Budowa rdzenia przyszłego Wielkiego Bazaru rozpoczęła się zimą 1455/56 roku, wkrótce po osmańskim podboju Konstantynopola i była częścią szerszej inicjatywy mającej na celu pobudzenie dobrobytu gospodarczego w Stambule. Sułtan Mehmed II kazał wznieść gmach poświęcony handlowi tkaninami i klejnotami w pobliżu swojego pałacu w Konstantynopolu. Został on nazwany Cevâhir Bedestan („Bedesten of Gems”) i był również znany jako Bezzâzistan-ı Cedîd („New Bedesten”) w języku tureckim osmańskim. Słowo bedesten zostało zaadaptowane z perskiego słowa bezestan, pochodzącego od bez („cloth”) i oznacza „bazar sprzedawców tkanin”. Budynek – nazywany na przemian po turecku İç („Wewnętrzny”), Atik („Starożytny”) lub Eski („Stary”) Bedesten – leży na zboczu trzeciego wzgórza Stambułu, pomiędzy starożytnymi Forami Konstantyna i Teodozjusza. Znajdował się również w pobliżu pierwszego pałacu sułtańskiego, Starego Pałacu (Eski Saray), który również był w budowie w tych samych latach, i niedaleko Artopoleia (po grecku) (Άρτοπωλεία), dzielnicy piekarzy w mieście w czasach bizantyjskich.
Budowa Bedestenu zakończyła się zimą 1460/61 roku, a budynek został przekazany na rzecz waqf meczetu Hagia Sophia. Analiza murów wskazuje, że większość budowli pochodzi z drugiej połowy XV wieku, chociaż bizantyjski relief przedstawiający orła komnenskiego, wciąż zamknięty na szczycie Wschodniej Bramy (Kuyumcular Kapısı)) Bedesten został użyty przez kilku uczonych jako dowód, że budowla była budowlą bizantyjską.
Na rynku w pobliżu Bedesten, zwanym po turecku Esir Pazarı, prowadzony był handel niewolnikami, co również zostało przeniesione z czasów bizantyjskich. Innymi ważnymi targami w okolicy były: targ używanych rzeczy (turecki: Bit Pazarı), „Długi Targ” (Uzun Çarşı), odpowiadający greckiemu Makros Embolos (Μακρός Ὲμβολος, „Długi Portyk”), długiemu portykowemu centrum handlowemu ciągnącemu się w dół od Forum Konstantyna do Złotego Rogu, który był jednym z głównych placów targowych miasta, podczas gdy stary targ książek (Sahaflar Çarşısı) został przeniesiony z Bazaru na obecne malownicze miejsce w pobliżu Meczetu Beyazida dopiero po trzęsieniu ziemi w Stambule w 1894 roku.
Kilka lat później – według innych źródeł miało to miejsce w 1545 roku za panowania sułtana Sulejmana I – Mehmed II kazał wybudować kolejny kryty bazar, „Sandal Bedesten” (nazwa pochodzi od rodzaju nici tkanych w Bursie, które miały kolor drewna sandałowego), zwany także Küçük („Mały”), Cedit lub Yeni (oba słowa oznaczają „Nowy”) Bedesten, który leżał na północ od pierwszego.
Po wzniesieniu Sandal Bedesten przeniesiono tam handel tekstyliami, podczas gdy Cevahir Bedesten był zarezerwowany dla handlu towarami luksusowymi. Początkowo oba budynki były od siebie odizolowane. Według XVI-wiecznego francuskiego podróżnika Pierre’a Gillesa, pomiędzy nimi a meczetem Beyazida znajdowały się ruiny kościołów i duża cysterna. Wkrótce jednak wielu sprzedawców otworzyło swoje sklepy między nimi i wokół nich, tak że powstała cała dzielnica poświęcona wyłącznie handlowi.
Na początku XVII wieku Wielki Bazar osiągnął już swój ostateczny kształt. Ogromny zasięg Imperium Osmańskiego na trzech kontynentach i całkowita kontrola komunikacji drogowej między Azją a Europą sprawiły, że Bazar i otaczające go chany lub karawanery stały się centrum handlu śródziemnomorskiego. Według wielu europejskich podróżników, w tamtych czasach, aż do pierwszej połowy XIX wieku, bazar nie miał sobie równych w Europie pod względem obfitości, różnorodności i jakości sprzedawanych towarów. Od europejskich podróżników wiemy, że w tamtym czasie Wielki Bazar miał plan kwadratu, z dwiema prostopadłymi głównymi drogami przecinającymi się pośrodku i trzecią drogą biegnącą wzdłuż zewnętrznego obwodu. Na Bazarze było 67 dróg (każda z nich nosiła nazwę sprzedawcy określonego towaru), kilka placów używanych do codziennych modlitw, 5 meczetów, 7 fontann, 18 bram, które były otwierane każdego dnia rano i zamykane wieczorem (od nich pochodzi współczesna nazwa Bazaru, „Zamknięty Rynek” (Kapalıçarşı). Około 1638 roku turecki podróżnik Evliya Çelebi dał nam najważniejszy historyczny opis Bazaru i jego zwyczajów. Liczba sklepów wynosiła 3000, plus 300 znajdujących się w okolicznych baranach, dużych karawanserajach z dwoma lub trzema piętrami wokół wewnętrznego dziedzińca z portykiem, gdzie towary mogły być przechowywane, a kupcy zakwaterowani. W tym okresie jedna dziesiąta sklepów w mieście była skoncentrowana na rynku i wokół niego. Mimo to w tamtych czasach rynek nie był jeszcze zadaszony.
