Vor hundert Jahren hatte Godey, der Architekt, der in Alamos Town ein riesiges Musikinstrumentarium namens Raum-Zeit-Türme entworfen hat, einen Alptraum, den er in seinem Tagebuch niederschrieb, das später von seinem Urenkel, dem Wissenschaftler Tonio, entdeckt wird. Der Albtraum sagte voraus, dass sich zwei Wesenheiten, die sich niemals hätten begegnen dürfen, im Raum-Zeit-Graben begegnen würden. Ihr Zorn aus diesem Zusammentreffen wird die Stadt einhüllen und ihren Untergang herbeiführen. In einem von Godey entworfenen Garten öffnete Darkrai, ein Alptraum-verursachendes Pokémon, das von allen anderen gehasst wurde, sein Herz für ein Mädchen namens Alicia, die Darkrai einlud, im Garten zu bleiben. Godey erkannte, dass der Albtraum ihm sagte, er solle für die Zukunft eine Musik-CD für „Orácion“ anfertigen, ein Lied, das die Kraft hat, den größten Zorn zu besänftigen. Jahre später rettete Darkrai Alicias Enkelin Alice das Leben, nachdem sie gestolpert und von einer Klippe gestürzt war.
In der Gegenwart wird Godeys Vorhersage wahr, als die Pokémon Palkia, das den Raum kontrollieren kann, und Dialga, das über die Zeit herrscht, Störungen in der Luft um Alamos Town verursachen, als sie sich im Raum zwischen den Dimensionen prügeln. Zur gleichen Zeit treffen Ash Ketchum, Brock und Dawn in der Stadt ein, um an Dawns nächstem Pokémon-Wettbewerb in den Raum-Zeit-Türmen teilzunehmen. Das Aufeinandertreffen von Palkia und Dialga verursacht eine Störung im Raum, die den Garten beschädigt. Baron Alberto glaubt, dass dies das Werk von Darkrai ist. Während er gegen Albertos Lickilicky kämpft, bringt Darkrai Ash zum Einschlafen und erzeugt einen Albtraum, in dem Palkia Ash angreift. Darkrai erscheint dann und verschwindet in einem Loch, in das Ash und sein Pikachu hineingesaugt werden.
Am nächsten Tag taucht Palkia, das sich vor Dialga verstecken will, verletzt in Alamos Town auf. Es versetzt die Stadt in eine andere Dimension, aus der es nicht mehr entkommen kann. Darkrai erscheint wieder auf dem Stadtplatz und sagt jemandem, er solle verschwinden. Alberto, Ash, Dawn und andere Pokémon-Trainer nehmen den Kampf mit ihm auf. In seiner Wut hält Darkrai viele Pokémon auf dem Stadtplatz in Albträumen gefangen. Später am Abend findet Tonio Palkia, das zwischen den Türmen ruht. Darkrai versucht, das ruhende Palkia anzugreifen. Ash erkennt, dass Palkia dasjenige war, dem Darkrai gesagt hat, es solle verschwinden, und dass Darkrais Albtraum Ash vor Palkia gewarnt hat.
Als Palkia gerade im Begriff ist, Darkrai mit einer seiner Attacken zu treffen, kommt Dialga an, eröffnet das Feuer auf die beiden und rennt sofort in Palkia hinein. Während sich Palkia und Dialga prügeln, beginnt die ganze Stadt langsam einzustürzen. Nachdem Alice die „Oración“-Musikdisk gefunden hat, klettern Ash und Dawn zum Musikdisk-Player auf der Himmelsbrücke der Raum-Zeit-Türme, während Brock hilft, die Stadtbewohner zu evakuieren. Tonio enthüllt, dass die Dimension, in der sie sich befinden, zerstört wird, wenn Palkia und Dialga noch einmal zusammenstoßen. Als Palkia und Dialga ihre Angriffe abfeuern, kreuzt Darkrai die Angriffslinie und bildet eine Sphäre um sich herum, um die Angriffe zu blockieren, wobei es Palkia und Dialga verschlingt und bewegungsunfähig macht.
Nachdem es sich befreit hat, greifen Palkia und Dialga beide Darkrai an, wodurch es sich auflöst. Ash und Dawn stellen fest, dass die Raum-Zeit-Türme nicht mehr aufgeladen sind, also nutzen Pikachu und Dawns Pachirisu ihre elektrischen Kräfte, um die Türme aufzuladen, während sie die „Orácion“-Disk abspielen. Das Lied beruhigt Palkia und Dialga erfolgreich. Dialga fliegt weg, und Palkias Wunde heilt. Ash und Dawn flehen Palkia erfolgreich an, die verlorenen Teile der Stadt wiederherzustellen und Alamos Town wieder so zu machen, wie es ursprünglich war, und die Bewohner und Pokémon freuen sich und kehren nach Hause zurück. Später betrauert die Gruppe den Verlust von Darkrai, wobei Alice ihm für seine Bemühungen dankt. Dann finden sie Darkrai auf der Spitze des Weltraumturms.
In der Endmontage gewinnt Dawn bei ihrem Pokémon-Wettbewerb keine Schleife.