O narrador apresenta Aylmer como um brilhante cientista e filósofo natural que abandonou suas experiências por um tempo para se casar com a bela Georgiana. Um dia, Aylmer pergunta à sua esposa se ela já pensou em remover a marca de nascença em sua bochecha. Ela alegremente diz que não, mas fica séria quando vê que ele fez a pergunta seriamente. Muitas pessoas, diz ela, lhe disseram que a marca é um encanto, e ela sempre pensou que talvez eles estivessem certos. Aylmer diz que porque o rosto dela é quase perfeito, qualquer marca é chocante. Georgiana está com raiva no início, e depois chora, perguntando como ele pode amá-la se ela é chocante para ele.
O narrador explica que a marca de nascença em questão é uma marca vermelha em forma de mão minúscula na bochecha esquerda de Georgiana. A marca desaparece quando ela cora. Os admiradores masculinos de Georgiana adoram a marca de nascença, e muitos arriscariam suas vidas apenas para beijá-la. Algumas mulheres pensam que a marca arruína sua beleza, mas o narrador diz que isso é bobagem.
p>Aylmer é obcecado pela marca de nascença. Para ele, ela simboliza a mortalidade e o pecado e vem a se sobrepor à beleza de Georgiana em sua mente. Ele não consegue pensar em mais nada. Uma noite ela o lembra de um sonho que ele teve. Ele falou durante o sono, dizendo que eles devem tirar-lhe o coração. Aylmer lembra-se de sonhar que ele tinha removido a marca de nascimento com uma faca, mergulhando até chegar ao coração de sua esposa, que ele decidiu cortar. Georgiana diz que vai arriscar a vida para que a marca de nascença seja apagada. Emocionado, Aylmer concorda em tentar. Ele professa total confiança nas suas próprias capacidades, comparando-se ao Pigmalião. Ele beija a bochecha desmarcada da sua mulher.
Decidem mudar-se para os apartamentos onde Aylmer tem o seu laboratório. Ele já fez descobertas impressionantes sobre vulcões, fontes, minas, e outras maravilhas naturais. Agora ele vai retomar os seus estudos sobre a criação da vida. Quando o casal entra no laboratório, Aylmer estremece à vista de Georgiana, e ela desmaia. Aminadab, o grotesco assistente de Aylmer, sai para ajudar. Ele diz que não removeria a marca de nascimento se Georgiana fosse sua esposa.
Georgiana acorda em salas cheirosas que foram feitas lindas para ela. Aylmer conforta-a com algumas das suas criações mais mágicas: “figuras arejadas, ideias sem corpo absoluto, e formas de beleza insubstancial.” Ele mostra-lhe cenas comoventes que imitam a vida real. Depois ele lhe dá uma flor que cresce rapidamente e morre assim que ela a toca. Em seguida ele tenta criar um retrato dela com uma placa de metal, mas quando a placa mostra uma mão, ele a joga em ácido.
p>Entre experimentos, Aylmer conta a Georgiana sobre alquimia. Ele acredita que poderia transformar metal base em ouro e criar uma poção que lhe daria vida eterna se quisesse, mesmo dizendo que sabe que fazer isso seria errado. Ele desaparece por horas e depois mostra-lhe o seu gabinete de maravilhas. Uma dessas maravilhas é um frasco que contém um perfume poderoso. Outro é um veneno que, dependendo da dose, permitiria que Aylmer matasse alguém instantaneamente ou após um longo período de tempo. Georgiana está chocada, mas Aylmer diz que o veneno é mais bom do que mau. Ele lhe mostra outra poção que pode limpar sardas, mas ele diz que sua marca de nascença precisa de uma cura muito mais profunda.
Georgiana percebe que Aylmer tem estado a adulterar sua comida ou a fazer inalar algo no ar. O corpo dela sente-se estranho. Ela lê os livros em sua biblioteca científica, assim como os relatos dele sobre suas próprias experiências. Ela percebe que suas conquistas sempre ficam aquém dos objetivos que ele originalmente estabeleceu. Ainda assim, os relatos dos seus estudos fazem com que ela o adore. Aylmer a pega chorando por seus diários, e embora suas palavras sejam gentis, ele está com raiva. Ela canta para ele, restaurando seu espírito.
p> Poucas horas depois, Georgiana vai ao laboratório para encontrar Aylmer. Quando ele a vê, ele fica com raiva, acusa-a de intrometer-se, e diz-lhe para ir embora. Ela se mantém firme e se recusa, dizendo que ele deve confiar nela e não tentar esconder seus medos. Ela promete beber tudo o que ele lhe disser para beber. Comovido, Aylmer diz que a marca penetra profundamente em seu corpo, e que sua remoção será perigosa. Em seu quarto, Georgiana pensa como é nobre Aylmer se recusar a amá-la como ela é, insistindo em vez disso em criar sua versão ideal dela.
Ele traz para ela uma poção que ele diz que não pode falhar. Ele mostra a ela como ela cura um gerânio de flores. Ela bebe o líquido e dorme. Aylmer a observa com ternura, mas também como se estivesse assistindo a uma experiência científica se desdobrar. Gradualmente a marca de nascença desvanece-se. Aminadab ri-se. Georgiana acorda, vê-se ao espelho e diz a Aylmer para não se sentir mal por rejeitar “o melhor que a Terra pode oferecer”. Então ela morre.