Epoka kolonialna (1670-1776)
Wyspa Johns była pierwotnie zamieszkana przez koczownicze plemiona rdzennych Amerykanów, takich jak Kiawah, którzy przetrwali dzięki polowaniu i zbieraniu skorupiaków. Zanim Europejczycy przybyli na te tereny, plemiona te były już osiadłe i zajmowały się uprawą ziemi. Do plemion rdzennych Amerykanów na tym obszarze należały Stono i Bohicket. Początkowo Stono i europejscy osadnicy mieli dobre stosunki. Jednak po tym, jak Stono zabili część żywego inwentarza Europejczyków, ci w odwecie zamordowali kilku Indian. Dzisiejsza nazwa tej grupy ludzi to „niefiltrowani”.
Do lat 70. XVI wieku biali koloniści stworzyli rozproszone osady w pobliżu wody na Wyspie Johnsa. Mapy z 1695 i 1711 roku pokazują plantacje założone na brzegach rzeki Stono. Podczas okresu kolonialnego, główną uprawą, która była produkowana było indygo, cenione za bogaty niebieski barwnik. Plantacje, na których uprawiano rośliny, w tym indygo, opierały się na pracy niewolników.
Bunt Stono, który miał miejsce na Johns Island w 1739 roku, rozpoczął się jako próba ucieczki grupy niewolników na hiszpańską Florydę, gdzie obiecano im wolność. We wczesnych godzinach porannych 9 września 1739 roku, grupa około dwudziestu niewolników spotkała się w pobliżu rzeki Stono, prowadzona przez niewolnika o imieniu Jemmy. Grupa udała się do mostu Stono i najechała na sklep Hutchinsona. Zabrali żywność, amunicję i zapasy. Grupa niewolników zabiła dwóch sklepikarzy, pozostawiając ich głowy na frontowych schodach sklepu. Niewolnicy przekroczyli rzekę Stono i zebrali więcej zwolenników, którzy zaczęli iść lądem w kierunku hiszpańskiej Florydy. Uciekinierzy natknęli się na gubernatora porucznika Williama Bulla i czterech jego towarzyszy, którzy również podróżowali drogą. Widząc, jak wygląda sytuacja, gubernator Bull i jego kompani zwołali innych właścicieli plantacji, by pomogli stłumić powstanie. Plantatorzy przetoczyli się przez wieś atakując niewolników, zabijając wszystkich, którzy nie mogli udowodnić, że zostali zmuszeni do przyłączenia się do marszu.
Rewolucja Amerykańska (1776-1785)
Wojna Rewolucyjna dotarła na Wyspę Johnsa w maju 1779 roku jako korpus wojsk brytyjskich pod dowództwem generała Augustine Prevosta. Generał Prevost ustanowił niewielkie siły, które miały pozostać na wyspie, na czele z podpułkownikiem Johnem Maitlandem. Pod dowództwem Sir Henry Clinton, więcej wojsk wylądował na Seabrook Island, począwszy od 11 lutego 1780 roku. Celem Clintona było przekroczenie Johns Island i James Island i oblężenie Charlestonu. Armia Clintona przeprawiła się przez rzekę Stono i założyła tymczasową kwaterę główną w Fenwick Hall. Po przejściu na James Island, marszu w górę zachodniego brzegu rzeki Ashley do Old Town Landing i dalej na południe do Charleston, Clinton oblegał miasto. Charleston poddał się siłom brytyjskim 12 maja 1780 roku; okupacja trwała do grudnia 1782 roku.
Wojna secesyjna (1861-1865)
Bitwa o Krwawy Most, znana również jako Burden’s Causeway, miała miejsce na Johns Island w lipcu 1864 roku. Miejsce bitwy jest off River Road, na północ od Charleston Executive Airport. 2 lipca 1864 roku wojska federalne gen. bryg. Johna Hatcha wylądowały w części Legareville na Johns Island. Hatch chciał przekroczyć Johns Island, a następnie przeprawić się przez rzekę Stono i oblegać James Island. Oddziały Unii spotkały się z oddziałami Konfederatów w miejscu, gdzie potok zamienia się w bagno. Około 2 000 żołnierzy z Karoliny Południowej powstrzymało siły amerykańskie liczące około 8 000 ludzi. Po trzech dniach walk oddziały Hatcha opuściły wyspę.