Der Bau des Kerns des künftigen Großen Basars begann im Winter 1455/56, kurz nach der osmanischen Eroberung Konstantinopels, und war Teil einer umfassenderen Initiative zur Förderung des wirtschaftlichen Wohlstands in Istanbul. Sultan Mehmed II. ließ in der Nähe seines Palastes in Konstantinopel ein Gebäude errichten, das dem Handel mit Textilien und Juwelen gewidmet war. Es erhielt den Namen Cevâhir Bedestan („Bedesten der Edelsteine“) und war im osmanischen Türkisch auch als Bezzâzistan-ı Cedîd („Neues Bedesten“) bekannt. Das Wort Bedesten leitet sich vom persischen Wort Bezestan ab, das von bez („Tuch“) abgeleitet ist und „Basar der Tuchhändler“ bedeutet. Das Gebäude – auf Türkisch abwechselnd İç („Inneres“), Atik („Altes“) oder Eski („Altes“) Bedesten genannt – liegt am Hang des dritten Hügels von Istanbul, zwischen den alten Konstantin- und Theodosius-Foren. Es befand sich auch in der Nähe des ersten Sultanspalastes, des Alten Palastes (Eski Saray), der ebenfalls in jenen Jahren gebaut wurde, und nicht weit von der Artopoleia (griechisch) (Άρτοπωλεία), dem Bäckerviertel der Stadt in byzantinischer Zeit.
Der Bau des Bedesten endete im Winter 1460/61, und das Gebäude wurde dem Waqf der Hagia Sophia-Moschee gestiftet. Die Analyse des Mauerwerks zeigt, dass der größte Teil der Struktur aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts stammt, obwohl ein byzantinisches Relief, das einen komnenischen Adler darstellt und noch immer auf dem Osttor (Kuyumcular Kapısı) des Bedesten eingeschlossen ist, von mehreren Gelehrten als Beweis dafür herangezogen wurde, dass das Gebäude ein byzantinisches Bauwerk war.
Auf einem Markt in der Nähe des Bedesten, der auf Türkisch Esir Pazarı genannt wird, war der Sklavenhandel aktiv, eine Nutzung, die ebenfalls aus byzantinischer Zeit übernommen wurde. Weitere wichtige Märkte in der Umgebung waren der Trödelmarkt (türk: Bit Pazarı), der „Lange Markt“ (Uzun Çarşı), entsprechend dem griechischen Makros Embolos (Μακρός Ὲμβολος, „Langer Säulengang“), eine lange Säulenhalle, die sich vom Konstantinforum zum Goldenen Horn hinunterzog, Er war einer der wichtigsten Marktplätze der Stadt, während der alte Büchermarkt (Sahaflar Çarşısı) erst nach dem Erdbeben von Istanbul 1894 vom Basar an den heutigen malerischen Standort in der Nähe der Beyazid-Moschee verlegt wurde.
Einige Jahre später – anderen Quellen zufolge geschah dies 1545 unter Sultan Suleiman I. – ließ Mehmed II. einen weiteren überdachten Markt errichten, den „Sandel-Besten“ (der Name stammt von einem in Bursa gewebten Garn, das die Farbe von Sandelholz hatte), auch Küçük („Klein“), Cedit oder Yeni (beide Wörter bedeuten „Neu“) Bedesten genannt, der nördlich des ersten lag.
Nach der Errichtung des Sandal Bedesten wurde der Handel mit Textilien dorthin verlegt, während der Cevahir Bedesten dem Handel mit Luxusgütern vorbehalten war. Zu Beginn waren die beiden Gebäude isoliert. Dem französischen Reisenden Pierre Gilles aus dem 16. Jahrhundert zufolge befanden sich zwischen ihnen und der Beyazid-Moschee die Ruinen von Kirchen und eine große Zisterne. Doch schon bald eröffneten zahlreiche Händler ihre Läden zwischen und um die beiden Gebäude herum, so dass ein ganzes Viertel entstand, das ausschließlich dem Handel gewidmet war.
Zu Beginn des 17. Jahrhunderts hatte der Große Basar bereits seine endgültige Form erreicht. Die enorme Ausdehnung des Osmanischen Reiches auf drei Kontinenten und die vollständige Kontrolle der Straßenverbindungen zwischen Asien und Europa machten den Basar und die umliegenden Karawansereien zum Zentrum des Mittelmeerhandels. Wie mehrere europäische Reisende berichten, war der Markt zu dieser Zeit und bis in die erste Hälfte des 19. Jahrhunderts in Europa konkurrenzlos, was die Fülle, Vielfalt und Qualität der angebotenen Waren anbelangt. Von europäischen Reisenden wissen wir, dass der Große Basar damals einen quadratischen Grundriss hatte, mit zwei sich in der Mitte kreuzenden, senkrecht verlaufenden Hauptstraßen und einer dritten Straße, die am äußeren Rand entlangführte. Im Basar gab es 67 Straßen (die jeweils den Namen der Verkäufer einer bestimmten Ware trugen), mehrere Plätze, die für die täglichen Gebete genutzt wurden, 5 Moscheen, 7 Brunnen, 18 Tore, die jeden Tag morgens geöffnet und abends geschlossen wurden (daher kommt der moderne Name des Marktes „Geschlossener Markt“ (Kapalıçarşı). Um 1638 lieferte der türkische Reisende Evliya Çelebi die wichtigste historische Beschreibung des Basars und seiner Bräuche. Die Zahl der Geschäfte belief sich auf 3.000, hinzu kamen 300 in den umliegenden hans, großen Karawansereien mit zwei oder drei Stockwerken um einen Innenhof mit Säulengang, wo Waren gelagert und Händler untergebracht werden konnten. Zu dieser Zeit waren ein Zehntel der Geschäfte der Stadt auf dem Markt und in dessen Umgebung konzentriert. Trotzdem war der Markt zu dieser Zeit noch nicht überdacht.
