Prezydentura
Przy ponad 15 000 żołnierzy sił pokojowych ONZ w kraju i bezrobociu sięgającym 80 procent, Johnson Sirleaf stanęła przed poważnymi wyzwaniami. Natychmiast podjęła starania o umorzenie długów i pomoc od społeczności międzynarodowej. Do końca 2010 r. cały dług Liberii został umorzony, a Johnson Sirleaf zapewniła miliony dolarów zagranicznych inwestycji w kraju. Ponadto w 2006 r. powołała Komisję Prawdy i Pojednania (TRC), której zadaniem było zbadanie korupcji i zażegnanie napięć etnicznych. Jak na ironię, w 2009 roku Johnson Sirleaf została wymieniona w jednym z raportów TRC, który zalecał zakazanie jej, wraz z kilkoma innymi osobami, pełnienia funkcji wyborczych przez 30 lat za wspieranie walczących frakcji w wojnie domowej. W przypadku Johnson Sirleaf, przez pewien czas popierała ona Taylora na bardzo wczesnym etapie wojny. Zalecenia zawarte w raporcie nie były jednak wiążące, a ona sama została wzmocniona przez powszechną demonstrację poparcia zarówno krajowego, jak i międzynarodowego. Wysiłki zmierzające do wykorzenienia korupcji – istotnego problemu, który Johnson Sirleaf zobowiązała się zlikwidować – objęły utworzenie Komisji Antykorupcyjnej w 2008 r.
Pomimo wcześniejszego zobowiązania do pełnienia tylko jednej kadencji prezydenckiej, w 2010 roku Johnson Sirleaf ogłosiła zamiar startu w wyborach prezydenckich w październiku 2011 roku, stwierdzając, że ma jeszcze wiele do zrobienia. Miesiąc przed wyborami, wybieralność Johnson Sirleaf została jednak zakwestionowana w sądzie przez małą grupę opozycyjną, która wskazała na zapis w konstytucji mówiący, że wszyscy kandydaci na prezydenta muszą mieszkać w Liberii przez 10 lat przed wyborami, którego to wymogu Johnson Sirleaf i kilku innych kandydatów nie spełniło, a który rząd próbował – ale bezskutecznie – zmienić poprzez referendum w sierpniu 2011 roku. Sześć dni przed wyborami Sąd Najwyższy oddalił skargę, stwierdzając, że autorzy konstytucji z 1986 roku nie mogli przewidzieć lat konfliktu, które zmusiły wielu Liberyjczyków do życia poza krajem. Dodatkowe kontrowersje przedwyborcze pojawiły się, gdy Johnson Sirleaf otrzymał Pokojową Nagrodę Nobla na kilka dni przed wyborami. Inni kandydaci skarżyli się, że Komitet Noblowski ingeruje w liberyjską politykę, przyznając nagrodę tak blisko wyborów.
W wyborach 11 października 2011 r. wystartowało ponad tuzin kandydatów. Johnson Sirleaf zdobyła ponad 43% głosów, a Winston Tubman – startujący wraz z Weah jako jego kandydat na wiceprezydenta – uzyskał około 32%. Ponieważ Johnson Sirleaf nie zdobyła więcej niż 50 procent głosów, 8 listopada odbyły się wybory uzupełniające. Nie przebiegły one jednak tak gładko, jak pierwsza tura głosowania. Tubman i partia Kongres na rzecz Zmian Demokratycznych podnieśli zarzuty o nieprawidłowości w głosowaniu w pierwszej turze. Chociaż zarzuty te zostały powszechnie odrzucone jako bezpodstawne, to jednak położyły się one cieniem na drugiej turze głosowania, ponieważ Tubman ogłosił, że wycofuje się z wyścigu i wezwał wyborców do bojkotu wyborów. Chociaż Johnson Sirleaf została wybrana ponownie z nieco ponad 90 procentami głosów, jej zwycięstwo zostało przyćmione przez wycofanie się Tubmana i niską frekwencję, która była o połowę niższa niż w pierwszej turze.
Aczkolwiek administracja Johnson Sirleaf podjęła wysiłki w celu ograniczenia korupcji, nadal stanowiła ona problem podczas jej drugiej kadencji. Oskarżenia o nepotyzm również uderzyły w administrację, a sama Johnson Sirleaf znalazła się pod ostrzałem w 2012 roku, ponieważ niektóre z jej dzieci zajmowały wysokie stanowiska w rządzie lub przedsiębiorstwach państwowych. Postęp gospodarczy trwał podczas drugiej kadencji Johnson Sirleaf do czasu, gdy w 2014 roku kraj nawiedziła wyniszczająca choroba wirusowa Ebola. W ciągu następnych dwóch lat choroba zabiła ponad 4800 Liberyjczyków, sparaliżowała gospodarkę kraju i wymazała wiele z ciężko wywalczonych zdobyczy powojennej dekady.
Podczas gdy kraj próbował otrząsnąć się z Eboli, Johnson Sirleaf, konstytucyjnie ograniczona do dwóch kadencji jako prezydent, przygotowywała się do ustąpienia po wyborach prezydenckich w 2017 roku. Jej kolega z poprzednich wyborów i obecny wiceprezydent Liberii, Joseph Boakai, został kandydatem na prezydenta z ramienia jej partii politycznej, Partii Jedności (UP). Po pierwszej turze głosowania została jednak oskarżona przez UP o wspieranie innego kandydata na prezydenta: jej poprzedniego przeciwnika, George’a Weaha. Choć stanowczo zaprzeczała oskarżeniom, zarzuty nie ustały i w styczniu 2018 roku UP wydaliła ją z partii. Jeszcze w tym samym miesiącu, 22 stycznia, ustąpiła ze stanowiska prezydenta Liberii, przekazując władzę Weahowi, który okazał się zwycięzcą drugiej tury głosowania. Było to pierwsze przekazanie władzy między demokratycznie wybranymi przywódcami w Liberii od 1944 r.
W uznaniu przywództwa Johnson Sirleaf w Liberii podczas trudnego okresu przejściowego po wyniszczających kraj latach konfliktu oraz za pozytywne zmiany, które zaszły w Liberii pod jej administracją, w lutym 2018 r. otrzymała nagrodę Ibrahima 2017 za osiągnięcia w afrykańskim przywództwie. Nagroda zapewniła 5 mln dolarów, wypłacanych przez 10 lat, a następnie coroczne stypendium w wysokości 200 tys. dolarów do końca życia Johnson Sirleaf. Przyniosła również możliwość przyznawania przez fundację 200 000 dolarów rocznie w ciągu 10 lat na cele charytatywne wspierane przez Johnson Sirleaf.