Czy miejsca łączenia przeciwciał posiadają ogólne właściwości, które umożliwiają im wiązanie różnych antygenów z różnym powinowactwem i wiązanie nowych antygenów? Tutaj zajmujemy się tym pytaniem, badając fizyczne i chemiczne właściwości najkorzystniejsze dla reszt zaangażowanych w akomodację i wiązanie antygenu. Aminokwasy amfipatyczne mogą łatwo tolerować zmianę środowiska z hydrofilowego na hydrofobowe, która zachodzi podczas tworzenia kompleksu przeciwciało-antygen. Rezydy, które są duże i mogą uczestniczyć w szerokiej gamie oddziaływań van der Waalsa i elektrostatycznych, umożliwiłyby wiązanie się z wieloma antygenami. Aminokwasy z elastycznymi łańcuchami bocznymi mogłyby wytworzyć strukturalnie plastyczny region, tj. miejsce wiązania posiadające zdolność formowania się wokół antygenu w celu poprawy komplementarności oddziałujących powierzchni. Stąd, przeciwciała mogłyby wiązać się z szeregiem nowych antygenów wykorzystując ograniczony zestaw reszt przeplatanych bardziej unikalnymi resztami, którym można przypisać większą specyficzność wiązania. Pojedyncza cząsteczka przeciwciała może więc być reaktywna krzyżowo i mieć zdolność wiązania strukturalnie podobnych ligandów. Uwzględnienie różnic w strukturze antygenowej przez niewielką elastyczność miejsca łączenia może wnieść istotny wkład w obronę immunologiczną, umożliwiając wiązanie przeciwciał do różnych, ale blisko spokrewnionych patogenów. Tyr i Trp najłatwiej spełniają te katolickie wymagania fizykochemiczne i dlatego na gruncie teoretycznym należałoby oczekiwać, że będą powszechnie występować w miejscach łączenia. Eksperymentalne wsparcie dla tego pochodzi z trzech źródeł, (1) wysoka częstotliwość udziału tych aminokwasów w wiązaniu antygenu obserwowana w sześciu krystalograficznie określonych kompleksach przeciwciało-antygen, (2) ich częste występowanie w przypuszczalnych regionach wiążących przeciwciał określonych na podstawie danych strukturalnych i sekwencyjnych oraz (3) potencjał przemieszczania się ich łańcuchów bocznych w znanych miejscach wiązania przeciwciał i systemach modelowych. Sześć związanych antygenów składa się z dwóch małych różnych haptenów, nienakładających się regionów tego samego dużego białka i peptydu o 19 resztach aminokwasowych. Z całkowitej liczby 85 pozycji regionu determinującego komplementarność, tylko 37 miejsc (plus 3 szkieletowe) jest bezpośrednio zaangażowanych w interakcję z antygenem. Spośród nich, reszta 91 łańcucha lekkiego jest wykorzystywana przez wszystkie badane kompleksy, podczas gdy łańcuch lekki 32, łańcuch lekki 96 i łańcuch ciężki 33 są wykorzystywane przez pięć z sześciu. Miejsca wiązania w znanych kompleksach przeciwciało-antygen, jak również postulowane miejsca łączenia w wolnych fragmentach Fab wykazują podobną charakterystykę w odniesieniu do rodzajów obecnych aminokwasów. Oceniono również możliw± rolę innych aminokwasów.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)