Wiederkehrende Katastrophen, Brände und Erdbeben suchten den Großen Basar heim. Der erste Brand ereignete sich im Jahr 1515, ein weiterer 1548. Weitere Brände verwüsteten den Komplex in den Jahren 1588, 1618 (als der Bit Pazarı zerstört wurde), 1645, 1652, 1658, 1660 (bei dieser Gelegenheit wurde die gesamte Stadt verwüstet), 1687, 1688 (große Schäden entstanden am Uzun Çarşı), 1695 und 1701. Der Brand von 1701 war besonders heftig und zwang Großwesir Nevşehirli Damad Ibrahim Pascha, 1730-1731 mehrere Teile des Komplexes wieder aufzubauen. Im Jahr 1738 stiftete der Kızlar Ağası Beşir Ağa den (noch heute existierenden) Brunnen in der Nähe des Mercan Kapı.
In dieser Zeit wurden aufgrund des 1696 erlassenen neuen Gesetzes gegen Brände mehrere Teile des Marktes, die zwischen den beiden Bedesten lagen, mit Gewölben abgedeckt. Trotzdem verwüsteten weitere Brände den Komplex 1750 und 1791. Das Erdbeben von 1766 verursachte weitere Schäden, die ein Jahr später vom Chefarchitekten des Hofes (Hassa Baş Mimarı) Ahmet behoben wurden.
Das Wachstum der Textilindustrie in Westeuropa im 19. Jahrhundert, die Einführung von Massenproduktionsmethoden, die zwischen dem Reich und vielen europäischen Ländern geschlossenen Kapitulationen und die – stets von europäischen Kaufleuten betriebene – Vorbeugung von Rohstoffen, die für die Herstellung von Waren in der geschlossenen Wirtschaft des Reiches benötigt wurden, waren Faktoren, die den Niedergang des Marktes verursachten. Um 1850 waren die Mieten in Bedesten zehnmal niedriger als zwei bis drei Jahrzehnte zuvor. Außerdem drängten die Entstehung eines westlich orientierten Bürgertums und der kommerzielle Erfolg westlicher Produkte die Händler der Minderheiten (Griechen, Armenier, Juden) dazu, den als antiquiert empfundenen Basar zu verlassen und neue Geschäfte in von Europäern frequentierten Vierteln wie Pera und Galata zu eröffnen.
Nach einer Erhebung von 1890 gab es im Basar 4.399 aktive Geschäfte, 2 Bedesten, 2195 Zimmer, 1 Hamam, eine Moschee, 10 Medresen, 19 Brunnen (darunter zwei şadırvan und ein Sebil), ein Mausoleum und 24 Han. Auf den 30,7 Hektar des Komplexes, der durch 18 Tore geschützt ist, gibt es 3.000 Geschäfte in 61 Straßen, die 2 Bedesten, 13 Han (plus einige weitere außerhalb).
Die letzte große Katastrophe ereignete sich 1894: ein starkes Erdbeben, das Istanbul erschütterte. Der Minister für öffentliche Arbeiten, Mahmud Celaleddin Pascha, überwachte die Reparatur des beschädigten Basars bis 1898, und bei dieser Gelegenheit wurde der Komplex in seiner Fläche reduziert. Im Westen wurde der Bit Pazarı außerhalb des neuen Geländes belassen und zu einer Straße mit freiem Blick, der Çadırcılar Caddesi („Zeltmacherstraße“), umgestaltet, während das alte Tor und der Kütkculer Kapi abgerissen wurden. Von den zum Markt gehörenden Hans wurden viele draußen gelassen, und nur neun blieben im Gebäude eingeschlossen.
Im Jahr 1914 wurde der Sandal Bedesten, dessen Textilhändler durch die europäische Konkurrenz ruiniert worden waren, von der Stadt Istanbul erworben und ab einem Jahr als Auktionshaus, hauptsächlich für Teppiche, genutzt. Im Jahr 1927 erhielten die einzelnen Teile des Basars und die Straßen offizielle Namen. Die letzten Brände des Basars ereigneten sich 1943 und 1954, und die entsprechenden Restaurierungsarbeiten wurden am 28. Juli 1959 abgeschlossen.
Die letzte Restaurierung des Komplexes fand 1980 statt. Bei dieser Gelegenheit wurden auch die Werbeplakate rund um den Markt entfernt.