San Diego PadresEdit
In 1985 tekende Alomar op 17-jarige leeftijd bij de San Diego Padres, en sloot zich aan bij de Class-A afdeling van de ploeg, de Charleston Rainbows. Het jaar daarop, toen hij voor de Reno Padres speelde, won hij de slagtitel in de California League met een gemiddelde van .346.
Alomar maakte zijn major league debuut op 22 april 1988 tegen de Houston Astros, met een hit in zijn eerste slagbeurt, tegen Nolan Ryan. Bij de Padres vestigde hij zich als een solide slagman en honkloper, en verdedigend toonde hij een uitstekend zijdelings bereik en een krachtige arm, waarmee hij vaak spectaculaire reddingen maakte op grondballen die diep in het gat tussen het eerste en tweede honk werden geslagen, en op ballen die in het midden werden geslagen, ver achter het tweede honk. Hij werd voor het eerst een All-Star in 1990, als reservespeler voor de National League.
Toronto Blue JaysEdit
– Pat Gillick, Hall of Famer en voormalig algemeen manager van de Blue Jays
Op 5 december 1990 werden Alomar en Joe Carter verhandeld aan de Toronto Blue Jays in ruil voor Fred McGriff en Tony Fernández. Het was in Toronto dat hij zich ontwikkelde tot een eersteklas aanvallende tweede honkman, die een slaggemiddelde van meer dan .300 combineerde met power en snelheid op de honken. In 1991 kapitaliseerde hij zijn snelheid met 11 driehonkslagen en 53 gestolen honken, waarmee hij de ploeg naar de eerste van drie opeenvolgende play-offs leidde. Het jaar daarop scoorde hij 105 punten, trok 87 vrije lopen en had een .405 on-base percentage. In 1993 had Alomar zijn beste seizoen bij de Blue Jays met 17 home runs (HR), 93 binnengeslagen punten (RBI) en 55 gestolen honken, terwijl hij .326 sloeg, derde in de American League achter zijn teamgenoten John Olerud en Paul Molitor. Hij was een centrale figuur in Toronto’s World Series kampioenschappen in 1992 en 1993; in Game 6 van de 1992 World Series scoorde hij het serie-winnende punt op Dave Winfield’s twee-punten double in de 11e inning. Alomar’s beslissende homerun in de negende inning tegen aflosser Dennis Eckersley van Oakland, in Game 4 van de 1992 American League Championship Series (ALCS), wordt door velen beschouwd als de belangrijkste slag in de geschiedenis van de club, want de drie voorgaande trips van de ploeg naar de ALCS waren op een teleurstelling uitgelopen; hij werd uitgeroepen tot Most Valuable Player (MVP) van de serie. In 1995 speelde hij 104 opeenvolgende wedstrijden zonder een fout te maken, waarmee hij een AL-record vestigde voor tweede honkmannen. In elk van zijn vijf seizoenen bij de Blue Jays werd Alomar in het All-Star Team opgenomen en won hij de Gold Glove Award.
Baltimore OriolesEdit
Op 21 december 1995 tekende Alomar bij de Baltimore Orioles in een tijd dat Toronto op zoek was naar een wederopbouw, terwijl Baltimore bezig was uit te groeien tot een team dat kon meedoen aan de pennant. In Baltimore vormde hij samen met Hall of Famer Cal Ripken Jr. een formidabele dubbelspelcombinatie. Alomar nam in 1996 en 1997 voor de Orioles deel aan de playoffs en sloeg een serie-winnende homerun in Game 4 van de 1996 American League Division Series (ALDS), hoewel de Orioles beide jaren in de ALCS werden verslagen. In 1998 werd hij uitgeroepen tot Major League Baseball (MLB) All-Star Game MVP.
SpuugincidentEdit
Op 27 september 1996, tijdens een wedstrijd tegen de Blue Jays, raakte Alomar in een verhitte discussie over een afgeroepen derde slag met umpire John Hirschbeck en spuugde in diens gezicht. Hij verdedigde zich door te zeggen dat Hirschbeck een racistische belediging had geuit en dat Hirschbeck verbitterd was omdat een zoon aan ALD was overleden en bij een andere zoon onlangs ook de diagnose was gesteld. Na het horen van deze openlijke onthulling van zijn privé-leven, moest Hirschbeck fysiek in bedwang worden gehouden om Alomar te confronteren in de kleedkamer van de spelers.
Alomar werd geschorst voor de eerste vijf reguliere seizoenswedstrijden in 1997 en doneerde 50.000 dollar aan onderzoek naar ALD. Alomar en Hirschbeck schikten hun geschillen in het openbaar en boden elkaar op 22 april 1997 hun verontschuldigingen aan, staande bij de thuisplaat en elkaar de hand schuddend voor het publiek voorafgaand aan een Orioles-wedstrijd.
Cleveland IndiansEdit
Op 24 november 1998 tekende Alomar een vierjarig contract bij de Cleveland Indians, waarmee hij zich bij zijn All-Star broer, Sandy Jr. Het was in Cleveland dat Alomar twee van zijn beste seizoenen had. In 1999 sloeg hij .323 en zette hij recordscores neer met 24 homeruns, 120 RBI, 138 punten, 99 vrije lopen, een on-base percentage van .422 en een slugging percentage van .533. In 2001 sloeg hij .336/.415/.541, met 20 homeruns, 100 RBI, en 30 steals. Cleveland haalde de play-offs in 1999, maar verloor in de ALDS van de Boston Red Sox; in 2001 haalden ze opnieuw de play-offs, maar verloren van de Seattle Mariners in de ALDS. Alomar werd derde in de AL MVP stemming in 1999 en vierde in 2001.
Op het veld vormde Alomar samen met korte stop Omar Vizquel een andere gedecoreerde middle infield combinatie. In 2000, met Vizquel die slechts drie fouten maakte in het hele seizoen, maakte het hele Cleveland infield 34 fouten, slechts één meer dan het laagste record dat het infield van de New York Mets het jaar daarvoor maakte. Vizquel, Alomar en derde honkman Travis Fryman wonnen dat seizoen elk de Gold Glove Award; het Vizquel-Alomar duo won uiteindelijk drie opeenvolgende Gold Gloves samen, en werd daarmee één van slechts acht shortstop-second baseman duo’s die dit huzarenstukje in hetzelfde jaar hebben volbracht.
Alomar werd voor het seizoen 2002 geruild met de New York Mets, voor werper Billy Traber en buitenvelders Matt Lawton en Alex Escobar.
Vorige jaren
In 2002 sloeg Alomar slechts .266/.331/.376 met 53 RBI en 73 gescoorde punten, terwijl hij defensief op het tweede honk uit elkaar viel. De Mets waren verbaasd over het matige spel van Alomar, dat door sommigen werd toegeschreven aan het feit dat hij zich niet op zijn gemak voelde onder de grotere controle van de New Yorkse fans en media. Maar zelfs een ruil naar de American League, naar de Chicago White Sox in 2003, kon Alomar niet uit zijn dip halen. In 2004 wachtte Alomar nog meer ellende bij de Arizona Diamondbacks, waaronder een twee maanden durende invaliditeitsperiode met een gebroken rechterhand. Op 5 augustus keerde Alomar terug naar de White Sox en sloeg slechts .263/.321/.392 in 56 wedstrijden.
Alomar ging akkoord met een eenjarig contract bij de Tampa Bay Devil Rays voor het seizoen 2005. Echter, op 19 maart 2005, na een voorjaarstraining geplaagd door rug- en zichtproblemen, kondigde hij zijn pensioen aan.