Am 1. Oktober 1960 erlangte Nigeria seine Unabhängigkeit von Großbritannien. Ein gesamtnigerianischer Exekutivrat wurde von einem Premierminister, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa, geleitet. Am 16. November 1960 wurde Nnamdi Azikiwe der erste Generalgouverneur einer Föderation aus drei Regionen im Norden, Osten und Westen mit Lagos als Bundeshauptstadt. Jede der Regionen wurde von einem Premierminister geleitet, dem ein Gouverneur als zeremonielles Oberhaupt vorstand. Am 1. Oktober 1963 wurde Nigeria zur Bundesrepublik und löste alle Verbindungen zur britischen Monarchie, blieb aber Mitglied des Commonwealth of Nations. Durch eine Änderung der Unabhängigkeitsverfassung von 1960 wurde das Amt des Generalgouverneurs durch das des Präsidenten ersetzt. Nnamdi Azikwe wurde am 1. Oktober 1963 in diesem Amt vereidigt. Das Amt hatte damals vor allem zeremoniellen Charakter, und die Hauptaufgaben des Präsidenten bestanden unter anderem darin, ausländische Würdenträger zu empfangen und das Parlament zu eröffnen.
In einem gescheiterten Staatsstreich im Januar 1966 stürzte eine Gruppe von Armeeoffizieren unter der Führung von Major Chukwuma Nzeogwu die Zentral- und Regionalregierung, tötete den Premierminister Abubakar Tafawa Balewa und versuchte, die Kontrolle über die Regierung zu übernehmen. Nzeogwu wurde von General Johnson Aguiyi-Ironsi zurückgeschlagen, gefangen genommen und inhaftiert. General Aguiyi-Ironsi wurde zum militärischen Staatsoberhaupt ernannt.
Im Juli 1966 revoltierte eine Gruppe von Offizieren der Nordarmee gegen die Regierung, tötete General Johnson Aguiyi-Ironsi und ernannte den Generalstabschef der Armee, General Yakubu Gowon, zum Chef der neuen Militärregierung.
Im Jahr 1975 wurde General Yakubu Gowon abgesetzt und General Murtala Mohammed war bis zu seiner Ermordung im Jahr 1976 Chef der föderalen Militärregierung von Nigeria. Nach seinem Tod übernahm der Stabschef des Obersten Hauptquartiers (entspricht einem Vizepräsidenten), General Olusegun Obasanjo, in einer Sitzung des Obersten Militärrats das Amt des Staatsoberhaupts, wobei die von Murtala Mohammed eingeführte Befehlskette beibehalten wurde. General Obasanjo war für die Vollendung des von seinem Vorgänger begonnenen demokratischen Übergangs verantwortlich, der im August 1979 in einer Wahl gipfelte.
Im Jahr 1979 nahm Nigeria eine föderale Präsidialverfassung an. Der Präsident wurde ein Exekutivposten mit ähnlichen Befugnissen wie sein amerikanisches Pendant. Die Legislative war eine Zweikammer-Nationalversammlung, bestehend aus einem Senat und einem Repräsentantenhaus.
Im Oktober 1979 kehrte Nigeria nach mehr als 13 Jahren Militärherrschaft zu einer demokratischen Regierung zurück. Aus den Präsidentschaftswahlen ging die Nationale Partei Nigerias als Siegerin hervor und Alhaji Shehu Shagari wurde der erste demokratisch gewählte Präsident.
Am 31. Dezember 1983 stürzte das Militär die Zweite Republik. Generalmajor Muhammadu Buhari wurde zum Vorsitzenden des Obersten Militärrats (SMC) und damit zum neuen Staatsoberhaupt.
Im August 1985 wurde die Regierung von General Buhari durch den Stabschef der Armee, Generalmajor Ibrahim Babangida, friedlich gestürzt. Babangida wurde Präsident und Vorsitzender des Regierungsrates der Streitkräfte.
Im August 1993 trat General Babangida zurück und wählte eine Übergangsregierung, die ihn ersetzen sollte. Ernest Shonekan wurde zum Interimspräsidenten ernannt. General Sani Abacha übernahm im November 1993 die Macht von Shonekan und wurde Präsident und Vorsitzender des Provisorischen Regierungsrates.
Am 8. Juni 1998 starb General Abacha in der Präsidentenvilla in der nigerianischen Hauptstadt Abuja. Neuer Präsident und Vorsitzender des Provisorischen Regierungsrates wurde Generalmajor Abdulsalami Abubakar.
Am 29. Mai 1999 trat Generalmajor Abdulsalami Abubakar zurück, und der ehemalige militärische Staatschef Olusegun Obasanjo wurde zum zivilen Präsidenten ernannt. Obasanjo hatte zwei Amtszeiten.
Im Mai 2007 wurde Alhaji Umaru Yar’Adua als Präsident der Bundesrepublik Nigeria vereidigt und war damit das dreizehnte Staatsoberhaupt von Nigeria. Yar’Adua starb am 5. Mai 2010 in der Präsidentenvilla in Abuja, Nigeria.
Am 6. Mai 2010 wurde Vizepräsident Goodluck Jonathan als Präsident der Bundesrepublik Nigeria und als 14.