Liczba reprodukcji (R) jest często używana, aby odzwierciedlić jak bardzo choroba jest zakaźna. Będziemy, częściowo, używać tej liczby do oceny alternatywnych interwencji w celu kontroli ogniska choroby, ponieważ R jest zmieniana przez środki kontroli. Podstawowa liczba reprodukcji (R0) jest liczbą reprodukcji, gdy nie ma odporności wynikającej z wcześniejszych ekspozycji lub szczepień, ani żadnej celowej interwencji w przenoszenie choroby. Odnosimy się do R jako efektywnej liczby reprodukcji, gdy istnieje pewna odporność lub zastosowano pewne środki interwencyjne.
Przydatne jest przypomnienie niektórych cech liczby reprodukcji, ponieważ jej interpretacja nie zawsze jest prosta.
Gdy osobniki są homogeniczne i mieszają się równomiernie, R jest zdefiniowane jako średnia liczba infekcji powstałych podczas okresu infekcyjnego pojedynczego infekcyjnego. Jednostki mogą się różnić pod względem liczby infekcji, ze względu na przypadek, ale średnia liczba infekcji wynosi R. Epidemia infekcji SEIR nie może wystąpić, gdy R jest mniejsze niż 1 na początku epidemii, a ustalone ogniska wygasną, jeśli interwencje utrzymają R poniżej 1 lub podatna część populacji została uszczuplona wystarczająco, aby utrzymać R poniżej 1.
Podstawowa liczba reprodukcji może się różnić w różnych miejscach, ponieważ wskaźniki kontaktu między ludźmi mogą się różnić ze względu na różnice w gęstości populacji i różnice kulturowe. Efektywna liczba reprodukcji może się również różnić, ponieważ społeczności w różnych lokalizacjach mogą różnić się poziomem odporności.
Jaką podstawową liczbę reprodukcji powinniśmy stosować w naszej ocenie proponowanych interwencji przeciwko grypie pandemicznej? Może się okazać, że niedawne narażenie na aktualnie krążące szczepy grypy lub szczepienia chroniące przed nimi zapewniają pewną odporność na nowo powstały szczep; patrz Jordan et al. (1958), Spicer i Lawrence (1984), Mills et al. (2004). Następnie, właściwą liczbą reprodukcji, w odniesieniu do której powinniśmy oceniać każdą proponowaną interwencję w naszej społeczności, jest efektywna liczba reprodukcji odpowiadająca populacji w stanie wyjściowym, wraz z jej początkowym poziomem odporności wynikającym z narażenia na szczepy grypy, które krążyły wcześniej, ale przy braku jakichkolwiek zamierzonych interwencji. Dla wygody będziemy odnosić się do tej bazowej liczby reprodukcyjnej jako do podstawowej liczby reprodukcyjnej i oznaczać ją w tym dokumencie jako R0.
Istnieją dwa aspekty przenoszenia chorób zakaźnych, których R nie ujmuje dobrze. Jednym z nich jest tempo przenoszenia w czasie kalendarzowym. Aby to zilustrować, rozważmy dwie infekcje SIR o tym samym R0. Załóżmy, że w jednej z tych infekcji jednostki są wysoce zakaźne w krótkim okresie zakaźności. W przypadku drugiej infekcji osoby są mniej zakaźne, ale przez dłuższy okres zakaźności. Oba te przypadki spowodują taki sam ostateczny wskaźnik ataku, ale pierwsza epidemia wybuchnie szybciej, będzie miała wyższą zapadalność w szczycie epidemii i będzie znacznie krótsza; patrz rozdział 2.4.
Innym aspektem, którego R nie ujmuje dobrze w ogólności jest q, prawdopodobieństwo, że importowana epidemia nabierze rozpędu i stanie się duża, w odróżnieniu od wygasania po zarażeniu stosunkowo niewielkiej liczby osób. Prawdopodobieństwo to ma fundamentalne znaczenie dla kwestii powstrzymywania i opóźniania lokalnej epidemii, dlatego musimy o tym pamiętać oceniając interwencje na podstawie R.