Latente infectie
HSV latente infectie van sensorische neuronen impliceert binding van het virion aan de termini van de neuronale axonen en binnendringing, waarschijnlijk met behulp van dezelfde ingangsmoleculen als voor lytische infectie hierboven beschreven, in het axon. De capside beweegt zich langs het axon door retrograde transport naar het neuronale cellichaam, waar het virale genoom vrijkomt in de neuronale kern. Het genoom cirkelt rond en wordt langzaam geladen met histonen wegens de kleine pool van vrije histonen in het rustende neuron; niettemin is de lytische gentranscriptie beperkt wegens het gebrek aan lokalisatie van VP16 in de neuronale kern en de cytoplasmatische lokalisatie van ten minste één van de gastheereiwitten die een complex vormen met VP16 om IE-genexpressie te activeren. Het belangrijkste virale gen dat wordt getranscribeerd is het gen dat codeert voor het latency-associated transcript (LAT), een lang (meer dan 10 kb) niet-coderend primair RNA-transcript. LAT wordt door splicing verwerkt tot een stabiel cirkelvormig intron van 2 kb, en verscheidene microRNA’s (miRNA’s). Expressie van LAT bevordert de overleving van het geïnfecteerde neuron door heterochromatine op het virale genoom te verhogen, virale lytische genexpressie te verminderen en apoptose te remmen. LAT verhoogt de niveaus van de H3K9me3 (histon H3 lysine 3 residu getrimethylateerd) facultatieve heterochromatinemarker, mogelijk door het Polycomb repressieve complex 2 histon-methyltransferase te rekruteren. Facultatief heterochromatine lijkt ideaal voor latent HSV chromatine omdat het silencing is, maar het zou een vorm van chromatine vormen die klaar is voor reactivatie.
Tijdens het handhaven van latente infectie, is er minimale maar detecteerbare expressie van HSV lytische genen. Omdat het neuron een rustcel is, kan het virale DNA-genoom stabiel in stand worden gehouden zonder te repliceren of aan gastheerchromosomen te worden gebonden. Sommigen hebben aangevoerd dat CD8+ T-cellen rond het latent geïnfecteerde neuron een latente infectie in stand houden, maar een alternatieve verklaring is dat zij zich richten op reactiverende neuronen. In elk geval leiden neuronale beschadiging, stress en/of activering tot kinase-signaalroutes waarvan wordt aangenomen dat zij histonen in het virale chromatine fosforyleren om een veralgemeende transcriptie van het latente genoom mogelijk te maken, zodat er voldoende VP16 is om de lytische transcriptiecascade op gang te brengen. Dit maakt ten minste een beperkte hoeveelheid virale genexpressie mogelijk om capsiden te vormen, en capsiden of virionen verplaatsen zich langs het axon door anterograde transport om gereactiveerd vrij te komen op de axonale termini om een terugkerende infectie te veroorzaken. Er is discussie over de vraag of het reactiverende neuron overleeft of niet, maar neuronale overleving is waarschijnlijk omgekeerd evenredig met het niveau van gereactiveerde genexpressie en niet een alles-of-niets-effect.