Nu există nicio îndoială că Hobson a privit Russell doar ca pe o capitală temporară. La 18 aprilie 1840, el l-a trimis pe Mathew într-o a doua călătorie spre sud; inspectorul general a fost instruit să exploreze porturile Whangarei, Mahurangi și Waitematā și să acorde o atenție deosebită unei locații de pe malul sudic al Waitematā. Mathew a petrecut două luni explorând diversele locații și a respins Whangarei și Mahurangi, dar a respins și locul preferat de Hobson, care a devenit ulterior cunoscut sub numele de Hobsonville. După spusele sale, acesta era „total nepotrivit pentru amplasarea așezării principale și, într-adevăr, prost adaptat pentru o așezare”. Mathew a recomandat bazinul Panmure pentru așezare, care avea numeroase avantaje, dar a recunoscut că accesul din port era dificil.
După ce Hobson și-a recăpătat ceva sănătate, a mers în sud pentru a verifica recomandările lui Mathew. Pe 6 iulie, el a vizitat Panmure și a respins-o imediat din cauza accesului dificil pe apă. Hobson a recunoscut, de asemenea, că locația sa favorită nu era practică. După ce au vizionat un apus de soare și au fost impresionați de un „aspect minunat al țărmului mai jos în port, în strălucirea aurie a după-amiezii târzii”, au debarcat acolo a doua zi. Au fost de acord că locul era foarte promițător pentru o viitoare capitală; se crede că au debarcat la Shelly Beach, în Ponsonby. Până la sfârșitul lunii, s-a luat decizia ca capitala să se mute la Waitematā.
La 13 septembrie 1840, o barcă a plecat din Russell spre Waitematā. La bord se aflau șapte oficiali guvernamentali, câțiva pasageri de cabină și numeroși pasageri de cală. Grupul, sub comanda lui Symonds, urma să finalizeze alegerea viitoarei capitale, să cumpere terenul de la maori, să ridice magazine și clădiri de cazare și să găsească un loc pentru Casa Guvernului. La 18 septembrie, terenul (aproximativ 3.000 de acri sau 1.200 de hectare) fusese ales și fusese semnat un acord cu Āpihai Te Kawau și cu alte persoane care reprezentau Ngāti Whātua iwi. Un catarg a fost ridicat pe Point Britomart, iar sănătatea Majestății Sale a fost „cel mai entuziasmat cu urale lungi și puternice”. Sarah Mathews, soția inspectorului general, a consemnat în jurnalul său că numele „Auckland” a fost inscripționat pe catargul steagului, împreună cu data achiziționării terenului. Acest lucru poate fi considerat ca fiind denumirea neoficială a orașului, deoarece numele a fost pus în scris pentru prima dată de Hobson la 10 noiembrie a aceluiași an. George Eden, primul conte de Auckland, a fost Primul Lord al Amiralității. În 1834, el îi dăduse o însărcinare lui William Hobson să navigheze spre Indiile de Est pe nava Rattlesnake, ceea ce a pus capăt unei perioade de șase ani fără comandă și cu jumătate de salariu. În timp ce numele a fost acordat în semn de recunoștință, cu siguranță a primit aprobarea generală, deoarece Lordul Auckland se afla la apogeul faimei sale în 1840, după ce fusese numit Vicerege al Indiei în 1835. Aprobarea reginei Victoria pentru Auckland ca nume pentru așezare a fost publicată în New Zealand Gazette la 26 noiembrie 1842.
Lucrările au progresat bine în Auckland. Hobson a vizitat Auckland pentru prima dată la 17 octombrie 1840 pentru a verifica progresul și pentru a decide asupra locației pentru Government House. El s-a întors în Golful Insulelor, după ce a decis să își stabilească reședința în Auckland în anul următor. Government House a fost un ansamblu în kit construit în Anglia și expediat în Noua Zeelandă, cântărind 250 de tone (250 de tone lungi; 280 de tone scurte). Avea 16 camere, o lungime de 37 m (120 picioare), o lățime de 15 m (50 picioare) și o înălțime de 7,3 m (24 picioare). A fost amplasat la colțul străzilor Hobson și Cook. Oficialii și toate documentele guvernamentale au fost mutate din Bay of Islands la Auckland în ianuarie 1841. Hobson s-a mutat în noua sa reședință la 14 martie 1841 și, odată cu mutarea sa, capitala s-a mutat din Golful Insulelor în Auckland.
Prima Curte Supremă din Noua Zeelandă a fost construită în 1842, la colțul dintre Queen Street și Victoria Street West. Instanța a fost prezidată de judecătorul Martin.
