Kiedy ukończył Dartmouth, Just stanął w obliczu tych samych problemów, z którymi borykali się wszyscy czarni absolwenci college’ów w jego czasach: bez względu na to, jak błyskotliwi byli i jak wysokie mieli oceny, dla czarnych było prawie niemożliwe, by zostać członkami wydziałów w białych college’ach czy uniwersytetach. Just podjął więc najlepszą możliwą decyzję i przyjął posadę wykładowcy na historycznie czarnym Uniwersytecie Howarda w Waszyngtonie. W 1907 r. Just zaczął uczyć retoryki i języka angielskiego, dziedzin nieco odległych od jego specjalności. Do 1909 r. uczył jednak nie tylko angielskiego, ale także biologii. W 1910 r. prezydent Howarda, Wilbur P. Thirkield, powierzył mu kierownictwo nowo utworzonego wydziału biologii, a w 1912 r. został kierownikiem nowego wydziału zoologii, które to stanowisko piastował aż do śmierci w 1941 r. Niedługo po rozpoczęciu pracy w Howardzie, Just został przedstawiony Frankowi R. Lillie, kierownikowi Katedry Zoologii na Uniwersytecie w Chicago. Lillie, który był również dyrektorem Morskiego Laboratorium Biologicznego (MBL) w Woods Hole, Massachusetts, zaprosił Justa do spędzenia lata 1909 roku jako swojego asystenta badawczego w MBL. W tym czasie i później, eksperymenty Justa koncentrowały się głównie na jajach morskich bezkręgowców. Badał reakcję zapłodnienia i zwyczaje rozrodcze takich gatunków, jak Platynereis megalops, Nereis limbata i Arbacia punctulata. Przez następne 20 lub tak lat, Just spędził każde lato, ale jeden w MBL.
Podczas MBL, Just nauczył się obsługiwać morskich jaj bezkręgowców i embrionów z umiejętności i zrozumienia, a wkrótce jego doświadczenie było bardzo potrzebne zarówno przez młodszych i starszych naukowców. W 1915 roku Just wziął urlop od Howarda, aby zapisać się na zaawansowany program akademicki na Uniwersytecie w Chicago. W tym samym roku Just, który zyskiwał ogólnokrajową reputację wybitnego młodego naukowca, został pierwszym laureatem Medalu Spingarn przyznawanego przez NAACP, który otrzymał 12 lutego 1915 roku. Medal ten był wyrazem uznania dla jego osiągnięć naukowych i jego „największej służby dla swojej rasy”. Swoje studia rozpoczął od kursów w MBL: w 1909 i 1910 r. odbył tam kursy z zoologii bezkręgowców i embriologii. Naukę kontynuował w ramach rezydentury na Uniwersytecie w Chicago. Obowiązki w Howardzie opóźniły ukończenie studiów i uzyskanie stopnia doktora. Jednak w czerwcu 1916 roku Just otrzymał tytuł doktora zoologii, z pracą na temat mechaniki zapłodnienia. Tym samym Just stał się jednym z zaledwie kilku czarnoskórych, którzy uzyskali stopień doktora na dużym uniwersytecie. Do czasu uzyskania doktoratu w Chicago opublikował już kilka artykułów naukowych, zarówno jako samodzielny autor, jak i współautor z Lillie. W czasie swojej pracy w Woods Hole, Just przeszedł drogę od praktykanta do naukowca cieszącego się międzynarodowym uznaniem. Uważny i skrupulatny eksperymentator, był uważany za „geniusza w projektowaniu eksperymentów”. Badał inne dziedziny, w tym: eksperymentalną partenogenezę, podziały komórkowe, hydratację, odwodnienie w komórkach, rakotwórcze promieniowanie UV na komórki i fizjologię rozwoju.
Just stał się jednak sfrustrowany, ponieważ nie mógł uzyskać nominacji na dużym amerykańskim uniwersytecie. Pragnął posady, która zapewniłaby mu stały dochód i pozwoliła poświęcić więcej czasu na badania. Kariera naukowa Justa wiązała się z nieustanną walką o możliwość prowadzenia badań, które były „oddechem jego życia”. Był skazany przez rasę na pozostanie przywiązanym do Howarda, instytucji, która nie mogła dać pełnej szansy ambicjom takim jak te, które miał Just. W 1929 r. Just wyjechał do Neapolu we Włoszech, gdzie prowadził eksperymenty w prestiżowej stacji zoologicznej „Anton Dohrn”. Następnie, w 1930 r., jako pierwszy Amerykanin został zaproszony do Kaiser Wilhelm Institute w Berlinie-Dahlem w Niemczech, gdzie badania prowadziło kilku laureatów Nagrody Nobla. W sumie, od swojej pierwszej podróży w 1929 r. do ostatniej w 1938 r., Just odbył dziesięć lub więcej wizyt w Europie w celu prowadzenia badań. To właśnie w tym czasie Just był współautorem pracy badawczej z kilkoma innymi naukowcami, zatytułowanej „Cytologia ogólna”, którą naukowcy potraktowali go jak celebrytę i zachęcili do rozszerzenia jego teorii na temat ektoplazmy na inne gatunki. Justowi podobała się praca w Europie, ponieważ nie spotykał się tam z tak dużą dyskryminacją jak w USA, a kiedy spotykał się z rasizmem, to niezmiennie pochodził on od Amerykanów. W 1933 roku, kiedy naziści zaczęli przejmować kontrolę nad krajem, Just zaprzestał pracy w Niemczech. Później przeniósł swoje europejskie badania do Paryża i do laboratorium morskiego we francuskiej wiosce rybackiej Roscoff, położonej nad kanałem La Manche.
Just był autorem dwóch książek: Basic Methods for Experiments on Eggs of Marine Animals (1939) i The Biology of the Cell Surface (1939), a także opublikował co najmniej siedemdziesiąt prac z dziedziny cytologii, zapłodnienia i wczesnego rozwoju embrionalnego. Odkrył to, co znane jest jako szybki blok polispermii; dalej wyjaśnił wolny blok, który został odkryty przez Fola w latach siedemdziesiątych XIX wieku; wykazał też, że właściwości adhezyjne komórek wczesnego zarodka są zjawiskiem powierzchniowym, ściśle zależnym od stadium rozwojowego. Uważał, że warunki przeprowadzania doświadczeń w laboratorium powinny ściśle odpowiadać warunkom występującym w przyrodzie; w tym sensie można go uznać za wczesnego ekologicznego biologa rozwojowego. Jego prace nad eksperymentalną partenogenezą przyczyniły się do powstania koncepcji „autoindukcji” Johannesa Holtfretera, która z kolei wywarła duży wpływ na współczesną biologię ewolucyjną i rozwojową. Jego badania nad ruchem wody do i z żywych komórek jajowych (przy jednoczesnym zachowaniu ich pełnego potencjału rozwojowego) dały wgląd w wewnętrzną strukturę komórkową, która obecnie jest pełniej wyjaśniana przy użyciu potężnych narzędzi biofizycznych i metod obliczeniowych. Eksperymenty te zapowiadały nieinwazyjne obrazowanie żywych komórek, które jest obecnie rozwijane. Chociaż eksperymentalna praca Justa wykazała ważną rolę powierzchni komórki i warstwy znajdującej się pod nią, „ektoplazmy”, w rozwoju, była ona w dużej mierze i niestety ignorowana. Było to prawdą nawet w odniesieniu do naukowców, którzy w swoich pracach kładli nacisk na powierzchnię komórki. To było szczególnie prawdziwe w odniesieniu do Amerykanów; z Europejczykami, on radził sobie nieco lepiej.
.