Er bestaat geen twijfel over dat Hobson Russell slechts als een tijdelijke hoofdstad beschouwde. Op 18 april 1840 stuurde hij Mathew voor een tweede reis naar het zuiden; de landmeter-generaal kreeg de opdracht de havens van Whangarei, Mahurangi en Waitematā te verkennen en bijzondere aandacht te besteden aan een locatie op de zuidelijke oever van de Waitematā. Mathew bracht twee maanden door met het verkennen van de verschillende locaties en verwierp Whangarei en Mahurangi, maar ook de locatie die de voorkeur had van Hobson en die later bekend zou worden als Hobsonville. In zijn woorden was het “totaal ongeschikt voor de plaats van de belangrijkste nederzetting, en zelfs slecht geschikt voor een nederzetting”. Mathew beval voor de nederzetting het Panmure Basin aan, dat vele voordelen had, maar hij gaf toe dat de toegang vanuit de haven moeilijk was.
Toen Hobson weer wat gezonder was, ging hij naar het zuiden om de aanbevelingen van Mathew te controleren. Op 6 juli bezocht hij Panmure en wees het onmiddellijk af vanwege de moeilijke toegang over water. Hobson gaf ook toe dat zijn favoriete locatie onpraktisch was. Nadat de groep een zonsondergang had gezien en onder de indruk was van een “prachtig uitzicht op de kust verderop in de haven in de gouden gloed van de late namiddag”, gingen zij daar de volgende dag aan land. Zij waren het erover eens dat de plaats een grote belofte inhield voor een toekomstige hoofdstad; men neemt aan dat zij aan land gingen bij Shelly Beach in Ponsonby. Aan het eind van de maand werd besloten dat de hoofdstad naar de Waitematā zou worden verplaatst.
Op 13 september 1840 vertrok een barkas vanuit Russell naar de Waitematā. Aan boord bevonden zich zeven regeringsfunctionarissen, enkele kajuitpassagiers en een groot aantal passagiers in de stuurhut. Het gezelschap, onder leiding van Symonds, moest de keuze van de toekomstige hoofdstad afronden, het land van de Maori kopen, winkels en logiesgebouwen oprichten en een plaats voor het regeringshuis vinden. Op 18 september was het land (zo’n 3.000 acres of 1.200 hectare) gekozen en was een overeenkomst getekend met Āpihai Te Kawau en anderen die de Ngāti Whātua iwi vertegenwoordigden. Op Point Britomart werd een vlaggenmast opgericht en op de gezondheid van Hare Majesteit werd “met veel gejuich en luid gejuich gedronken”. Sarah Mathews, de vrouw van de landmeter-generaal, noteerde in haar dagboek dat de naam “Auckland” in de vlaggenmast was gegraveerd, samen met de datum van de aankoop van het land. Dit kan worden beschouwd als de onofficiële naamgeving van de stad, aangezien de naam voor het eerst op schrift werd gesteld door Hobson op 10 november van dat jaar. George Eden, 1e graaf van Auckland was Eerste Heer van de Admiraliteit. In 1834 had hij William Hobson opdracht gegeven om met de Rattlesnake naar Oost-Indië te varen, waarmee een einde kwam aan een periode van zes jaar zonder bevel en met een half salaris. De naam werd weliswaar uit dankbaarheid gegeven, maar kon zeker op algemene goedkeuring rekenen, want Lord Auckland was in 1840 op het hoogtepunt van zijn roem nadat hij in 1835 tot onderkoning van India was benoemd. De goedkeuring van Koningin Victoria van Auckland als naam voor de nederzetting werd op 26 november 1842 in de New Zealand Gazette gepubliceerd.
De werkzaamheden in Auckland vorderden voorspoedig. Hobson bezocht Auckland voor het eerst op 17 oktober 1840 om de voortgang te controleren en een beslissing te nemen over de locatie voor het Government House. Hij keerde terug naar de Bay of Islands, nadat hij had besloten het jaar daarop in Auckland te gaan wonen. Government House was een bouwpakket dat in Engeland was gebouwd en naar Nieuw-Zeeland was verscheept. Het woog 250 ton (250 lange ton; 280 korte ton). Het had 16 kamers, was 120 voet (37 m) lang, 50 voet (15 m) breed, en 24 voet (7,3 m) hoog. Het werd geplaatst op de hoek van Hobson en Cook Streets. De ambtenaren en alle regeringspapieren werden in januari 1841 van de Bay of Islands naar Auckland overgebracht. Hobson betrok zijn nieuwe residentie op 14 maart 1841, en met zijn intrek was de hoofdstad verschoven van de Bay of Islands naar Auckland.
Het eerste Hooggerechtshof van Nieuw-Zeeland werd in 1842 gebouwd op de hoek van Queen Street en Victoria Street West. Het hof werd voorgezeten door Justice Martin.
