Frühe Jahre des Wiederaufbaus
Als der politisch völlig unerfahrene Friedrich Wilhelm im Dezember 1640 die Nachfolge seines Vaters als Kurfürst antrat, übernahm er ein verwüstetes und von fremden Truppen besetztes Land. Unter dem mächtigen Günstling seines Vaters, Graf Adam von Schwarzenberg, hatte Brandenburg von den Schweden zu den Habsburgern gewechselt und war so auf beiden Seiten in den Kampf hineingezogen worden. Der Kurfürst, der bis 1643 nicht in Brandenburg, dem Kernland seines Reiches, sondern in Königsberg (heute Kaliningrad, Russland), der Hauptstadt des abgelegenen Herzogtums Preußen, residierte, verfolgte zunächst eine Politik der vorsichtigen Neutralität, um dem Druck der rivalisierenden Mächte zu entgehen. Er entließ die brandenburgischen Truppen in den Dienst des habsburgischen Kaisers und schloss einen Waffenstillstand mit Schweden.
Er erkannte jedoch bald, dass er ohne ein Heer niemals Herr im eigenen Haus werden konnte. Bereits 1644, zu Beginn der Verhandlungen zur Beendigung des Dreißigjährigen Krieges, hatte er begonnen, eine eigene Streitmacht aufzustellen. Obwohl sein Heer klein war, konnte Brandenburg es nicht unterhalten, ohne Mittel aus dem Herzogtum Kleve im Westen und aus dem Herzogtum Preußen zu requirieren. Zum ersten Mal wurden die brandenburgischen Territorien, die nur durch ihre Treue zur Person des Kurfürsten verbunden waren, zu einem politischen Zweck zusammengeführt. Das stehende Heer war die erste Institution, mit der die zunehmend absolutistischen Herrscher Brandenburgs die Privilegien der Stände in den einzelnen Territorien bekämpften. Es wurde nie ganz aufgelöst und bildete den Kern der preußischen Armee des 18. Jahrhunderts.
Dieses Heer war nicht groß genug, um Friedrich Wilhelm eine unabhängige Außenpolitik zu ermöglichen. Zudem brachte seine Heirat mit Louise Henriette von Oranien im Jahr 1646 nicht die erhoffte niederländische Unterstützung. Ohne die Unterstützung befreundeter Großmächte auf dem Westfälischen Friedenskongress 1648 konnte er sein Ziel, ganz Pommern mit der Odermündung und dem wichtigen Hafen Stettin (seit 1945 Szczecin) zu erwerben, nicht verwirklichen. Er musste sich mit Ostpommern, den säkularisierten Bistümern Minden und Halberstadt und der Zusage des Erzbistums Magdeburg begnügen, die aber als Bindeglieder zu seinen westdeutschen Besitzungen wichtig waren.
Nach sieben Jahren des friedlichen Wiederaufbaus wurde Friedrich Wilhelms politisches und militärisches Können mit dem Ausbruch des Ersten Nordischen Krieges (1655-60) auf eine harte Probe gestellt. Mit dem Einmarsch in Polen versuchte König Karl X. Gustav von Schweden, seine durch den Westfälischen Frieden gewonnene Macht im Ostseeraum auszubauen. Friedrich Wilhelm war als Herzog von Preußen dem polnischen König zur Loyalität verpflichtet, doch als Schweden ihm im Gegenzug für die Kontrolle über die ostpreußischen Häfen ein Bündnis anbot, entschied sich der Kurfürst für bewaffnete Neutralität. Als Karl Gustav Polen rasch überrannte und gegen Ostpreußen vorrückte, musste Friedrich Wilhelm die polnische gegen die schwedische Oberhoheit eintauschen und Karl Gustav bewaffnete Unterstützung gewähren. In der dreitägigen Schlacht von Warschau im Juli 1656 bestand das unerprobte brandenburgische Heer unter dem Kommando des Kurfürsten seine Feuerprobe. Um den Kurfürsten auf seiner Seite zu halten, gewährte ihm der schwedische König die volle Oberhoheit über das Herzogtum Preußen. Dies hinderte Friedrich Wilhelm jedoch nicht daran, als sich die militärische Lage Schwedens verschlechterte, Verhandlungen mit Polen aufzunehmen, das nun auf die Oberhoheit über Ostpreußen verzichtete. Mit seinen neuen Verbündeten, Polen und dem habsburgischen Kaiser, vertrieb der Kurfürst die Schweden aus Westpommern. Die französische Intervention zwang Friedrich Wilhelm jedoch erneut, seine pommerschen Eroberungen aufzugeben. Dieser im Vertrag von Oliva 1660 ratifizierte Verzicht wurde durch die Bestätigung der vollen Souveränität des Kurfürsten über das Herzogtum Preußen ausgeglichen.
Die Fähigkeit des Kurfürsten, seine Ziele zu erreichen, ergab sich nicht nur aus der Leichtigkeit, mit der er die Seiten wechselte, sondern auch aus seinem Erfolg, die Landstände zu zwingen, das stehende Heer unabhängig von den Steuerzuweisungen der Landtage zu unterstützen. In der zweiten Hälfte seiner Regierungszeit entzog er den Ständen die Kontrolle über Steuern und Finanzen und legte damit den Grundstein für die mächtige Bürokratie des späteren preußischen Absolutismus mit stehendem Heer, festen Steuern und einer vom Landesherrn allein abhängigen Beamtenschaft.