Es besteht kein Zweifel, dass Hobson Russell nur als vorübergehende Hauptstadt betrachtete. Am 18. April 1840 schickte er Mathew auf eine zweite Reise nach Süden; der Generalvermesser wurde beauftragt, die Häfen von Whangarei, Mahurangi und Waitematā zu erkunden und einem Ort am Südufer der Waitematā besondere Aufmerksamkeit zu widmen. Mathew verbrachte zwei Monate mit der Erkundung der verschiedenen Standorte und verwarf Whangarei und Mahurangi, aber auch den von Hobson favorisierten Standort, der später als Hobsonville bekannt wurde. Seiner Meinung nach war er „als Standort für die Hauptsiedlung völlig ungeeignet und in der Tat für eine Siedlung überhaupt nicht geeignet“. Mathew empfahl das Panmure Basin für die Siedlung, das zahlreiche Vorteile bot, räumte aber ein, dass der Zugang vom Hafen aus schwierig sei.
Nachdem Hobson wieder gesund war, fuhr er nach Süden, um Mathews Empfehlungen zu überprüfen. Am 6. Juli besuchte er Panmure und lehnte es wegen des schwierigen Zugangs auf dem Wasserweg sofort ab. Hobson gab auch zu, dass der von ihm favorisierte Standort unpraktisch war. Nachdem die Gruppe einen Sonnenuntergang beobachtet hatte und beeindruckt war von einem „schönen Anblick des Ufers weiter unten am Hafen im goldenen Schein des späten Nachmittags“, gingen sie am nächsten Tag dort an Land. Sie waren sich einig, dass der Ort sehr vielversprechend für eine künftige Hauptstadt war; es wird angenommen, dass sie am Shelly Beach in Ponsonby landeten. Am Ende des Monats wurde beschlossen, die Hauptstadt auf die Waitematā zu verlegen.
Am 13. September 1840 verließ eine Barke Russell in Richtung Waitematā. An Bord befanden sich sieben Regierungsbeamte, einige Kabinenpassagiere und zahlreiche Zwischendeckpassagiere. Die Gruppe unter dem Kommando von Symonds sollte die Wahl der künftigen Hauptstadt abschließen, den Maori das Land abkaufen, Geschäfte und Unterkunftsgebäude errichten und einen Standort für das Regierungsgebäude finden. Am 18. September war das Land (etwa 3.000 Acres oder 1.200 Hektar) ausgewählt und ein Vertrag mit Āpihai Te Kawau und anderen Vertretern der Ngāti Whātua iwi unterzeichnet worden. Auf Point Britomart wurde ein Fahnenmast errichtet, und die Gesundheit Ihrer Majestät wurde „mit großem und lautem Jubel gefeiert“. Sarah Mathews, die Frau des Surveyor General, hielt in ihrem Tagebuch fest, dass der Name „Auckland“ zusammen mit dem Datum des Landkaufs in den Fahnenmast eingraviert war. Dies kann als inoffizielle Namensgebung der Stadt betrachtet werden, da der Name von Hobson am 10. November desselben Jahres erstmals schriftlich festgehalten wurde. George Eden, 1. Earl of Auckland, war Erster Lord der Admiralität. Im Jahr 1834 hatte er William Hobson den Auftrag erteilt, mit der Rattlesnake nach Ostindien zu segeln, was eine sechsjährige Periode ohne Kommando und mit halbem Sold beendete. Der Name wurde zwar aus Dankbarkeit vergeben, stieß aber sicherlich auf allgemeine Zustimmung, da Lord Auckland 1840 auf dem Höhepunkt seines Ruhms stand, nachdem er 1835 zum Vizekönig von Indien ernannt worden war. Die Zustimmung von Königin Victoria zu Auckland als Name für die Siedlung wurde am 26. November 1842 in der New Zealand Gazette veröffentlicht.
Die Arbeiten in Auckland kamen gut voran. Hobson besuchte Auckland zum ersten Mal am 17. Oktober 1840, um sich über die Fortschritte zu informieren und über den Standort des Government House zu entscheiden. Er kehrte auf die Bay of Islands zurück, nachdem er beschlossen hatte, sich im folgenden Jahr in Auckland niederzulassen. Das Government House war ein Bausatz, der in England gebaut und nach Neuseeland verschifft wurde und 250 Tonnen wog (250 lange Tonnen; 280 kurze Tonnen). Es hatte 16 Zimmer, war 120 Fuß (37 m) lang, 50 Fuß (15 m) breit und 24 Fuß (7,3 m) hoch. Es stand an der Ecke von Hobson und Cook Streets. Die Beamten und alle Regierungspapiere wurden im Januar 1841 von der Bay of Islands nach Auckland verlegt. Hobson zog am 14. März 1841 in seine neue Residenz ein, und mit seinem Einzug hatte sich die Hauptstadt von der Bay of Islands nach Auckland verlagert.
Der erste Oberste Gerichtshof Neuseelands wurde 1842 an der Ecke Queen Street und Victoria Street West errichtet. Den Vorsitz führte Richter Martin.
