Die Krankheit verläuft in der Regel tödlich 3; von den gut dokumentierten Fällen sind nur fünf Überlebende in Nordamerika bekannt: einer aus den USA im Jahr 1978 5, einer aus Mexiko im Jahr 2003 6, zwei aus den USA im Jahr 2013 4, 7, 8 und einer aus den USA im Jahr 2016. Der Zustand des ursprünglichen Überlebenden aus den USA verbesserte sich während eines einmonatigen Krankenhausaufenthalts allmählich. Die einzige gemeldete Nebenwirkung der Behandlung war eine Verminderung des Gefühls in den Beinen für zwei Monate nach der Entlassung, die sich dann allmählich besserte. Außerdem wurde 3 Tage nach der Behandlung kein Naegleria fowleri nachgewiesen 5. Es wurde vermutet, dass der Naegleria-fowleri-Stamm des ursprünglichen Überlebenden weniger virulent gewesen sein könnte, was zur Genesung des Patienten beigetragen hat. In Laborexperimenten verursachte der Stamm des kalifornischen Überlebenden nicht so schnell Zellschäden wie andere Stämme, was darauf hindeutet, dass er weniger virulent ist als Stämme, die aus anderen tödlichen Fällen stammen 9.
Der Zustand des Überlebenden aus Mexiko begann sich erst 40 Stunden nach der Krankenhauseinweisung zu verbessern. Am 22. Tag nach der Einlieferung zeigte die Gehirnuntersuchung keine Anomalien, und der Patient wurde am nächsten Tag entlassen. Der Patient wurde in den nächsten 12 Monaten weiter beobachtet, ohne dass es zu einem Wiederauftreten der Krankheit kam.
Nach 35 Jahren, in denen es in den Vereinigten Staaten keinen Überlebenden von Naegleria gab, überlebten im Sommer 2013 zwei Kinder mit Naegleria fowleri-Infektion. Das erste, ein 12-jähriges Mädchen, wurde etwa 30 Stunden nach Beginn der Erkrankung mit PAM diagnostiziert und erhielt innerhalb von 36 Stunden die empfohlene Behandlung. Sie erhielt auch das Prüfpräparat Miltefosin, und ihre Hirnschwellung wurde aggressiv behandelt, u. a. mit therapeutischer Hypothermie (Kühlung des Körpers unter die normale Körpertemperatur). Die Patientin erholte sich neurologisch vollständig und kehrte in die Schule zurück. Ihre Genesung wurde der frühzeitigen Diagnose und Behandlung sowie neuartigen Therapeutika wie Miltefosin und Hypothermie zugeschrieben.
Das zweite, 8-jährige Kind gilt ebenfalls als Überlebender der PAM, obwohl es wahrscheinlich bleibende Hirnschäden erlitten hat. Auch er wurde mit Miltefosin behandelt, aber erst einige Tage nach Beginn seiner Symptome diagnostiziert und behandelt. Therapeutische Hypothermie wurde in diesem Fall nicht eingesetzt.
Im Sommer 2016 wurde ein 16-jähriger Junge als vierter Überlebender der PAM in den USA gemeldet. Dieser Patient wurde innerhalb weniger Stunden nach seiner Einlieferung ins Krankenhaus diagnostiziert und nach demselben Protokoll behandelt wie der 12-jährige Überlebende von 2013. Auch dieser Patient erholte sich neurologisch vollständig und kehrte in die Schule zurück.
Insgesamt sind die Aussichten für Menschen, die diese Krankheit bekommen, schlecht, obwohl eine frühe Diagnose und neue Behandlungen die Überlebenschancen erhöhen könnten.