Założyciel Alain Coumont otworzył Le Pain Quotidien 26 października 1990 roku przy 16 rue Dansaert w Brukseli. Jako młody kucharz, Coumont był niezadowolony z jakości chleba dostępnego w Brukseli, więc zaczął robić własne, mieszając mąkę, wodę i sól, aby uzyskać znane bochenki z dzieciństwa. Wyposażył sklep w szafki wyszperane w antykwariatach i duży stół wykonany z drewna odzyskanego z podłóg emerytowanych belgijskich pociągów, zakupiony na lokalnym pchlim targu: pierwszy ze wspólnych stołów Le Pain Quotidien.
Pierwsza lokalizacja w Stanach Zjednoczonych została otwarta na Madison Avenue w Nowym Jorku w 1997 r.
Do 2005 r. założyciel otrzymywał 50 e-maili dziennie od osób chcących uzyskać franczyzę.
W 2011 roku firma miała incydent public relations, gdy klient w Nowym Jorku znalazł mysz w swojej sałatce.
W 2016 roku Doug Satzman został dyrektorem generalnym operacji w USA, a Vincent Herbert został globalnym dyrektorem generalnym.
W marcu 2018 roku Vincent Herbert złożył rezygnację.
W grudniu 2019 roku Cobepa, której większościowym właścicielem jest Spoelberch, zwiększyła swoje udziały w firmie z 32% do 43%, a Norac sprzedał swoje 25% udziałów.
W maju 2020 roku spółka dominująca złożyła wniosek o upadłość w Belgii, a oddział w Stanach Zjednoczonych złożył wniosek o upadłość. W tym samym miesiącu spółka dominująca podpisała umowę z Aurify Brands z siedzibą w Nowym Jorku, która zapewni finansowanie pomostowe w wysokości 522 000 USD w celu kontynuowania działalności i ostatecznego przejęcia wszystkich amerykańskich jednostek za 3 mln USD. Aurify Brands planował ponownie otworzyć co najmniej 35 jednostek i stworzyć 1000 miejsc pracy.