Gründer Alain Coumont eröffnete Le Pain Quotidien am 26. Oktober 1990 in der Rue Dansaert 16 in Brüssel. Als junger Koch war Coumont mit der Qualität des in Brüssel erhältlichen Brotes unzufrieden, und so begann er, sein eigenes zu backen, indem er Mehl, Wasser und Salz zu den vertrauten Broten seiner Kindheit mischte. Er richtete das Geschäft mit Schränken aus Antiquitätenläden und einem großen Tisch aus Holz ein, das von den Böden ausgedienter belgischer Züge stammte, die er auf einem örtlichen Flohmarkt gekauft hatte: der erste der Gemeinschaftstische von Le Pain Quotidien.
Die erste Filiale in den Vereinigten Staaten wurde 1997 in der Madison Avenue in New York City eröffnet.
Bis 2005 erhielt der Gründer täglich 50 E-Mails von Leuten, die sich eine Franchise sichern wollten.
Im Jahr 2011 kam es zu einem Zwischenfall in der Öffentlichkeitsarbeit des Unternehmens, als eine Kundin in New York City eine Maus in ihrem Salat fand.
Im Jahr 2016 wurde Doug Satzman CEO des US-Geschäfts und Vincent Herbert wurde globaler CEO.
Im März 2018 trat Vincent Herbert zurück.
Im Dezember 2019 erhöhte Cobepa, die sich mehrheitlich im Besitz von Spoelberch befindet, ihren Anteil am Unternehmen von 32 % auf 43 %, und Norac verkaufte seinen Anteil von 25 %.
Im Mai 2020 meldete die Muttergesellschaft in Belgien Insolvenz an, und der Geschäftsbereich in den Vereinigten Staaten stellte einen Insolvenzantrag. Im selben Monat unterzeichnete die Muttergesellschaft eine Vereinbarung mit dem in New York ansässigen Unternehmen Aurify Brands, das eine Überbrückungsfinanzierung in Höhe von 522.000 US-Dollar bereitstellen wird, um den Betrieb fortzuführen und die Übernahme aller US-Einheiten für 3 Millionen US-Dollar abzuschließen. Aurify Brands plante die Wiedereröffnung von mindestens 35 Filialen und die Schaffung von 1.000 Arbeitsplätzen.