Op 1 oktober 1960 werd Nigeria onafhankelijk van Groot-Brittannië. Een geheel Nigeriaanse Uitvoerende Raad werd geleid door een minister-president, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. Op 16 november 1960 werd Nnamdi Azikiwe de eerste gouverneur-generaal van een federatie van drie regio’s in het noorden, oosten en westen, met Lagos als federale hoofdstad. Elk van de regio’s werd geleid door een premier met een gouverneur als ceremonieel hoofd. Op 1 oktober 1963 werd Nigeria een Federale Republiek en verbrak het de banden met de Britse monarchie, maar bleef wel lid van het Gemenebest van Naties. Een wijziging van de grondwet van 1960 verving het ambt van gouverneur-generaal door dat van president. Nnamdi Azikwe werd op 1 oktober 1963 in dat ambt beëdigd. Het ambt was in die tijd voornamelijk ceremonieel, en de belangrijkste taken van de president waren onder meer het ontvangen van buitenlandse hoogwaardigheidsbekleders en het openen van het parlement.
Bij een mislukte staatsgreep in januari 1966 wierp een groep legerofficieren onder leiding van majoor Chukwuma Nzeogwu de centrale en regionale regering omver, vermoordde de premier, Abubakar Tafawa Balewa, en probeerde de regering in handen te krijgen. Nzeogwu werd tegengewerkt, gevangen genomen en gevangen gezet door generaal Johnson Aguiyi-Ironsi. Generaal Aguiyi-Ironsi werd benoemd tot militair staatshoofd.
In juli 1966 kwam een groep noordelijke legerofficieren in opstand tegen de regering, vermoordde generaal Johnson Aguiyi-Ironsi, en benoemde de stafchef van het leger, generaal Yakubu Gowon tot hoofd van de nieuwe militaire regering.
In 1975 werd generaal Yakubu Gowon afgezet en generaal Murtala Mohammed stond aan het hoofd van de Federale Militaire Regering van Nigeria tot hij in 1976 werd vermoord. Na zijn dood nam de chef-staf van het opperbevel (gelijk aan een vice-president) generaal Olusegun Obasanjo de functie van staatshoofd op zich tijdens een vergadering van de Hoge Militaire Raad, waarbij de door Murtala Muhammed ingestelde commandostructuur in stand werd gehouden. Generaal Obasanjo was verantwoordelijk voor de voltooiing van de democratische overgang die door zijn voorganger was ingezet en die in augustus 1979 uitmondde in verkiezingen.
In 1979 nam Nigeria een federale presidentiële grondwet aan. Het presidentschap werd een uitvoerend ambt, met bevoegdheden die vergelijkbaar waren met die van zijn Amerikaanse ambtgenoot. De wetgevende macht werd een uit twee kamers bestaande Nationale Vergadering, bestaande uit een Senaat en een Huis van Afgevaardigden.
In oktober 1979, na meer dan 13 jaar militair bewind, keerde Nigeria terug naar een democratisch bewind. De Nationale Partij van Nigeria zegevierde bij de presidentsverkiezingen en Alhaji Shehu Shagari werd de eerste democratisch gekozen president.
Op 31 december 1983 werd de Tweede Republiek door het leger omvergeworpen. Generaal-majoor Muhammadu Buhari werd voorzitter van de Hoge Militaire Raad (SMC), het nieuwe staatshoofd.
In augustus 1985 werd de regering van generaal Buhari vreedzaam omvergeworpen door de stafchef van het leger, generaal-majoor Ibrahim Babangida. Babangida werd president en voorzitter van de Armed Forces Ruling Council.
In augustus 1993 trad generaal Babangida af en koos een interim-regering om hem te vervangen. Ernest Shonekan werd benoemd tot interim-president. Generaal Sani Abacha nam in november 1993 de macht over van Shonekan en werd president en voorzitter van de Voorlopige Regeringsraad.
Op 8 juni 1998 overleed generaal Abacha in de presidentiële villa in de Nigeriaanse hoofdstad Abuja. Generaal-majoor Abdulsalami Abubakar werd de nieuwe president en voorzitter van de Voorlopige Regeringsraad.
Op 29 mei 1999 trad generaal-majoor Abdulsalami Abubakar af en werd het voormalige militaire staatshoofd, Olusegun Obasanjo, de burgerpresident. Obasanjo diende twee ambtstermijnen.
In mei 2007 werd Alhaji Umaru Yar’Adua beëdigd als president van de Federale Republiek Nigeria, het 13e staatshoofd van Nigeria. Yar’Adua overleed op 5 mei 2010 in de presidentiële villa in Abuja, Nigeria.
Op 6 mei 2010 werd vicepresident Goodluck Jonathan beëdigd als president van de Federale Republiek Nigeria en het 14e staatshoofd.
Op 29 mei 2015 werd Muhammadu Buhari beëdigd als president van de Federale Republiek Nigeria en het 15e staatshoofd na het winnen van de algemene verkiezingen.