La 23 iunie 1848, Government House a ars în timpul mandatului de guvernator al lui Sir George Grey. Nimeni nu a avut de suferit, dar clădirea a fost o pierdere totală. O reședință viceregală a fost apoi închiriată timp de mulți ani (cunoscută sub numele de Scoria House și situată pe Karangahape Road) înainte ca noua Government House să fie construită în 1856. Construcția acestei clădiri a făcut parte din campania din Auckland pentru a păstra sediul guvernului, deoarece discuțiile privind mutarea capitalei mai la sud începuseră deja. Această clădire a devenit în mod oficial parte a Universității din Auckland în 1969, este cunoscută acum sub numele de Old Government House și a fost înregistrată de New Zealand Historic Places Trust ca structură de patrimoniu de categoria I în 1983.
Forma inițială de guvernare a fost un consiliu executiv format din funcționari publici numiți de guvernator și responsabili în fața acestuia. Acest lucru s-a schimbat atunci când a fost primită Legea constituțională a Noii Zeelande din 1852, o lege a Parlamentului Regatului Unit care a acordat autoguvernare Coloniei Noii Zeelande. Aceasta a permis o Adunare Generală (sau Parlament) bicamerală, formată din guvernator, un Consiliu Legislativ numit și o Cameră a Reprezentanților aleasă, cu un Consiliu Executiv numit nominal de guvernator. De asemenea, a permis existența unor guverne provinciale, iar inițial au fost stabilite șase provincii. Primele alegeri generale au avut loc în 1853, iar Parlamentul s-a reunit la Auckland pentru prima sa sesiune, care a fost deschisă la 27 mai 1854. La 3 iunie, s-a discutat pentru prima dată problema sediului Parlamentului, Edward Gibbon Wakefield susținând că sediul guvernului trebuie mutat la Wellington. Călătoria spre și de la parlament era anevoioasă, iar deputații din sudul îndepărtat au avut nevoie de două luni pentru a ajunge la Auckland. Era de dorit o locație mai centrală, o mutare care nu era susținută de membrii din circumscripțiile din Auckland. Ceea ce nu a ajutat, de asemenea, a fost faptul că Casa Adunării Generale fusese ridicată în grabă și nu era decât o cochilie, iar membrii o numeau „Shedifice”. Vântul sufla prin clădire, aceasta avea scurgeri în ploaie, iar dotările de bază, cum ar fi toaletele, lipseau. Construită la ceea ce era pe atunci marginea orașului, era o clădire lipsită de confort.
Argumentele cu privire la locul în care ar trebui să se întrunească Parlamentul au avut loc timp de un deceniu. James FitzGerald, care a condus pentru scurt timp primul minister al țării, a propus ca următoarea sesiune „să se desfășoare într-o poziție mai centrală în colonie”. El nu a reușit să se consulte în prealabil cu ceilalți, iar mulți dintre membrii din sud au fost absenți în momentul votului, iar propunerea a fost respinsă cu 13 la 11. În 1856, o rezoluție conform căreia următoarea sesiune ar trebui să se desfășoare în Auckland a fost modificată prin înlocuirea sintagmei „o poziție mai centrală” ca locație, dar problema a fost lăsată la latitudinea guvernatorului. Doar câteva luni mai târziu, o propunere ca următoarea sesiune să fie convocată în Nelson a fost respinsă la limită. Guvernatorul, Thomas Gore Browne, a sugerat că ar putea fi meritoriu ca reuniunile să se desfășoare alternativ în Wellington și Auckland. După multe discuții, s-a decis ca cea de-a doua sesiune a celui de-al treilea Parlament să se desfășoare la Wellington, iar parlamentul s-a reunit din iulie până în septembrie 1862 în clădirea Consiliului Provincial din Wellington. O propunere de a face permanentă această mutare la Wellington a fost pierdută cu un singur vot. Clădirile Consiliului Provincial din Wellington au fost construite în 1858 și aveau un stil opulent; contrastul puternic față de „Shedifice” din Auckland făcea parte din campania din Wellington pentru a-i atrage pe membrii parlamentului să mute capitala în orașul lor.
După ce capitala a fost mutată la Wellington, clădirea parlamentului a fost în cele din urmă transferată la Universitatea din Auckland și demolată în 1919. Government House a rămas unul dintre sediile guvernatorului, care alternează între Wellington și Auckland până în prezent. Vechea Casă a Guvernului a rămas în această utilizare până în 1969, când Sir Frank și Lady Mappin au donat actuala Casă a Guvernului (Birchlands), care se află în Mount Eden. De atunci, Old Government House a fost folosită de Universitatea din Auckland.
.