In der Zwischenzeit, My’shell Lemair, die sich selbst die Schuld an Charlottes Situation gab, beschloss, den Hinweisen auf alte Assassinen-Konten nachzugehen und entdeckte dabei, dass diese heimlich von einer dritten Gruppierung benutzt wurden. Berg untersuchte die Konten ebenfalls und verhörte sie, bevor er von einer von Jasdip angeführten Instrumentenzelle überfallen wurde. Schwer verwundet brachte My’shell Berg zum Londoner Unterschlupf, wo sich die Assassinen erneut trafen. Widerwillig beschlossen die Assassinen-Zelle und Berg, ihre Kräfte zu vereinen, um die neue Fraktion zu stoppen, die ihre beiden Orden infiltriert hatte.
Charlotte ging, um die Erinnerungen von Ignacio Cardona wieder aufleben zu lassen, und entdeckte, dass er mit dem ehemaligen Black Cross Albert Bolden zusammenarbeitete. Nachdem Charlotte aufgrund der durch den Animus verursachten Müdigkeit nicht mehr in der Lage war, weiterzumachen, ließ Berg die Erinnerungen von Albert Bolden mithilfe der DNA seines Nachfahren André Bolden wieder aufleben. Sie entdeckten schließlich, dass das Artefakt in den Trümmern einer verlassenen Kirche in Spanien vergraben war. In der Zwischenzeit entführten die Instrumente das Labor des Phoenix-Projekts von Abstergo für ihre eigenen Zwecke.
Die Assassinen und Berg brachen nach Spanien auf, wo Arend und Kiyoshi zunächst auf den Widerstand zweier älterer Beschützer der Stätte stießen, die von Cardona und Bolden beauftragt worden waren, bevor sie von Jasdip Dhamis Team der Instrumente gefangen genommen wurden. Als Charlotte den Koh-i-Noor entdeckte, aktivierte sie unwissentlich das Artefakt und erzeugte eine Lichtexplosion. Dhami gelang es, Charlotte inmitten der Lichtexplosion zu überwältigen, und nachdem er einen Mörserangriff angefordert hatte, entkam er mit dem Artefakt. Kurz darauf wurde der Londoner Unterschlupf der Assassinen von den Instrumenten angegriffen, doch My’shell gelang es, mit Guernica zu entkommen, auch wenn er am Ende schwer verwundet zurückblieb.
In der Zwischenzeit, zwangen die Instrumente den Leiter des Phönix-Projekts von Abstergo, Álvaro Gramática, in einem Labor irgendwo in Australien einen neuen Körper für Juno zu erschaffen, und zwar mit Hilfe des Leichentuchs von Eden und der DNA von Desmonds Sage-Sohn Elijah. Als Junos neuer Körper fertig war und sie wiedergeboren wurde, stürmten die Assassinen und Berg die Einrichtung, während Elijah sich gegen seine Entführer auflehnte. Die Assassinen töteten viele Instrumente, darunter auch Dhami, während Galina in das Labor von Gramática kletterte.
Als Galina und Elijah das Labor erreichten, stahl Elijah den Koh-i-Noor und berührte ihn an der Seite von Galina, wobei er seine Kräfte nutzte, um die Instrumente abzuwehren. Galina benutzte ihn dann, um eine Illusion von Consus zu erzeugen, um Juno abzulenken, während sie den Isu mit ihrer verborgenen Klinge tötete. Obwohl sich Charlotte noch im Gebäude befand, zündete Berg nach seiner Flucht mit Galina, Arend und Kiyoshi eine hochgradig zerstörerische Granate und tötete sie trotz des Protests der Assassinen. Elijah jedoch entkam mit dem Koh-i-Noor.
Suche nach dem Stab des Hermes Trismegistus
Ende Oktober 2017, William Miles rettete eine abtrünnige Abstergo-Agentin namens Layla Hassan, die von Simon Hathaway beauftragt worden war, den Sarkophag von Bayek von Siwa, dem Gründer der Verborgenen, in der Qattara-Senke in Ägypten zu bergen. Nachdem sie beschlossen hatte, Bayeks Erinnerungen auf eigene Faust mit ihrem tragbaren Animus zu erforschen, anstatt den Sarkophag zu Abstergo zu bringen, schickte das Unternehmen erfolglos Agenten aus, um sie zu töten. William fand sie schließlich und bot ihr an, am Animus-Projekt der Assassinen mitzuarbeiten, was sie widerwillig annahm.
Im Laufe des nächsten Jahres ließ Laylas Zögern, der Bruderschaft beizutreten, nach und sie wurde zu einem geschätzten Mitglied der Assassinen und übernahm sogar die Leitung ihrer eigenen Zelle. Ende 2018 fand Layla Beweise, die auf den Aufenthaltsort des zerbrochenen Speers von Leonidas hinwiesen, und stellte ein Team zusammen, das aus der ehemaligen Abstergo-Mitarbeiterin Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura und Alannah Ryan bestand, um ihn zu bergen. Anhand einer DNA-Probe des Artefakts erforschte sie Kassandras genetische Erinnerungen im Animus in einem Safehouse in London, in der Hoffnung, Hinweise auf den Stab des Hermes Trismegistus zu finden.
