Epitoop, ook wel antigene determinant genoemd, deel van een vreemd eiwit, of antigeen, dat in staat is een immuunrespons te stimuleren. Een epitoop is het deel van het antigeen dat zich bindt aan een specifieke antigeenreceptor op het oppervlak van een B-cel. Binding tussen de receptor en het epitoop treedt alleen op als hun structuren complementair zijn. Als dat het geval is, passen epitoop en receptor in elkaar als twee stukjes van een puzzel, een gebeurtenis die nodig is om de productie van antilichamen door B-cellen te activeren. De door B-cellen geproduceerde antilichamen zijn specifiek gericht tegen de epitopen die zich binden aan de antigeenreceptoren van de cellen. De epitoop is dus ook het gebied van het antigeen dat wordt herkend door specifieke antilichamen, die zich binden en het antigeen uit het lichaam verwijderen.
Veel antigenen hebben een verscheidenheid aan verschillende epitopen op hun oppervlak. Elke epitoop is in staat te reageren met een andere B cel antigeen receptor. Bovendien bevat het bloedserum van een geïmmuniseerd persoon of dier normaliter een mengsel van antilichamen, die allemaal in staat zijn een verbinding aan te gaan met hetzelfde antigeen, maar met verschillende epitopen die op het oppervlak van het antigeen voorkomen. Bovendien hebben antilichamen die aan dezelfde epitoop binden vaak verschillende capaciteiten om zich aan die epitoop te binden.
Het is mogelijk dat twee of meer verschillende antigenen een epitoop gemeen hebben. In deze gevallen kunnen antilichamen die gericht zijn tegen het ene antigeen, reageren met alle andere antigenen die hetzelfde epitoop dragen. Dergelijke antigenen staan bekend als kruisreagerende antigenen.