Nie ma wątpliwości, że Hobson uważał Russell za stolicę jedynie tymczasową. W dniu 18 kwietnia 1840 r. wysłał Mathew w drugą podróż na południe; geodeta generalny otrzymał polecenie zbadania portów Whangarei, Mahurangi i Waitematā, a także zwrócenia szczególnej uwagi na lokalizację na południowym brzegu Waitematā. Mathew spędził dwa miesiące badając różne lokalizacje i odrzucił Whangarei i Mahurangi, ale także odrzucił miejsce preferowane przez Hobsona, które później stało się znane jako Hobsonville. Według jego słów, było to „całkowicie niezdatne na miejsce głównej osady, a nawet źle przystosowane do osady w ogóle”. Mathew polecił Panmure Basin na osadę, która miała wiele zalet, ale przyznał, że dostęp z portu był trudny.
Kiedy Hobson odzyskał trochę zdrowia, udał się na południe, aby sprawdzić zalecenia Mathew. W dniu 6 lipca odwiedził Panmure i natychmiast odrzucił je z powodu trudnego dostępu drogą wodną. Hobson przyznał również, że jego ulubiona lokalizacja była niepraktyczna. Po partii oglądał zachód słońca i były pod wrażeniem „piękny aspekt brzegu dalej w dół portu w złotym blasku późnym popołudniem”, poszli tam na ląd następnego dnia. Zgodzili się, że miejsce to jest bardzo obiecujące na przyszłą stolicę; uważa się, że wylądowali na Shelly Beach w Ponsonby. Pod koniec miesiąca podjęto decyzję, że stolica zostanie przeniesiona na Waitematā.
W dniu 13 września 1840 r. barka wyruszyła z Russell do Waitematā. Na pokładzie znajdowało się siedmiu urzędników rządowych, kilku pasażerów kabinowych oraz liczni pasażerowie sterowni. Partia ta, pod dowództwem Symondsa, miała sfinalizować wybór przyszłej stolicy, wykupić ziemię od Maorysów, wznieść sklepy i budynki mieszkalne oraz znaleźć miejsce na Government House. 18 września wybrano ziemię (około 3000 akrów lub 1200 hektarów) i podpisano porozumienie z Āpihai Te Kawau i innymi przedstawicielami Ngāti Whātua iwi. Na Point Britomart wzniesiono maszt flagowy, a zdrowie Jej Królewskiej Mości zostało „najwspanialej wypite z wiwatami długimi i głośnymi”. Sarah Mathews, żona inspektora generalnego, zapisała w swoim dzienniku, że nazwa „Auckland” była wypisana na maszcie, wraz z datą zakupu ziemi. Można to uznać za nieoficjalne nadanie nazwy miastu, gdyż nazwa ta została po raz pierwszy zapisana przez Hobsona 10 listopada tego samego roku. George Eden, 1. Earl of Auckland był Pierwszym Lordem Admiralicji. W 1834 roku zlecił Williamowi Hobsonowi wypłynięcie do Indii Wschodnich na statku „Rattlesnake”, co zakończyło sześcioletni okres bez dowództwa i z połową pensji. Choć nazwa ta została nadana z wdzięczności, z pewnością spotkała się z ogólną aprobatą, jako że Lord Auckland był u szczytu sławy w 1840 roku, po tym jak w 1835 roku został mianowany wicekrólem Indii. Aprobata królowej Wiktorii dla Auckland jako nazwy osady została opublikowana w New Zealand Gazette 26 listopada 1842 roku.
Praca w Auckland postępowała dobrze. Hobson po raz pierwszy odwiedził Auckland 17 października 1840 roku, aby sprawdzić postępy i zdecydować o lokalizacji Government House. Po powrocie do Zatoki Wysp zdecydował, że w następnym roku zamieszka w Auckland. Government House był zestawem zbudowanym w Anglii i wysłanym do Nowej Zelandii, ważącym 250 ton (250 długich ton; 280 krótkich ton). Posiadał on 16 pokoi, był 120 stóp (37 m) długi, 50 stóp (15 m) szeroki, oraz 24 stopy (7.3 m) wysoki. Ustawiono ją na rogu ulic Hobson i Cook. Urzędnicy i wszystkie dokumenty rządowe zostały przeniesione z Bay of Islands do Auckland w styczniu 1841 roku. Hobson wprowadził się do swojej nowej rezydencji 14 marca 1841 roku, a wraz z jego wprowadzeniem się, stolica przeniosła się z Bay of Islands do Auckland.
Pierwszy Sąd Najwyższy w Nowej Zelandii został zbudowany w 1842 roku na rogu Queen Street i Victoria Street West. Sądowi przewodniczył Justice Martin.