Endlich, entdeckte die Zelle durch Kassandras Erinnerungen die Lage der versunkenen Stadt Atlantis und wie man das Tor zur verlorenen Stadt, das als ihr Eingang diente, wieder aktivieren konnte. Nachdem dies geschehen war, traf Layla auf Kassandra, die dank der Kräfte des Stabes über zwei Jahrtausende überlebt hatte. Sie gab das Artefakt an Layla weiter und übertrug ihr die Aufgabe, das Gleichgewicht zwischen Ordnung und Chaos in der Welt wiederherzustellen. Bevor sie den Stab aus der Hand gab, musste Kassandra Layla versprechen, alle Stücke von Eden zu zerstören, nachdem sie ihre Ziele erreicht hatte, bevor Kassandras Unsterblichkeit verblasste und sie starb.
Layla beschloss, mehr von Kassandras Erinnerungen zu erforschen, wodurch sie direkt von der Isu Aletheia kontaktiert wurde, von der sie erfuhr, dass Layla als „Erbe der Erinnerungen“ vorgesehen war und lernen sollte, den Stab zu benutzen und seine Korruption zu bekämpfen. Durch ihre Erfahrungen im Animus fand Layla heraus, wie sie weiter in das Tor vordringen konnte. Dort schloss sie sich Victoria an, und die beiden wurden schließlich von Abstergos Sigma-Team entdeckt, das von Layla schnell ausgeschaltet wurde.
Durch Kassandras Erinnerungen erlebte Layla mehrere Simulationen der Isu-Zivilisation, die von Aletheia mit der Absicht geschaffen wurden, zu lernen, wie man die Macht des Stabes beherrscht. Während dieser Animus-Sitzungen flehte Victoria Layla an, damit aufzuhören, damit der Blutungseffekt nicht überhand nimmt. In einem Moment der Wut, ausgelöst durch den Stab, tötete Layla versehentlich ihre Freundin. Sie erforschte die Simulationen weiter und lernte schließlich alles, was Aletheia zu lehren hatte. Zu diesem Zeitpunkt wurde Layla von Otso Berg konfrontiert, der nach einem Kampf der beiden verkrüppelt wurde. Layla forderte daraufhin die Altaïr II zur Abholung an.
Neue Operationen
Im Jahr 2019 entdeckten Gavin Banks und My’shell Lemair, dass Abstergo plante, ein neues digitales Programm namens Project Lighthouse zu veröffentlichen, mit dem sie das Dark Web beeinflussen konnten, um illegale Praktiken wie Waffengeschäfte und andere Formen des Handels zu kontrollieren. In der Hoffnung, das Programm zu stoppen, entdeckten sie, dass der Failsafe-Code des Programms mit einer gefälschten Münze aus der Großen Münzprägung von 1696 verbunden war, die in den Besitz des Assassinen Omar Khaled gelangte. Gavin machte Khaleds Nachfahrin, Aliyah Khan, in London ausfindig und überredete sie, den Assassinen zu helfen und ihr im Gegenzug das Geld zu geben, das Aliyahs ehemaliger Geschäftspartner Jarrod Eubanks ihr gestohlen hatte, um ihr Studium zu finanzieren.
Aliyah erforschte Omars Erinnerungen im Animus, und Gavin und My’shell enthüllten ihr langsam Details über Abstergo und ihre Pläne. Schließlich waren sie gezwungen, anzuhalten und zu fliehen, als sie Templer in ihrer Nähe entdeckten. Sie ließen den Animus zurück, entkamen den Templern und zogen in den Londoner Zoo um. Um Zugang zu einem weiteren Animus zu erhalten, beschließen sie, sich als Reinigungskräfte zu verkleiden und in das Londoner Büro von ExploreDNA einzudringen, einer Tochtergesellschaft von Abstergo, die die DNA von Menschen untersucht. Mithilfe eines VR-Animus erforschte Aliyah die Erinnerungen ihres Vorfahren, bis sie die Inschrift auf dem gefälschten Schlüssel ihres Vorfahren entdeckte: „Je maintaindrai“.
My’shell fand in der Zwischenzeit heraus, dass Eubanks‘ Geld von der Geschäftsführerin von Abstergo Financial, Agneta Reider, persönlich verwaltet wurde und dass Aliyahs Vater Fahad Khan, den sie seit zehn Jahren für tot hielt, ihr Angestellter war. Fahad Khan stürmte das ExploreDNA-Gebäude und konnte Gavin gefangen nehmen. Mit Hilfe der ExploreDNA-KI, die auf Shaun Hastings basiert, machten sie Agneta Reider ausfindig und stahlen ihre Uhr, die sie gegen Gavins Standort bei Newton Analytica in Cambridge eintauschten. Bei der anschließenden Konfrontation wurde Aliyah gezwungen, ihren Vater mit einer versteckten Klinge zu töten. Gavin lud sie in die Bruderschaft ein, was sie jedoch zunächst ablehnte. Nachdem sie erfahren hatte, dass Jarrod Eubanks aufgrund der Taten einer abtrünnigen Gruppe verhaftet worden war, die versprach, andere Diebe wie ihn zur Strecke zu bringen, nahm sie die Einladung an und trat den Assassinen bei.
Im selben Jahr, Kiyoshi Takakura wurde zu einem Projekt geschickt, das Abstergo in Yokohama durchführte und bei dem es um ein Animus-Subjekt ging – bei dem es sich, was die Assassinen nicht wussten, um Lisa Yang handelte, eine Nachfahrin von Shao Jun. Außerhalb der Abstergo-Klinik belauschte Kiyoshi ein Gespräch zwischen einem Abstergo-Arzt und dem Mädchen. Später informierte er einen anderen Assassinen über seine Befürchtungen, dass das Mädchen durch eine Überexposition mit dem Animus in tödliche Gefahr geriet und dass er sich nicht sicher war, wessen Erinnerungen sie im Animus wiedererleben sollten.