Am 23. Juni 1848 brannte das Government House während der Amtszeit von Sir George Grey als Gouverneur nieder. Niemand kam zu Schaden, aber das Gebäude war ein Totalschaden. Danach wurde für viele Jahre eine Residenz des Vizegouverneurs angemietet (bekannt als Scoria House und an der Karangahape Road gelegen), bevor 1856 das neue Government House gebaut wurde. Der Bau dieses Gebäudes war Teil der Kampagne von Auckland, den Regierungssitz zu behalten, da die Diskussion über eine Verlegung der Hauptstadt in den Süden bereits begonnen hatte. Das Gebäude wurde 1969 offiziell Teil der Universität von Auckland, ist heute als Old Government House bekannt und wurde 1983 vom New Zealand Historic Places Trust als Baudenkmal der Kategorie I eingetragen.
Die ursprüngliche Regierungsform war ein Exekutivrat, der sich aus Beamten zusammensetzte, die vom Gouverneur ernannt wurden und ihm verantwortlich waren. Dies änderte sich mit dem New Zealand Constitution Act 1852, einem Gesetz des Parlaments des Vereinigten Königreichs, das der Kolonie Neuseeland die Selbstverwaltung gewährte. Es ermöglichte eine Zweikammer-Generalversammlung (oder ein Parlament), bestehend aus dem Gouverneur, einem ernannten Legislativrat und einem gewählten Repräsentantenhaus, mit einem Exekutivrat, der nominell vom Gouverneur ernannt wurde. Außerdem waren Provinzregierungen möglich, und es wurden zunächst sechs Provinzen eingerichtet. Die ersten allgemeinen Wahlen fanden 1853 statt, und das Parlament trat am 27. Mai 1854 in Auckland zu seiner ersten Sitzung zusammen. Am 3. Juni wurde erstmals die Frage des Parlamentssitzes erörtert, wobei Edward Gibbon Wakefield dafür plädierte, den Regierungssitz nach Wellington zu verlegen. Die An- und Abreise zum Parlament war beschwerlich, und die Mitglieder aus dem äußersten Süden hatten zwei Monate gebraucht, um nach Auckland zu gelangen. Ein zentralerer Sitz wäre wünschenswert gewesen, was von den Mitgliedern aus den Wahlkreisen in Auckland nicht unterstützt wurde. Nicht hilfreich war auch, dass das Haus der Generalversammlung in aller Eile errichtet worden war und nur noch ein Rohbau war, den die Mitglieder „Shedifice“ nannten. Der Wind blies durch das Gebäude, es war bei Regen undicht, und es fehlten grundlegende Einrichtungen wie Toiletten. Das am damaligen Stadtrand errichtete Gebäude bot keinerlei Komfort.
Ein Jahrzehnt lang wurde darüber gestritten, wo das Parlament tagen sollte. James FitzGerald, der kurzzeitig das erste Ministerium des Landes geleitet hatte, beantragte, dass die nächste Sitzung „an einem zentraleren Ort in der Kolonie“ abgehalten werden sollte. Er hatte es versäumt, sich vorher mit anderen abzusprechen, und viele der Mitglieder aus dem Süden waren bei der Abstimmung nicht anwesend, so dass der Antrag mit 13 zu 11 Stimmen abgelehnt wurde. 1856 wurde ein Beschluss, die nächste Sitzung in Auckland abzuhalten, dahingehend abgeändert, dass als Ort „eine zentralere Lage“ angegeben wurde, aber die Entscheidung darüber wurde dem Gouverneur überlassen. Nur wenige Monate später wurde ein Vorschlag, die nächste Sitzungsperiode in Nelson abzuhalten, knapp abgelehnt. Der Gouverneur, Thomas Gore Browne, schlug vor, dass es sinnvoll sein könnte, die Sitzungen abwechselnd in Wellington und Auckland abzuhalten. Nach vielen Diskussionen wurde beschlossen, die zweite Sitzung des 3. Parlaments in Wellington abzuhalten, und das Parlament tagte von Juli bis September 1862 im Gebäude des Wellingtoner Provinzialrats. Ein Vorschlag, diesen Umzug nach Wellington dauerhaft zu machen, wurde mit einer einzigen Stimme abgelehnt. Die 1858 errichteten Gebäude des Wellingtoner Provinzrats waren von opulentem Stil; der starke Kontrast zum „Shedifice“ in Auckland war Teil der Kampagne, mit der Wellington die Parlamentsmitglieder dazu bewegen wollte, die Hauptstadt in ihre Stadt zu verlegen.
Nach dem Umzug der Hauptstadt nach Wellington wurde das Parlamentsgebäude schließlich an die Universität von Auckland übertragen und 1919 abgerissen. Das Government House blieb einer der Sitze des Gouverneurs, der bis heute zwischen Wellington und Auckland wechselt. Das Old Government House wurde bis 1969 weiter genutzt, als Sir Frank und Lady Mappin das heutige Government House (Birchlands) in Mount Eden stifteten. Seitdem wird das Old Government House von der Universität von Auckland genutzt.