de idéia semanas antes do álbum ir para a imprensa.
Basicamente, eu estava perdido por um título, mas no que me diz respeito os títulos dos álbuns são imateriais. Eu não sabia como chamá-lo, mas eu tinha o que eu pensava ser uma faixa muito bonita chamada “Made in Heaven”, que parecia conjurar uma imagem de algum tipo. Mas para ser honesta, não estou realmente preocupada com isso. É o que você ouve que importa, não o título.
– Mercúrio durante a promoção do álbum
Originalmente lançado na Columbia/CBS, os direitos autorais da Mercury Songs, uma empresa de propriedade de Freddie Mercury, foram revogados após a sua morte em 1991. O Sr. Bad Guy permaneceria fora de circulação em CD até 2000, quando foi incluído na The Solo Collection, e em 2019, quando foi reeditado e remixado devido ao sucesso comercial da Bohemian Rhapsody, um filme biográfico sobre ele.