100年前、アラモスタウンにある巨大な楽器群「時空の塔」を設計した建築家ゴーディは、悪夢を見て日記に記し、後に曾孫で科学者のトニオに発見される。 その悪夢は、出会うはずのない2つの存在が時空の裂け目で交わることを予言していた。 この出会いがもたらす怒りが町を包み込み、町を崩壊させるというのだ。 ゴーディの設計した庭園では、悪夢を引き起こすポケモンとして皆から嫌われていたダークライが、アリシアという少女に心を開き、ダークライを庭園に招待してくれた。 ゴーディーは、悪夢が将来のために、激しい怒りを鎮める力を持つ歌「オラシオン」のミュージックディスクを作れと言っているのだと気づいた。
現代では、空間を支配するパルキアと時間を支配するディアルガが次元の狭間で争い、アラモスタウン周辺の空気に乱れを生じさせ、ゴーディーの予言は現実のものとなる。 その頃、時空の塔で行われるドーンのポケモンコンテストのために、アッシュ・ケッチャムとブロック、ドーンが町にやってくる。 パルキアとディアルガがぶつかり合うことで、空間に乱れが生じ、庭に被害が出る。 アルベルト男爵は、これがダークライの仕業であると考えています。 アルベルトのLickilickyと戦っている間、Darkraiはアッシュが眠りに落ちるとPalkiaがアッシュを攻撃する悪夢を作成することができます。 Darkraiはその後、アッシュと彼のピカチュウが吸い込まれる穴に消える前に表示されます。
翌日、Palkia、負傷し、ディアルガから隠そうとすると、アラモスタウンに現れる。 町を異次元に移動させ、脱出不能にする。 町の広場に再び現れたダークライは、誰かに立ち去るように言う。 アルベルトは、アッシュ、ドーン、その他のポケモントレーナーと一緒に、それと戦闘に従事する。 激怒し、Darkraiは悪夢の町の広場で多くのポケモンをトラップします。 その日の夜、トニオは塔の間で休んでいるパルキアを見つけます。 ダークライは、休んでいるパルキアを攻撃しようとします。 アッシュはその後PalkiaはDarkraiが消えて言っていたものだったとDarkraiの悪夢はPalkia.
としてPalkiaはその攻撃のいずれかでDarkraiを打つしようとしている、ディアルガは、2つに火を開き、すぐにPalkiaに実行到着したことを実現します。 パルキアとディアルガが乱闘している間に、町全体が徐々に崩壊していく。 アリスが「オラシオン」のミュージックディスクを見つけた後、ブロックが町の人々を避難させながら、アッシュとドーンは時空の塔の天空橋にあるミュージックディスクプレイヤーに登る。 トニオはPalkiaとDialgaがもう一度衝突した場合、彼らがいる次元は破壊されることが明らかになった。 PalkiaとDialgaが彼らの攻撃を放電すると、Darkraiは攻撃のラインを横切り、自分の周りに球体を形成して攻撃をブロックし、その過程でPalkiaとDialgaを飲み込むと動けなくなる
自由に壊れた後、PalkiaとDialga両方はそれが崩壊する原因と、Darkraiを攻撃。 アッシュとドーンは時空の塔が充電されていないことに気づき、ピカチュウとドーンのパチリスが「オラシオン」のディスクを再生しながら塔を充電するために彼らの電気の力を使用します。 すると、パルキアとディアルガは、この曲で落ち着く。 ディアルガは飛び去り、パルキアの傷は癒える。 アッシュとドーンは、町の失われた部分を復元するためにパルキアに嘆願することに成功し、それがもともとあった方法にアラモスタウンを返し、町の人々とポケモンが喜び、家に帰る。 その後、一行はダークライを失ったことを嘆き、アリスはその努力に感謝する。
エンドクレジットのモンタージュでは、ドーンはポケモンコンテストでリボンを獲得することができませんでした。