Wczesne lata odbudowy.
Gdy w grudniu 1640 r. Fryderyk Wilhelm, zupełnie niedoświadczony w polityce, zastąpił swojego ojca na stanowisku elektora, objął władzę nad spustoszonym krajem, okupowanym przez obce wojska. Pod rządami potężnego faworyta jego ojca, grafa Adama von Schwarzenberga, Brandenburgia przeszła ze strony Szwedów na stronę Habsburgów i tym samym została wciągnięta w walkę po obu stronach. Rezydując do 1643 r. nie w Brandenburgii, sercu swego królestwa, lecz w Królewcu (obecnie Kaliningrad, Rosja), stolicy odległego księstwa pruskiego, elektor początkowo prowadził politykę ostrożnej neutralności, aby uniknąć nacisków rywalizujących ze sobą mocarstw. Wypuścił wojska brandenburskie w służbę cesarza Habsburgów i zawarł rozejm ze Szwecją.
Wkrótce jednak uznał, że bez armii nigdy nie będzie mógł zostać panem we własnym domu. W 1644 r., na początku negocjacji w sprawie zakończenia wojny trzydziestoletniej, zaczął już organizować własne siły zbrojne. Chociaż jego armia była niewielka, Brandenburgia nie mogła jej utrzymać bez pozyskania środków z księstwa Cleves na zachodzie i z księstwa pruskiego. Po raz pierwszy terytoria brandenburskie, połączone jedynie wiernością osobie elektora, zostały połączone dla celów politycznych. Stała armia była pierwszą instytucją wykorzystywaną przez coraz bardziej absolutystycznych władców Brandenburgii do walki z przywilejami posiadłości poszczególnych terytoriów. Nigdy nie została całkowicie rozwiązana i stała się trzonem XVIII-wiecznej armii pruskiej.
Armia ta nie była wystarczająco duża, aby Fryderyk Wilhelm mógł prowadzić niezależną politykę zagraniczną. Co więcej, jego małżeństwo w 1646 roku z Ludwiką Henriettą Orańską nie przyniosło spodziewanego poparcia Holandii. Bez poparcia zaprzyjaźnionych wielkich mocarstw na kongresie pokojowym w Westfalii w 1648 r. nie osiągnął celu, jakim było zdobycie całego Pomorza, z ujściem Odry i ważnym portem Stettin (od 1945 r. Szczecin). Musiał zadowolić się Pomorzem Wschodnim, sekularyzowanymi diecezjami Minden i Halberstadt oraz obietnicą arcybiskupstwa w Magdeburgu, które jednak stanowiły ważne ogniwo łączące go z jego zachodnimi posiadłościami niemieckimi.
Po siedmiu latach pokojowej odbudowy Fryderyk Wilhelm wystawił swoje zdolności polityczne i wojskowe na ciężką próbę wraz z wybuchem pierwszej wojny północnej (1655-60). Najeżdżając Polskę, król Szwecji Karol X Gustaw dążył do rozszerzenia swoich wpływów na Bałtyku, które Szwecja uzyskała na mocy pokoju westfalskiego. Fryderyk Wilhelm, jako książę pruski, był zobowiązany do lojalności wobec polskiego króla, ale gdy Szwecja zaproponowała mu sojusz w zamian za kontrolę nad portami wschodniopruskimi, elektor wybrał zbrojną neutralność. Gdy Karol Gustaw szybko opanował Polskę i ruszył na Prusy Wschodnie, Fryderyk Wilhelm musiał zamienić zwierzchnictwo Polski na zwierzchnictwo Szwecji i udzielić Karolowi Gustawowi zbrojnego wsparcia. W trzydniowej bitwie warszawskiej w lipcu 1656 r. niesprawdzona armia brandenburska pod dowództwem elektora przeszła próbę ognia. Aby utrzymać elektora po swojej stronie, król szwedzki przyznał mu pełne zwierzchnictwo nad Księstwem Pruskim. Nie przeszkodziło to Fryderykowi Wilhelmowi, gdy pozycja militarna Szwecji uległa pogorszeniu, w podjęciu negocjacji z Polską, która zrzekła się zwierzchnictwa nad Prusami Wschodnimi. Wraz z nowymi sojusznikami, Polską i cesarzem Habsburgów, elektor wyparł Szwedów z Pomorza Zachodniego. Interwencja francuska zmusiła jednak Fryderyka Wilhelma do ponownej rezygnacji z pomorskich podbojów. Zrzeczenie to, ratyfikowane w 1660 r. w Oliwie, zostało zrównoważone potwierdzeniem pełnej suwerenności elektora nad Księstwem Pruskim.
Skuteczność elektora w osiąganiu celów wynikała nie tylko z łatwości, z jaką zmieniał strony, lecz także z sukcesów w zmuszaniu posiadłości prowincjonalnych do wspierania stałej armii niezależnie od podatków diecezji. W drugiej połowie swego panowania całkowicie pozbawił włościan kontroli nad podatkami i finansami, kładąc w ten sposób podwaliny pod potężną biurokrację późniejszego pruskiego absolutyzmu, z jego stałą armią, stałymi podatkami i urzędniczą władzą zależną tylko od suwerena.