W dniu 23 czerwca 1848 r. Government House spłonął podczas kadencji Sir George’a Greya jako gubernatora. Nikt nie ucierpiał, ale budynek był całkowitą stratą. Następnie przez wiele lat wynajmowano rezydencję wicegubernatora (znaną jako Scoria House i znajdującą się przy Karangahape Road), zanim w 1856 r. wybudowano nowy Government House. Budowa tego budynku była częścią kampanii Auckland na rzecz utrzymania siedziby rządu, ponieważ dyskusja na temat przeniesienia stolicy dalej na południe już się rozpoczęła. Budynek ten formalnie stał się częścią Uniwersytetu Auckland w 1969 roku, obecnie znany jest jako Old Government House i został zarejestrowany przez New Zealand Historic Places Trust jako obiekt dziedzictwa kategorii I w 1983 roku.
Początkową formą rządu była rada wykonawcza złożona z urzędników państwowych mianowanych przez gubernatora i przed nim odpowiedzialnych. Zmieniło się to po otrzymaniu New Zealand Constitution Act 1852, aktu Parlamentu Zjednoczonego Królestwa, który przyznał samorząd kolonii Nowej Zelandii. Pozwoliło to na istnienie dwuizbowego Zgromadzenia Ogólnego (lub Parlamentu), składającego się z gubernatora, mianowanej Rady Legislacyjnej i wybieranej Izby Reprezentantów, z Radą Wykonawczą mianowaną nominalnie przez gubernatora. Pozwoliło to również na utworzenie rządów prowincji, a początkowo ustanowiono sześć prowincji. Pierwsze wybory powszechne odbyły się w 1853 roku, a Parlament zebrał się w Auckland na swoją pierwszą sesję, która została otwarta 27 maja 1854 roku. 3 czerwca po raz pierwszy przedyskutowano kwestię siedziby parlamentu, przy czym Edward Gibbon Wakefield argumentował, że siedziba rządu musi zostać przeniesiona do Wellington. Podróż do i z parlamentu była uciążliwa, a posłowie z dalekiego południa potrzebowali dwóch miesięcy, aby dostać się do Auckland. Pożądana była bardziej centralna lokalizacja, co nie spotkało się z poparciem posłów z okręgów wyborczych Auckland. Nie pomagał również fakt, że Dom Zgromadzenia Ogólnego został wzniesiony w pośpiechu i był niczym więcej niż skorupą, a członkowie nazywali go „Shedifice”. Wiatr hulał po budynku, przeciekał podczas deszczu, brakowało podstawowych udogodnień, takich jak toalety. Zbudowany na ówczesnym skraju miasta, był budynkiem bez wygód.
Argumenty na temat tego, gdzie Parlament powinien się spotykać, toczyły się przez dekadę. James FitzGerald, który na krótko stanął na czele pierwszego ministerstwa kraju, zaproponował, aby następna sesja „odbyła się w bardziej centralnym miejscu w kolonii”. Nie skonsultował się on wcześniej z innymi, a wielu członków z południa było nieobecnych podczas głosowania i propozycja ta została odrzucona 13 do 11. W 1856 roku rezolucja, że następna sesja powinna odbyć się w Auckland, została zmieniona poprzez zastąpienie sformułowania „bardziej centralna pozycja” jako lokalizacja, ale sprawę pozostawiono do decyzji gubernatora. Zaledwie kilka miesięcy później propozycja, aby następna sesja odbyła się w Nelson, została nieznacznie odrzucona. Gubernator, Thomas Gore Browne, zasugerował, że zaletą mogłoby być organizowanie spotkań na przemian w Wellington i Auckland. Po wielu sporach zdecydowano, że druga sesja 3-go Parlamentu odbędzie się w Wellington, a parlament obradował od lipca do września 1862 roku w budynku Rady Prowincji Wellington. Propozycja, aby przenieść się do Wellington na stałe, została odrzucona jednym głosem. Budynki Rady Prowincji Wellington zostały zbudowane w 1858 roku i były bogate w stylu; ostry kontrast z „Shedifice” w Auckland był częścią kampanii Wellington mającej na celu zachęcenie członków parlamentu do przeniesienia stolicy do ich miasta.
Po przeniesieniu stolicy do Wellington, budynek Parlamentu został ostatecznie przeniesiony na Uniwersytet w Auckland i zburzony w 1919 roku. Government House pozostał jedną z siedzib gubernatora, który do dnia dzisiejszego zmienia się pomiędzy Wellington a Auckland. Old Government House był wykorzystywany w ten sposób do 1969 roku, kiedy to Sir Frank i Lady Mappin podarowali obecny Government House (Birchlands), który znajduje się w Mount Eden. Od tego czasu Old Government House jest użytkowany przez Uniwersytet w Auckland.