Tussen, besloot My’shell Lemair, die zichzelf de schuld gaf van Charlottes situatie, aanwijzingen op oude Assassin-accounts te onderzoeken, waardoor ze ontdekte dat deze in het geheim werden gebruikt door een derde factie. Berg onderzocht ook de rekeningen en ondervroeg haar, voordat hij in een hinderlaag werd gelokt door een Instrument cel geleid door Jasdip. Zwaar gewond nam My’shell Berg mee naar het safehouse in Londen, waar de Assassins opnieuw bijeenkwamen. Met tegenzin besloten de Assassin cel en Berg hun krachten te bundelen om de nieuwe factie te stoppen die in hun beider ordes was geïnfiltreerd.
Charlotte ging de herinneringen van Ignacio Cardona herbeleven en ontdekte dat hij omging met de voormalige Zwarte Cross Albert Bolden. Nadat Charlotte niet verder kon door vermoeidheid veroorzaakt door de Animus, herleefde Berg de herinneringen van Albert Bolden met behulp van het DNA van zijn nakomeling André Bolden. Uiteindelijk ontdekten ze dat het artefact begraven lag in het puin van een verlaten kerk in Spanje. Ondertussen kaapten de Instrumenten Abstergo’s Phoenix Project laboratorium voor hun eigen doeleinden.
De Assassins en Berg vertrokken naar Spanje, waar Arend en Kiyoshi in eerste instantie weerstand ondervonden van twee oudere beschermers van de locatie die door Cardona en Bolden waren aangewezen, voordat ze werden gevangengenomen door Jasdip Dhami’s team van Instrumenten. Toen Charlotte de Koh-i-Noor ontdekte, activeerde ze onbewust het artefact en creëerde een explosie van licht. Dhami slaagde erin Charlotte te overmeesteren in het midden van de lichtexplosie en, na een mortieraanval, ontsnapte hij met het artefact. Kort daarna werd het onderduikadres van de Assassins in Londen aangevallen door de Instruments, maar My’shell wist te ontsnappen met Guernica, hoewel hij uiteindelijk zwaar gewond achterbleef.
Terwijl, dwongen de Instrumenten Abstergo’s Phoenix Project-hoofd Álvaro Gramática om een nieuw lichaam voor Juno te maken, met behulp van de Lijkwade van Eden en DNA van Desmonds zoon Elijah, in een laboratorium ergens in Australië. Toen Juno’s nieuwe lichaam klaar was en zij was herboren, bestormden de Assassins en Berg de faciliteit, terwijl Elijah in opstand kwam tegen zijn Instrument-begeleiders. De Assassins doodden vele Instrumenten, waaronder Dhami, terwijl Galina naar beneden klom in Gramática’s lab.
Toen Galina en Elijah beiden het lab bereikten, stal Elijah de Koh-i-Noor en raakte het samen met Galina aan en gebruikte de krachten ervan om de Instrumenten af te weren. Galina gebruikte het om een illusie van Consus te creëren om Juno af te leiden, terwijl zij vervolgens de Isu doodde met haar Verborgen Zwaard. Hoewel Charlotte nog binnen was, liet Berg een zeer vernietigende granaat afgaan in de faciliteit toen hij en Galina, Arend en Kiyoshi ontsnapten, en doodde haar ondanks het protest van de Assassins. Elijah ontsnapte echter met de Koh-i-Noor.
Zoek naar de Staf van Hermes Trismegistus
In eind oktober 2017, William Miles redde een malafide Abstergo-operative genaamd Layla Hassan, die van Simon Hathaway de opdracht had gekregen om de sarcofaag van Bayek van Siwa, de stichter van de Hidden Ones, terug te vinden in de Qattara Depressie in Egypte. Nadat zij had besloten om Bayek’s herinneringen zelf te onderzoeken met haar draagbare Animus in plaats van de sarcofaag naar Abstergo te brengen, stuurde het bedrijf zonder succes agenten om haar te vermoorden. William vond haar uiteindelijk en bood haar een kans om aan het Animus-project van de Assassins te werken, wat ze met tegenzin accepteerde.
In het volgende jaar nam Layla’s tegenzin om zich bij het Broederschap aan te sluiten af en werd ze een gewaardeerd lid van de Assassins, waarbij ze zelfs het leiderschap over haar eigen cel kreeg. Eind 2018 vond Layla bewijs dat wees naar de locatie van de gebroken Speer van Leonidas, en verzamelde een team bestaande uit mede-voormalig Abstergo-werknemer Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura en Alannah Ryan om het terug te vinden. Met behulp van een DNA monster van het artefact, ging ze verder met het onderzoeken van Kassandra’s genetische herinneringen in de Animus in een safehouse in Londen, in de hoop aanwijzingen te vinden die leiden naar de Staf van Hermes Trismegistus.
