1 października 1960 r. Nigeria uzyskała niepodległość od Wielkiej Brytanii. Na czele ogólnonigeryjskiej Rady Wykonawczej stanął premier, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. 16 listopada 1960 r. Nnamdi Azikiwe został pierwszym gubernatorem generalnym federacji trzech regionów: północnego, wschodniego i zachodniego, ze stolicą federalną w Lagos. Na czele każdego z regionów stał premier, a gubernator pełnił funkcję głowy ceremonialnej. 1 października 1963 r. Nigeria stała się Republiką Federalną i zerwała wszelkie więzi z monarchią brytyjską, ale pozostała członkiem Wspólnoty Narodów. Poprawka do Konstytucji Niepodległości z 1960 roku zastąpiła urząd gubernatora generalnego urzędem prezydenta. Nnamdi Azikwe został zaprzysiężony na ten urząd 1 października 1963 roku. Urząd ten miał wówczas charakter głównie ceremonialny, a główne obowiązki prezydenta dotyczyły takich spraw jak przyjmowanie zagranicznych dygnitarzy i otwieranie Parlamentu.
W styczniu 1966 roku, w nieudanym zamachu stanu, grupa oficerów armii, kierowana przez majora Chukwuma Nzeogwu, obaliła rząd centralny i regionalny, zabiła premiera Abubakara Tafawę Balewę i próbowała przejąć kontrolę nad rządem. Nzeogwu został odparty, schwytany i uwięziony przez generała Johnsona Aguiyi-Ironsi. Generał Aguiyi-Ironsi został mianowany wojskowym szefem państwa.
W lipcu 1966 roku grupa oficerów armii północnej zbuntowała się przeciwko rządowi, zabiła generała Johnsona Aguiyi-Ironsi i mianowała szefa sztabu armii, generała Yakubu Gowona szefem nowego rządu wojskowego.
W 1975 roku generał Yakubu Gowon został zdymisjonowany i generał Murtala Mohammed był szefem Federalnego Rządu Wojskowego Nigerii aż do jego zabójstwa w 1976 roku. Po jego śmierci, szef sztabu Naczelnego Dowództwa (odpowiednik wiceprezydenta) generał Olusegun Obasanjo objął urząd głowy państwa na posiedzeniu Najwyższej Rady Wojskowej, zachowując łańcuch dowodzenia ustanowiony przez Murtalę Muhammeda. Gen. Obasanjo był odpowiedzialny za dokończenie demokratycznych przemian rozpoczętych przez jego poprzednika, które zakończyły się wyborami w sierpniu 1979 r.
W 1979 r. Nigeria przyjęła federalną konstytucję prezydencką. Prezydentura stała się stanowiskiem wykonawczym, z uprawnieniami podobnymi do tych, które ma jego amerykański odpowiednik. Władzę ustawodawczą stanowiło dwuizbowe Zgromadzenie Narodowe, składające się z Senatu i Izby Reprezentantów.
W październiku 1979 roku, po ponad 13 latach rządów wojskowych, Nigeria powróciła do rządów demokratycznych. W wyborach prezydenckich zwyciężyła Narodowa Partia Nigerii, a pierwszym demokratycznie wybranym prezydentem został Alhaji Shehu Shagari.
31 grudnia 1983 r. wojsko obaliło II Republikę. Generał dywizji Muhammadu Buhari został przewodniczącym Najwyższej Rady Wojskowej (SMC), nową głową państwa.
W sierpniu 1985 roku rząd generała Buhari został pokojowo obalony przez szefa sztabu armii, generała dywizji Ibrahima Babangidę. Babangida został prezydentem i przewodniczącym Rady Rządzącej Sił Zbrojnych.
W sierpniu 1993 roku generał Babangida ustąpił i wybrał rząd tymczasowy, który miał go zastąpić. Ernest Shonekan został mianowany jako tymczasowy prezydent. Generał Sani Abacha przejął władzę od Shonekana w listopadzie 1993 r. i został prezydentem oraz przewodniczącym Tymczasowej Rady Rządzącej.
8 czerwca 1998 r. generał Abacha zmarł w willi prezydenckiej w stolicy Nigerii, Abudży. Nowym prezydentem i przewodniczącym Tymczasowej Rady Rządzącej został generał dywizji Abdulsalami Abubakar.
29 maja 1999 roku generał dywizji Abdulsalami Abubakar ustąpił ze stanowiska, a cywilnym prezydentem został były wojskowy szef państwa Olusegun Obasanjo. Obasanjo sprawował urząd przez dwie kadencje.
W maju 2007 roku Alhaji Umaru Yar’Adua został zaprzysiężony jako prezydent Federalnej Republiki Nigerii, 13. głowa państwa Nigerii. Yar’Adua zmarł 5 maja 2010 roku w willi prezydenckiej w Abudży, w Nigerii.
6 maja 2010 roku wiceprezydent Goodluck Jonathan został zaprzysiężony na prezydenta Republiki Federalnej Nigerii i 14. głowę państwa.
29 maja 2015 roku Muhammadu Buhari został zaprzysiężony na prezydenta Republiki Federalnej Nigerii i 15. głowę państwa po wygranych wyborach powszechnych.
W maju 2015 roku Muhammadu Buhari został zaprzysiężony na prezydenta Republiki Federalnej Nigerii i 15. głowę państwa.