Milligan College położony jest w Carter County we wschodnim Tennessee. Jego początki sięgają Buffalo Male and Female Institute (1866) wyczarterowanego przez małą kongregację chrześcijańską (Disciples of Christ). W 1882 roku Josephus Hopwood przekształcił go w college, nazwany tak na cześć szanowanego profesora Uniwersytetu Kentucky. Hopwood, dominująca osobowość we wczesnej historii college’u, służył jako prezydent do 1903 roku i ukuł jego trwałe motto, „Christian Education-the Hope of the World.”
Nowa era rozpoczęła się w 1917 roku. Nowy prezydent, Henry J. Derthick, ukochany „pasterz do wzgórz”, ukończył cztery główne budynki, które przetrwały II wojnę światową, kiedy to college przekształcił wszystkie swoje obiekty w program Marynarki Wojennej V-12 i stworzył konkurencyjny liberal arts college, aby służyć młodzieży z pobliskich gór. Tymczasowy powojenny boom zbyt szybko doprowadził do bliskiej katastrofy. Skandal w biurze prezydenta, poważne rezygnacje wydziału, zbyt kosztowny program sportowy i gwałtowny spadek liczby studentów (do poniżej 300) doprowadziły do bankructwa i utraty akredytacji regionalnej.
Nowoczesna era rozpoczęła się w mrocznych dniach 1950 roku. Dean E. Walker przybył z Butler University jako nowy prezydent. Wyrównał Milligan z konserwatywną i niezależną frakcją (Kościoły Chrześcijańskie i Kościoły Chrystusa) w ramach ruchu Disciples. To pomogło wygrać zwiększone wsparcie finansowe od życzliwych osób i kongregacji. Mniej regionalne i rosnące ciało studenckie (866 w 1995-96) w coraz większym stopniu reprezentowało tę wspólnotę. Milligan, z rosnącą stabilnością finansową i znacznie rozbudowanym kampusem, odzyskał regionalną akredytację w 1960 roku.
W roku akademickim 2000-2001, ponad 900 studentów było zapisanych na Milligan. College oferował dwadzieścia dziewięć kierunków. Donald R. Jeanes, absolwent college’u, został czternastym prezydentem instytucji w 1997 roku.