W międzyczasie, My’shell Lemair, obwiniając się za sytuację Charlotte, postanowiła zbadać tropy na starych kontach Asasynów, co doprowadziło ją do odkrycia, że były one potajemnie wykorzystywane przez trzecią frakcję. Berg również zbadał te konta i przesłuchał ją, zanim wpadł w zasadzkę komórki Instrumentu dowodzonej przez Jasdipa. Poważnie ranny, My’shell zabrał Berga do londyńskiej kryjówki, gdzie Asasyni ponownie się zebrali. Niechętnie, komórka Asasynów i Berg zdecydowali się połączyć siły, aby powstrzymać nową frakcję, która przeniknęła do obu ich zakonów.
Charlotte poszła przeżyć wspomnienia Ignacio Cardony, odkrywając, że współdziałał on z byłym Czarnym Krzyżem Albertem Boldenem. Po tym, jak Charlotte nie była w stanie kontynuować z powodu zmęczenia spowodowanego przez Animusa, Berg ożywił wspomnienia Alberta Boldena, wykorzystując DNA jego potomka, André Boldena. W końcu odkryli, że artefakt został pochowany w gruzach opuszczonego kościoła w Hiszpanii. Tymczasem Instruments porwali laboratorium Projektu Feniks należące do Abstergo dla własnych celów.
Zabójcy i Berg wyruszyli do Hiszpanii, gdzie Arend i Kiyoshi napotkali początkowy opór ze strony dwóch starszych obrońców miejsca wyznaczonego przez Cardonę i Boldena, zanim zostali schwytani przez zespół Instrumentów Jasdipa Dhami. Jak Charlotte odkrył Koh-i-Noor, ona nieświadomie aktywowany artefakt i stworzył wybuch światła. Dhami udało się obezwładnić Charlotte w środku eksplozji światła i, po wezwaniu ataku moździerzowego, uciekł z artefaktem. Wkrótce potem, londyńska kryjówka Asasynów została zaatakowana przez Instrumenty, choć My’shell udało się uciec z Guernicą, choć ostatecznie zostawiła go za sobą ciężko rannego.
W międzyczasie, Instrumenty zmusiły szefa Projektu Feniks w Abstergo, Álvaro Gramática, do stworzenia nowego ciała dla Juno, używając Całunu Edenu i DNA pobranego od syna Desmonda, Elijaha, w laboratorium gdzieś w Australii. Gdy nowe ciało Juno było kompletne i odrodziła się, Asasyni i Berg przypuścili szturm na placówkę, podczas gdy Elijah zbuntował się przeciwko swoim porywaczom z Instrumentów. Asasyni zabili wiele instrumentów, w tym Dhami, podczas gdy Galina wspięła się do laboratorium Gramática.
Jak Galina i Elijah dotarli do laboratorium, Elijah ukradł Koh-i-Noor i dotknął go obok Galiny, używając jego mocy, by odeprzeć instrumenty. Galina następnie użył go do stworzenia iluzji Consus odwrócić uwagę Juno, a ona następnie zabił Isu z jej Hidden Blade. Choć Charlotte wciąż była w środku, Berg uruchomił bardzo niszczycielski granat wewnątrz obiektu, gdy on i Galina, Arend i Kiyoshi uciekli, zabijając ją mimo protestu Asasynów. Elijah jednak uciekł z Koh-i-Noor.
Szukanie laski Hermesa Trismegistusa
Pod koniec października 2017 r, William Miles uratował nieuczciwą agentkę Abstergo o imieniu Layla Hassan, która otrzymała od Simona Hathawaya zadanie odzyskania sarkofagu Bayeka z Siwy, założyciela Ukrytych, w Depresji Qattara w Egipcie. Po tym, jak postanowiła na własną rękę zbadać wspomnienia Bayeka za pomocą przenośnego Animusa, zamiast przynieść sarkofag do Abstergo, firma bezskutecznie wysłała agentów, którzy chcieli ją zabić. William w końcu ją odnalazł i zaoferował jej możliwość pracy nad projektem Animusa Asasynów, którą niechętnie przyjęła.
W ciągu następnego roku, niechęć Layli do dołączenia do Bractwa ustąpiła i stała się cenionym członkiem Asasynów, zyskując nawet przywództwo nad własną komórką. Pod koniec 2018 roku Layla znalazła dowody, które wskazywały na lokalizację złamanej Włóczni Leonidasa i zebrała zespół składający się z byłej pracownicy Abstergo, Victorii Bibeau, Kiyoshi Takakury i Alannah Ryan, aby ją odzyskać. Wykorzystując próbkę DNA artefaktu, zaczęła badać genetyczne wspomnienia Kassandry w Animusie w bezpiecznym domu w Londynie, mając nadzieję na znalezienie wskazówek prowadzących do Sztabu Hermesa Trismegistusa.
