Het reproductiegetal (R) wordt vaak gebruikt om aan te geven hoe besmettelijk een ziekte is. Wij zullen deze grootheid gedeeltelijk gebruiken om alternatieve interventies ter bestrijding van een uitbraak te beoordelen, omdat R verandert door bestrijdingsmaatregelen. Het basisreproductiegetal (R0) is het reproductiegetal wanneer er geen sprake is van immuniteit als gevolg van vroegere blootstellingen of vaccinatie, noch van doelbewuste ingrepen in de ziekteoverdracht. Wij noemen R een effectief reproductiegetal wanneer er sprake is van enige immuniteit of van interventiemaatregelen.
Het is nuttig enkele kenmerken van een reproductiegetal in herinnering te brengen, omdat de interpretatie ervan niet altijd eenvoudig is.
Wanneer individuen homogeen zijn en zich op uniforme wijze vermengen, wordt R gedefinieerd als het gemiddelde aantal infecties dat wordt gegenereerd tijdens de infectieperiode van een enkele infectieveling. Individuen kunnen verschillen in het aantal dat zij infecteren, als gevolg van toeval, maar het gemiddelde aantal geïnfecteerden is R. Epidemieën van een SEIR-infectie kunnen niet optreden wanneer R bij het begin van de uitbraak kleiner is dan 1, en gevestigde uitbraken zullen uitdoven wanneer ofwel door interventies R onder 1 blijft, ofwel het vatbare deel van de populatie voldoende is uitgedund om R onder 1 te houden.
Het basisreproductiegetal kan variëren tussen locaties omdat de mate van contact tussen mensen kan verschillen als gevolg van verschillen in bevolkingsdichtheid en culturele verschillen. Het effectieve reproductiegetal kan ook variëren, omdat de gemeenschappen op verschillende locaties kunnen verschillen in hun mate van immuniteit.
Welk basisreproductiegetal moeten we gebruiken bij onze beoordeling van voorgestelde maatregelen tegen een influenzapandemie? Het kan zijn dat recente blootstelling aan momenteel circulerende influenzastammen, of vaccinaties om zich daartegen te beschermen, enige immuniteit verschaffen tegen een nieuw opgedoken stam; zie Jordan et al. (1958), Spicer and Lawrence (1984), Mills et al. (2004). Het reproductiegetal op basis waarvan we elke voorgestelde interventie in onze gemeenschap moeten beoordelen, is dan het effectieve reproductiegetal dat overeenkomt met de populatie zoals die aanvankelijk is, compleet met haar aanvankelijke niveau van immuniteit als gevolg van blootstelling aan influenzastammen die eerder hebben gecirculeerd maar bij afwezigheid van opzettelijke interventies. Gemakshalve zullen wij dit uitgangsreproductiegetal het basisreproductiegetal noemen en het in dit document aanduiden met R0.
Er zijn twee aspecten van de overdracht van infectieziekten die niet goed door R worden weergegeven. Het ene is de snelheid van overdracht in kalendertijd. Om dit te illustreren, beschouwen we twee SIR-infecties met dezelfde R0. Stel dat bij een van deze infecties individuen gedurende een korte infectieperiode zeer besmettelijk zijn. Bij de andere infectie zijn de individuen minder besmettelijk, maar over een langere besmettelijke periode. Beide resulteren in dezelfde uiteindelijke aanvalskans, maar de eerste epidemie komt sneller op gang, heeft een hogere incidentie op het hoogtepunt van de epidemie en duurt veel korter; zie paragraaf 2.4.
Het andere aspect dat R in het algemeen niet goed weergeeft is q, de waarschijnlijkheid dat een ingevoerde uitbraak op gang komt en groot wordt, in tegenstelling tot de waarschijnlijkheid dat de uitbraak verdwijnt nadat relatief weinig mensen zijn besmet. Deze waarschijnlijkheid is van fundamenteel belang voor het indammen en vertragen van een lokale epidemie, dus we moeten hier rekening mee houden bij het beoordelen van maatregelen op basis van R.