Gra podstawowa podąża za standardowymi zasadami kolekcjonerskiej gry karcianej (z wyjątkiem tego, że możesz użyć tylko 1 mythic, 2 rares, i 3 uncommons dowolnej karty) Magic: The Gathering, wydanej po raz pierwszy w 1993 roku; każdy gracz ma talię kart składającą się z lądów i czarów. Krainy są używane do generowania „many”, zasobu potrzebnego do rzucania czarów. Mana występuje w pięciu kolorach, a karty mogą wymagać kolorowej lub ogólnej (mana dowolnego koloru) do rzucania zaklęć. Zaklęcia są dostępne w wielu odmianach, od czarowników i instantów, które mają jednorazowe efekty, do przywołanych stworzeń, które mogą atakować i bronić się przed przeciwnikami. Gracze na przemian zagrywają karty terenu, rzucają zaklęcia i atakują przeciwników, aż do momentu, gdy suma życia wszystkich graczy oprócz jednego zostanie zredukowana do 0.
Magic Duels: Origins opiera się na trybie fabularnym dla jednego gracza oraz trybie bitwy online. W trybie fabularnym gracz przechodzi przez historię pochodzenia pięciu różnych Planeswalkerów, Chandry Nalaar, Jace’a Belerena, Gideona Jury, Nissy Revane i Liliany Vess. Każdy Planeswalker ma pięć lub więcej pojedynków z przeciwnikami sterowanymi przez komputer. Gracz używa talii opartej na wybranym Planeswalkerze, a po zakończeniu każdego z pojedynków ulepsza ją poprzez dodawanie nowych kart. Te talie, z jakimikolwiek ulepszeniami, które zostały odblokowane, są również dostępne dla gracza w trybie bitwy.
Tryb bitwy pozwala graczom używać gotowych talii lub konstruować talie z ich kolekcji kart, i grać przeciwko komputerowym przeciwnikom lub przeciwnikom online; typy meczów obejmują pojedynki jeden na jednego z graczami śledzonymi na tablicach liderów, oraz Dwugłowy Gigant (dwa-dwa). Przeciwnicy komputerowi w tych trybach mogą być wybierani spośród trzech poziomów trudności, przy czym wyższe poziomy trudności dają graczowi więcej nagród. Talie przeciwników komputerowych będą generowane proceduralnie, skutecznie randomizując rodzaj talii, z którymi przyjdzie się zmierzyć graczowi. Grając w każdym z trybów, gracz może zarobić pieniądze w grze, które mogą być użyte do zakupu nowych boosterów lub konkretnych kart, aby rozszerzyć swoją bibliotekę kart; istnieją również różne codzienne cele dla graczy, które można wykonać za pieniądze w grze, a wszyscy gracze są nagradzani za pomoc w realizacji różnych celów społeczności. Gracze mogą również kupować pieniądze w grze za pomocą mikrotransakcji, ale nie jest to wymagane, aby uzyskać dostęp do wszystkich kart i funkcji.