W końcu, dzięki wspomnieniom Kassandry, komórka odkryła lokalizację zatopionego miasta Atlantydy i sposób na reaktywację Bramy do Zaginionego Miasta, która służyła jako jego wejście. Po dokonaniu tego, Layla spotkała się z Kassandrą, która dzięki mocy Sztabu przeżyła ponad dwa tysiąclecia. Przekazała ona artefakt Layli, powierzając jej odpowiedzialność za przywrócenie światu równowagi między porządkiem a chaosem. Przed przekazaniem Sztabu, Kassandra złożyła Layli obietnicę, że po osiągnięciu swoich celów zniszczy wszystkie Kawałki Edenu, zanim nieśmiertelność Kassandry zaniknie i ona sama odejdzie.
Layla postanowiła zgłębić więcej wspomnień Kassandry, przez co bezpośrednio skontaktowała się z nią Isu Aletheia, od której dowiedziała się, że Layla została przeznaczona na „Dziedziczkę Wspomnień” i miała nauczyć się, jak używać Sztabu i walczyć z jego zepsuciem. Dzięki swoim doświadczeniom w Animusie, Layla odkryła, jak dotrzeć dalej w głąb Bramy. Gdy już tam dotarła, dołączyła do niej Victoria i obie zostały w końcu odkryte przez Zespół Sigma Abstergo, który został szybko wyeliminowany przez Laylę.
Poprzez wspomnienia Kassandry, Layla doświadczyła kilku symulacji cywilizacji Isu stworzonych przez Aletheię z zamiarem nauczenia się, jak opanować moc Sztabu. Podczas tych sesji Animusa, Victoria błagała Laylę, by przestała, by zapobiec przejęciu władzy przez Efekt Krwawienia. W chwili szału wywołanego przez Sztab, Layla przypadkowo zabiła swoją przyjaciółkę. Kontynuowała badania nad symulacjami, w końcu ucząc się wszystkiego, co Aletheia miała do nauczenia. W tym momencie, Layla została skonfrontowana z Otso Bergiem, który został kaleką podczas walki. Layla następnie wezwała Altaïr II do odbioru.
Nowe operacje
W 2019 roku Gavin Banks i My’shell Lemair odkryli, że Abstergo planowało wypuścić nowy cyfrowy program o nazwie Project Lighthouse, za pomocą którego mogliby wpływać na ciemną sieć, dzięki czemu mogliby kontrolować nielegalne praktyki, takie jak handel bronią i inne formy handlu. Mając nadzieję na powstrzymanie programu, odkryli, że kod awaryjny programu był powiązany z podrobioną monetą z Wielkiej Recesji z 1696 roku, która znalazła się w posiadaniu zabójcy Omara Khaleda. Gavin zlokalizował w Londynie potomkinię Khaleda, Aliyah Khan, i przekonał ją, by pomogła Asasynom w zamian za sfinansowanie jej studiów poprzez przekazanie jej pieniędzy, które ukradł jej były partner biznesowy Aliyah, Jarrod Eubanks.
Aliyah zbadała wspomnienia Omara w Animusie, a Gavin i My’shell powoli ujawnili jej szczegóły dotyczące Abstergo i ich planów. W końcu, zostali zmuszeni do zatrzymania się i ucieczki po tym, jak wykryli Templariuszy w ich pobliżu. Pozostawiając Animusa za sobą, uniknęli Templariuszy i przenieśli się do Londyńskiego Zoo. Aby zdobyć dostęp do kolejnego Animusa, postanawiają przebrać się za sprzątaczki i infiltrują londyńskie biuro ExploreDNA, filii Abstergo, która bada ludzkie DNA. Korzystając z Animusa VR, Aliyah kontynuuje odkrywanie wspomnień swojego przodka, aż odkrywa napis na jego podrobionym kluczu: „Je maintaindrai”.
My’shell w międzyczasie odkrywa, że pieniędzmi Eubanksa zajmowała się osobiście prezes Abstergo Financial, Agneta Reider, a ojciec Aliyah, Fahad Khan, o którym sądziła, że nie żyje od dziesięciu lat, był jej pracownikiem. Fahad Khan szturmuje budynek ExploreDNA i udaje mu się schwytać Gavina. Z pomocą ExploreDNA AI, opartej na Shaun Hastings, zlokalizowali Agnetę Reider i ukradli jej zegarek, który wymienili na namiary na Gavina w Newton Analytica w Cambridge. Podczas późniejszej konfrontacji, Aliyah została zmuszona do zabicia swojego ojca za pomocą Ukrytego Ostrza. Gavin zaprosił ją do Bractwa, choć ta początkowo odmówiła. Po usłyszeniu wiadomości, że Jarrod Eubanks został aresztowany na podstawie działań nieuczciwej grupy, która obiecała pociągnąć za sobą innych złodziei, takich jak on, przyjęła zaproszenie i dołączyła do Asasynów.
Tego samego roku, Kiyoshi Takakura został wysłany do projektu, który Abstergo prowadziło w Yokohamie z udziałem obiektu Animusa – którym była, nieznana Asasynom, Lisa Yang, potomkini Shao Jun. Poza kliniką Abstergo, Kiyoshi podsłuchał rozmowę pomiędzy lekarzem Abstergo a dziewczyną. Później poinformował kolegę Asasynów o swoich obawach, że dziewczyna jest w śmiertelnym niebezpieczeństwie z powodu nadmiernej ekspozycji na Animusa, i że nie był pewien, czyje wspomnienia przeżywała w Animusie.