Het basisspel volgt de standaardregels van het verzamelkaartspel (behalve dat je van elke kaart slechts 1 mythic, 2 rares en 3 uncommons mag gebruiken) Magic: The Gathering, voor het eerst uitgebracht in 1993; elke speler heeft een kaartspel dat bestaat uit lands en spells. Lands worden gebruikt om “mana” te genereren, de grondstof die nodig is om spells uit te voeren. Mana is er in vijf kleuren, en kaarten kunnen gekleurde of generieke (mana van elke kleur) nodig hebben om te worden gebruikt. Spells zijn er in vele soorten, van sorceries en instants die een eenmalig effect hebben, tot opgeroepen wezens die kunnen aanvallen en verdedigen tegen tegenstanders. Spelers spelen om beurten landkaarten, gooien spreuken uit en vallen tegenstanders aan totdat het levenstotaal van alle spelers op één na tot 0 is gereduceerd.
Magic Duels: Origins bestaat uit een verhaalstand voor één speler en een online strijdstand. In de verhaalstand doorloopt de speler de ontstaansgeschiedenis van vijf verschillende Planeswalkers, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane, en Liliana Vess. Elke Planeswalker heeft vijf of meer duels met computergestuurde tegenstanders. De speler gebruikt een deck gebaseerd op de gekozen Planeswalker, en als ze elk van de duels voltooien, verbeteren ze dat deck door de vooraf geselecteerde toevoeging van nieuwe kaarten. Deze decks, met alle uitbreidingen die ze hebben vrijgespeeld, zijn ook beschikbaar voor de speler in de battle mode.
Battle mode laat spelers gebruik maken van vooraf gemaakte decks of om decks samen te stellen uit hun collectie kaarten, en spelen tegen computer tegenstanders of online tegenstanders; wedstrijd types omvatten een-op-een wedstrijden met spelers bijgehouden op leaderboards, en Twee-hoofdige Reus (twee-vs-twee). De computertegenstanders in deze speltypen kunnen kiezen uit drie moeilijkheidsgraden, waarbij hogere moeilijkheidsgraden meer beloningen voor de speler opleveren. De decks van de computertegenstanders worden procedureel gegenereerd, waardoor het type decks waarmee de speler te maken krijgt willekeurig is. Door beide speltypen te spelen kunnen spelers in-game geld verdienen waarmee ze nieuwe boosterpacks of specifieke kaarten kunnen kopen om hun kaartbibliotheek uit te breiden; er zijn ook verschillende dagelijkse doelstellingen die spelers kunnen voltooien voor in-game geld, en alle spelers worden beloond voor het helpen bij het voltooien van verschillende gemeenschapsdoelen. Spelers kunnen ook in-game geld kopen met microtransacties, maar dit is niet nodig om toegang te krijgen tot alle kaarten en functies.