Oprichter Alain Coumont opende Le Pain Quotidien op 26 oktober 1990 in de Dansaertstraat 16 in Brussel. Als jonge chef-kok was Coumont ontevreden over de kwaliteit van het brood dat in Brussel verkrijgbaar was, dus begon hij zijn eigen brood te maken door bloem, water en zout te mengen tot de vertrouwde broden uit zijn kindertijd. Hij richtte de winkel in met kasten uit antiekwinkels en een grote tafel van hout uit de vloeren van Belgische treinen die op een plaatselijke rommelmarkt waren gekocht: de eerste van de gemeenschappelijke tafels van Le Pain Quotidien.
De eerste vestiging in de Verenigde Staten werd in 1997 geopend op Madison Avenue in New York City.
In 2005 ontving de oprichter 50 e-mails per dag van mensen die een franchise wilden bemachtigen.
In 2011 had het bedrijf een public relations incident toen een klant in New York City een muis in haar salade vond.
In 2016 werd Doug Satzman CEO van de Amerikaanse activiteiten en Vincent Herbert werd wereldwijd CEO.
In maart 2018 trad Vincent Herbert af.
In december 2019 verhoogde Cobepa, voor het grootste deel in handen van Spoelberch, zijn belang in het bedrijf van 32% naar 43% en verkocht Norac zijn belang van 25%.
In mei 2020 vroeg het moederbedrijf faillissement aan in België en vroeg de Amerikaanse divisie faillissement aan. Dezelfde maand tekende de moedermaatschappij een overeenkomst met het in New York gevestigde Aurify Brands, dat een overbruggingsfinanciering van 522.000 dollar zal verstrekken om de activiteiten voort te zetten en de overname van alle Amerikaanse eenheden voor 3 miljoen dollar te voltooien. Aurify Brands is van plan om ten minste 35 eenheden te heropenen en 1.000 banen te creëren.