Op den duur, ontdekte de cel via Kassandra’s herinneringen de locatie van de verzonken stad Atlantis en hoe de Poort naar de Verloren Stad, die als ingang diende, weer geactiveerd kon worden. Nadat Layla dit had gedaan, ontmoette ze Kassandra, die meer dan twee millennia had geleefd dankzij de krachten van de Staf. Zij gaf het artefact door aan Layla en gaf haar de verantwoordelijkheid om orde en chaos weer in evenwicht te brengen in de wereld. Voordat ze de Staf aan Layla doorgaf, liet Kassandra haar beloven dat ze alle stukken Eden zou vernietigen, voordat Kassandra onsterfelijk zou worden en zou overlijden.
Layla besloot meer van Kassandra’s herinneringen te onderzoeken, waardoor ze direct in contact kwam met de Isu Aletheia, van wie ze ontdekte dat Layla bedoeld was als de “Erfgenaam van Herinneringen” en moest leren hoe ze de Staf moest gebruiken en de corruptie ervan bestrijden. Door haar ervaringen in de Animus, ontdekte Layla hoe ze verder in de Poort kon reiken. Eenmaal daar werd ze vergezeld door Victoria en de twee werden uiteindelijk ontdekt door Abstergo’s Sigma Team, dat snel werd uitgeschakeld door Layla.
Door Kassandra’s herinneringen beleefde Layla verschillende simulaties van de Isu-beschaving, gemaakt door Aletheia met de bedoeling te leren hoe ze de kracht van de Staf moest beheersen. Tijdens deze Animus-sessies smeekte Victoria Layla te stoppen om te voorkomen dat het Bloedende Effect het over zou nemen. In een moment van woede, opgewekt door de Staf, doodde Layla per ongeluk haar vriendin. Ze bleef de simulaties onderzoeken en leerde uiteindelijk alles wat Aletheia haar te leren had. Op dat moment werd Layla geconfronteerd met Otso Berg, die kreupel werd toen de twee vochten. Layla riep vervolgens de Altaïr II in voor een pick-up.
Nieuwe operaties
In 2019 ontdekten Gavin Banks en My’shell Lemair dat Abstergo van plan was een nieuw digitaal programma uit te brengen, Project Lighthouse genaamd, waarmee ze het dark web konden beïnvloeden, zodat ze illegale praktijken zoals wapendeals en andere vormen van smokkel konden controleren. In de hoop het programma te stoppen, ontdekten ze dat de failsafe code van het programma gekoppeld was aan een vervalste munt van de Grote Hercoinage van 1696 die in het bezit was gekomen van de moordenaar Omar Khaled. Gavin vond de nakomeling van Khaled, Aliyah Khan, in Londen en haalde haar over om de Assassins te helpen in ruil voor het financieren van haar studie door haar het geld te geven dat Aliyah’s voormalige zakenpartner Jarrod Eubanks van haar had gestolen.
Aliyah onderzocht Omar’s herinneringen in de Animus, en Gavin en My’shell onthulden langzaam details over Abstergo en hun plannen aan haar. Uiteindelijk werden ze gedwongen te stoppen en te vluchten nadat ze Tempeliers in hun nabijheid ontdekten. Ze lieten de Animus achter, ontliepen de Tempeliers en verhuisden naar de Londense dierentuin. Om toegang te krijgen tot een andere Animus, besluiten ze zich te vermommen als schoonmakers en te infiltreren in het Londense kantoor van ExploreDNA, een dochteronderneming van Abstergo die het DNA van mensen onderzoekt. Met behulp van een VR Animus gaat Aliyah verder met het verkennen van de herinneringen van haar voorouder, totdat ze de inscriptie ontdekt die op de vervalste sleutel van haar voorouder staat geschreven: “Je maintaindrai”.
My’shell ontdekte ondertussen dat Eubanks’ geld persoonlijk werd beheerd door Abstergo Financial CEO Agneta Reider, en dat Aliyah’s vader Fahad Khan, van wie ze dacht dat hij al tien jaar dood was, haar werknemer was. Fahad Khan bestormde het ExploreDNA-gebouw en slaagde erin Gavin gevangen te nemen. Met de hulp van de ExploreDNA AI, gebaseerd op Shaun Hastings, lokaliseerden ze Agneta Reider en stalen haar horloge, dat ze ruilden voor de locatie van Gavin bij Newton Analytica in Cambridge. Tijdens de daaropvolgende confrontatie, werd Aliyah gedwongen haar vader te doden met een Hidden Blade. Gavin nodigde haar uit bij de Broederschap, hoewel ze aanvankelijk weigerde. Na het horen van het nieuws dat Jarrod Eubanks was gearresteerd op basis van de acties van een schurkengroep die beloofde andere dieven zoals hij ten val te brengen, accepteerde ze de uitnodiging en sloot zich aan bij de Assassins.
Hetzelfde jaar, kreeg Kiyoshi Takakura een project toegestuurd dat Abstergo in Yokohama uitvoerde en waarbij een Animuspersoon betrokken was – die, zonder dat de moordenaars het wisten, Lisa Yang was, een afstammeling van Shao Jun. Buiten de Abstergo kliniek, luisterde Kiyoshi een gesprek af tussen een Abstergo dokter en het meisje. Later informeerde hij een mede-Assassin over zijn vrees dat het meisje een fataal risico liep door te lange blootstelling aan Animus, en dat hij niet zeker wist wiens herinneringen ze haar lieten herbeleven in de Animus.