Op 23 juni 1848 brandde het Government House af tijdens de ambtstermijn van Sir George Grey als gouverneur. Niemand raakte gewond, maar het gebouw was een totaal verlies. Vervolgens werd jarenlang een residentie van de viceregering gehuurd (bekend als Scoria House en gelegen aan Karangahape Road) voordat in 1856 het nieuwe Government House werd gebouwd. De bouw van dit gebouw maakte deel uit van de campagne van Auckland om de regeringszetel te behouden, aangezien de discussie over de verplaatsing van de hoofdstad naar het zuiden al was begonnen. Dit gebouw werd in 1969 officieel een onderdeel van de Universiteit van Auckland, staat nu bekend als Old Government House en werd in 1983 door de New Zealand Historic Places Trust geregistreerd als een categorie I erfgoedstructuur.
De oorspronkelijke regeringsvorm was een uitvoerende raad bestaande uit ambtenaren die werden benoemd door en verantwoording verschuldigd waren aan de gouverneur. Dit veranderde toen de New Zealand Constitution Act 1852, een wet van het parlement van het Verenigd Koninkrijk die zelfbestuur verleende aan de kolonie Nieuw-Zeeland, werd aangenomen. Deze wet voorzag in een tweekamerstelsel voor de Algemene Vergadering (of het Parlement), bestaande uit de gouverneur, een benoemde Wetgevende Raad en een gekozen Huis van Afgevaardigden, met een Uitvoerende Raad die nominaal door de gouverneur werd benoemd. De wet voorzag ook in de mogelijkheid van provinciale regeringen, en aanvankelijk werden zes provincies ingesteld. De eerste algemene verkiezingen werden gehouden in 1853 en het Parlement kwam bijeen in Auckland voor zijn eerste zitting, die werd geopend op 27 mei 1854. Op 3 juni werd voor het eerst de kwestie van de zetel van het parlement besproken, waarbij Edward Gibbon Wakefield betoogde dat de zetel van de regering naar Wellington moest worden verplaatst. Het reizen van en naar het parlement was moeizaam en de leden uit het verre zuiden hadden er twee maanden over gedaan om in Auckland te komen. Een meer centrale locatie was wenselijk, een stap die niet werd gesteund door de leden uit de kiesdistricten van Auckland. Wat ook niet hielp, was dat het Huis van de Algemene Vergadering inderhaast was opgetrokken en niet meer was dan een omhulsel, en de leden noemden het de “Shedifice”. De wind blies door het gebouw, het lekte in de regen, en basisvoorzieningen zoals toiletten ontbraken. Gebouwd aan de toenmalige rand van de stad, was het een gebouw zonder comfort.
Over de plaats waar het Parlement moest vergaderen werd een decennium lang getwist. James FitzGerald, die kortstondig aan het hoofd had gestaan van het eerste ministerie van het land, stelde voor dat de volgende zitting “op een meer centrale plaats in de kolonie” zou worden gehouden. Hij had verzuimd vooraf met anderen te overleggen, en veel van de zuidelijke leden waren afwezig toen de stemmen werden uitgebracht, en het voorstel werd met 13 tegen 11 verworpen. In 1856 werd een resolutie om de volgende zitting in Auckland te houden gewijzigd door de zinsnede “een meer centrale plaats” als locatie in te lassen, maar de beslissing werd aan de gouverneur overgelaten. Slechts een paar maanden later werd een voorstel om de volgende zitting in Nelson te houden, nipt verworpen. De gouverneur, Thomas Gore Browne, stelde voor om afwisselend in Wellington en Auckland te vergaderen. Na veel discussie werd besloten de tweede zitting van het 3e Parlement in Wellington te houden, en het parlement vergaderde van juli tot september 1862 in het gebouw van de Provinciale Raad van Wellington. Een voorstel om deze verhuizing naar Wellington permanent te maken werd door één enkele stemming verloren. De gebouwen van de Wellington Provincial Council werden in 1858 gebouwd en waren weelderig van stijl; het schrille contrast met de “Shedifice” in Auckland maakte deel uit van de campagne van Wellington om parlementsleden te verleiden de hoofdstad naar hun stad te verplaatsen.
Nadat de hoofdstad naar Wellington was verhuisd, werd het parlementsgebouw uiteindelijk overgebracht naar de Universiteit van Auckland en in 1919 gesloopt. Government House bleef een van de zetels van de gouverneur, die tot op de dag van vandaag afwisselend in Wellington en Auckland zetelt. Old Government House bleef in dit gebruik tot 1969, toen Sir Frank en Lady Mappin het huidige Government House (Birchlands) schonken, dat in Mount Eden staat. Old Government House is sindsdien in gebruik door de Universiteit van Auckland.