Das Grundspiel folgt den Standardregeln des Sammelkartenspiels (mit der Ausnahme, dass man von jeder Karte nur 1 Mythic, 2 Rares und 3 Uncommons verwenden kann) Magic: The Gathering, das 1993 zum ersten Mal veröffentlicht wurde; jeder Spieler hat ein Kartendeck, das aus Ländern und Zaubersprüchen besteht. Länder werden verwendet, um „Mana“ zu erzeugen, die Ressource, die zum Wirken von Zaubersprüchen benötigt wird. Mana gibt es in fünf Farben, und Karten können farbiges oder allgemeines Mana (beliebige Farbe) erfordern, um gewirkt zu werden. Zaubersprüche gibt es in vielen Varianten, von Zaubersprüchen und Instants, die einmalige Effekte haben, bis hin zu beschworenen Kreaturen, die den Gegner angreifen und verteidigen können. Die Spieler spielen abwechselnd Landkarten aus, wirken Zaubersprüche und greifen ihre Gegner an, bis die Lebenspunkte aller Spieler bis auf einen auf 0 reduziert sind.
Magic Duels: Origins besteht im Kern aus einem Einzelspieler-Story-Modus und einem Online-Kampfmodus. Im Story-Modus durchlebt der Spieler die Entstehungsgeschichte von fünf verschiedenen Planeswalkern: Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane und Liliana Vess. Jeder Planeswalker hat fünf oder mehr Duelle mit computergesteuerten Gegnern. Der Spieler verwendet ein Deck, das auf dem ausgewählten Planeswalker basiert, und verbessert dieses Deck bei jedem der Duelle durch das Hinzufügen neuer Karten. Diese Decks mit den freigeschalteten Verbesserungen stehen dem Spieler auch im Kampfmodus zur Verfügung.
Im Kampfmodus können die Spieler vorgefertigte Decks verwenden oder Decks aus ihrer Kartensammlung zusammenstellen und entweder gegen Computergegner oder Online-Gegner antreten; zu den Spieltypen gehören Eins-gegen-Eins-Matches mit Spielern, die auf Ranglisten geführt werden, und Two-headed Giant (zwei gegen zwei). Die Computergegner in diesen Modi können aus drei Schwierigkeitsgraden ausgewählt werden, wobei höhere Schwierigkeitsgrade mehr Belohnungen für den Spieler bringen. Die Decks der Computergegner werden prozedural generiert, so dass die Art der Decks, mit denen der Spieler konfrontiert wird, dem Zufallsprinzip folgt. In beiden Modi können die Spieler Spielgeld verdienen, mit dem sie neue Boosterpacks oder bestimmte Karten kaufen können, um ihre Kartensammlung zu erweitern; es gibt auch verschiedene Tagesziele, die die Spieler für Spielgeld erfüllen können, und alle Spieler werden für ihre Hilfe bei der Erfüllung verschiedener Gemeinschaftsziele belohnt. Die Spieler können auch mit Mikrotransaktionen Geld im Spiel kaufen, was aber nicht erforderlich ist, um Zugang zu allen Karten und Funktionen zu erhalten.