Das Milligan College liegt im Carter County im Osten Tennessees. Seine Ursprünge gehen auf ein Buffalo Male and Female Institute (1866) zurück, das von einer kleinen christlichen Gemeinde (Disciples of Christ) gegründet wurde. Im Jahr 1882 wurde es von Josephus Hopwood zu einem College aufgewertet, das nach einem angesehenen Professor der Universität von Kentucky benannt wurde. Hopwood, die dominierende Persönlichkeit in der frühen Geschichte des Colleges, diente bis 1903 als Präsident und prägte das dauerhafte Motto „Christliche Erziehung – die Hoffnung der Welt“.
Eine neue Ära begann 1917. Der neue Präsident Henry J. Derthick, ein beliebter „Hirte auf den Hügeln“, stellte die vier Hauptgebäude fertig, die den Zweiten Weltkrieg überlebten, als das College alle seine Einrichtungen für ein V-12-Programm der Marine umbaute und ein wettbewerbsfähiges Liberal Arts College für die Jugend aus den nahe gelegenen Bergen schuf. Ein vorübergehender Nachkriegsboom führte nur allzu schnell zu einer Beinahe-Katastrophe. Ein Skandal im Büro des Präsidenten, wichtige Rücktritte von Lehrkräften, ein übermäßig kostspieliges Sportprogramm und ein starker Rückgang der Schülerzahlen (auf unter 300) führten fast zum Bankrott und zum Verlust der regionalen Zulassung.
Die moderne Ära begann in den dunklen Tagen des Jahres 1950. Dean E. Walker kam von der Butler University als neuer Präsident. Er brachte Milligan mit einer konservativen und unabhängigen Fraktion (Christliche Kirchen und Kirchen Christi) innerhalb der Jüngerschaftsbewegung zusammen. Dies trug dazu bei, mehr finanzielle Unterstützung von sympathisierenden Einzelpersonen und Gemeinden zu erhalten. Die weniger regionale und wachsende Studentenschaft (866 in 1995-96) repräsentierte zunehmend diese Gemeinschaft. Mit zunehmender finanzieller Stabilität und einem stark erweiterten Campus erhielt Milligan 1960 die regionale Zulassung zurück.
Im akademischen Jahr 2000-2001 waren über 900 Studenten in Milligan eingeschrieben. Das College bot neunundzwanzig Hauptfächer an. Donald R. Jeanes, ein Ehemaliger des Colleges, wurde 1997 der vierzehnte Präsident der Einrichtung.