Od czasu do czasu Wielkie Bazary nawiedzały klęski żywiołowe, pożary i trzęsienia ziemi. Pierwszy pożar miał miejsce w 1515 roku; kolejny w 1548 roku. Inne pożary spustoszyły kompleks w latach 1588, 1618 (kiedy zniszczony został Bit Pazarı), 1645, 1652, 1658, 1660 (przy tej okazji całe miasto zostało zdewastowane), 1687, 1688 (wielkie szkody wystąpiły w Uzun Çarşı) 1695, i 1701. Pożar z 1701 roku był szczególnie gwałtowny, zmuszając Wielkiego Wezyra Nevşehirli Damad Ibrahim Pasha do odbudowy kilku części kompleksu w latach 1730-1731. W 1738 roku Kızlar Ağası Beşir Ağa obdarował fontannę (wciąż istniejącą) w pobliżu Mercan Kapı.
W tym okresie, z powodu nowego prawa przeciw pożarom wydanego w 1696 roku, kilka części rynku, które leżały między dwoma Bedesten zostały pokryte sklepieniami. Mimo to, w latach 1750 i 1791 kompleks spustoszyły kolejne pożary. Trzęsienie ziemi w 1766 r. spowodowało kolejne zniszczenia, które rok później zostały naprawione przez nadwornego architekta (Hassa Baş Mimarı) Ahmeta.
Dziewiętnastowieczny rozwój przemysłu tekstylnego w Europie Zachodniej, wprowadzenie masowych metod produkcji, kapitulacje podpisane między Cesarstwem a wieloma krajami europejskimi, a także utrudnianie – zawsze przez europejskich kupców – dostępu do surowców potrzebnych do produkcji towarów w zamkniętej gospodarce Cesarstwa, były czynnikami, które spowodowały upadek rynku. W 1850 r. czynsze w Bedesten były dziesięciokrotnie niższe niż dwie, trzy dekady wcześniej. Ponadto narodziny zorientowanej na Zachód burżuazji i sukces handlowy zachodnich produktów popchnęły kupców należących do mniejszości (greckiej, ormiańskiej, żydowskiej) do wyprowadzenia się z Bazaru, postrzeganego jako przestarzały, i otwarcia nowych sklepów w dzielnicach uczęszczanych przez Europejczyków, takich jak Pera i Galata.
Według badań z 1890 roku, na Bazarze było 4 399 czynnych sklepów, 2 bedesten, 2195 pokoi, 1 hamam, jeden meczet, 10 medres, 19 fontann (wśród nich dwie şadırvan i jedna sebil), jedno mauzoleum i 24 han. Na 30,7 hektarach kompleksu, chronionego przez 18 bram, znajduje się 3000 sklepów wzdłuż 61 ulic, 2 bedesten, 13 han (plus kilka innych na zewnątrz).
Ostatnia duża katastrofa wydarzyła się w 1894 roku: silne trzęsienie ziemi, które wstrząsnęło Stambułem. Minister Robót Publicznych, Mahmud Celaleddin Pasha, nadzorował naprawę zniszczonego Bazaru do 1898 roku i z tej okazji kompleks został zmniejszony. Na zachodzie, Bit Pazarı został pozostawiony poza nowym obwodem i stał się otwartą drogą, nazwaną Çadırcılar Caddesi („Tentmaker Road”), podczas gdy stara brama i Kütkculer Kapi zostały zburzone. Spośród wszystkich chanów, które należały do Targu, wiele pozostawiono na zewnątrz, a tylko dziewięć pozostało zamkniętych w strukturze.
W 1914 roku Sandal Bedesten, którego handlarze towarami tekstylnymi zostali zrujnowani przez europejską konkurencję, został przejęty przez miasto Stambuł i od roku był wykorzystywany jako dom aukcyjny, głównie dywanów. W 1927 roku poszczególne części bazaru i ulice otrzymały oficjalne nazwy. Ostatnie pożary bazaru miały miejsce w 1943 i 1954 roku, a związane z nimi renowacje zostały zakończone 28 lipca 1959 roku.
Ostatnia renowacja kompleksu miała miejsce w 1980 roku. Przy tej okazji usunięto również plakaty reklamowe wokół bazaru.