Em 1 de Outubro de 1960, a Nigéria ganhou independência da Grã-Bretanha. Um Conselho Executivo totalmente nigeriano foi chefiado por um primeiro-ministro, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. Em 16 de novembro de 1960, Nnamdi Azikiwe tornou-se o primeiro governador-geral de uma federação de três regiões do norte, leste e oeste, com Lagos como a Capital Federal. Cada uma das regiões era chefiada por um primeiro-ministro com um governador como chefe cerimonial. Em 1 de outubro de 1963, a Nigéria tornou-se uma República Federal e cortou quaisquer laços que restassem com a monarquia britânica, mas permaneceu membro da Comunidade das Nações. Uma emenda à Constituição da Independência de 1960 substituiu o cargo de governador-geral pelo de presidente. Nnamdi Azikwe foi empossada nesse cargo em 1 de outubro de 1963. O cargo naquela época era principalmente cerimonial, e os principais deveres do presidente eram em relação a receber dignitários estrangeiros e abrir o Parlamento.
Num golpe de Estado falhado em Janeiro de 1966, um grupo de oficiais do exército, liderado pelo Major Chukwuma Nzeogwu, derrubou o governo central e regional, matou o primeiro-ministro, Abubakar Tafawa Balewa e tentou tomar o controlo do governo. Nzeogwu foi combatido, capturado e preso pelo General Johnson Aguiyi-Ironsi. O General Aguiyi-Ironsi foi nomeado Chefe de Estado Militar.
Em Julho de 1966, um grupo de oficiais do exército do norte revoltou-se contra o governo, matou o General Johnson Aguiyi-Ironsi, e nomeou o chefe de estado-maior do exército, General Yakubu Gowon, como chefe do novo governo militar.
Em 1975, o General Yakubu Gowon foi deposto e o General Murtala Mohammed foi o chefe do Governo Militar Federal da Nigéria até ao seu assassinato em 1976. Na sua morte, o Chefe de Estado-Maior, General Olusegun Obasanjo (equivalente a um vice-presidente) assumiu o cargo de Chefe de Estado numa reunião do Conselho Militar Supremo, mantendo no lugar a cadeia de comando estabelecida por Murtala Muhammed. O General Obasanjo foi responsável por completar a transição democrática iniciada pelo seu antecessor, que culminou com uma eleição em agosto de 1979.
Em 1979, a Nigéria adotou uma constituição presidencial federal. A presidência tornou-se um cargo executivo, com poderes semelhantes aos do seu homólogo americano. A legislatura foi uma Assembleia Nacional bicameral, composta por um Senado e uma Câmara dos Representantes.
Em outubro de 1979, após mais de 13 anos de governo militar, a Nigéria retornou ao regime democrático. O Partido Nacional da Nigéria saiu vitorioso nas eleições presidenciais e Alhaji Shehu Shagari tornou-se o primeiro presidente democraticamente eleito.
A 31 de Dezembro de 1983, os militares derrubaram a Segunda República. O Major General Muhammadu Buhari emergiu como presidente do Conselho Militar Supremo (SMC), o novo chefe de estado.
Em Agosto de 1985, o governo do General Buhari foi pacificamente derrubado pelo Chefe de Estado-Maior do Exército, Major General Ibrahim Babangida. Babangida tornou-se presidente e presidente do Conselho de Governo das Forças Armadas.
Em Agosto de 1993, o General Babangida demitiu-se e escolheu um governo interino para o substituir. Ernest Shonekan foi nomeado como presidente interino. O General Sani Abacha tomou o poder de Shonekan em Novembro de 1993 e tornou-se presidente e presidente do Conselho Governativo Provisório.
Em 8 de Junho de 1998, o General Abacha morreu na vila presidencial na capital nigeriana, Abuja. O Major-General Abdulsalami Abubakar tornou-se o novo presidente e presidente do Conselho de Governo Provisório.
Em 29 de Maio de 1999, o Major-General Abdulsalami Abubakar renunciou e o antigo chefe de estado militar, Olusegun Obasanjo, tornou-se o presidente civil. Obasanjo cumpriu dois mandatos.
Em Maio de 2007, Alhaji Umaru Yar’Adua tomou posse como Presidente da República Federal da Nigéria, o 13º Chefe de Estado da Nigéria. Yar’Adua morreu a 5 de Maio de 2010 na villa presidencial, em Abuja, Nigéria.
Em 6 de Maio de 2010, o Vice-Presidente Goodluck Jonathan tomou posse como Presidente da República Federal da Nigéria e 14º Chefe de Estado.
Em 29 de Maio de 2015, Muhammadu Buhari tomou posse como Presidente da República Federal da Nigéria e 15º Chefe de Estado após vencer as eleições gerais.